遺伝子解析を、R, Python, 機械学習、深層学習、量子コンピュータを使う方法を体系的に理解するために、
Qiitaの資料及びQiita外の資料を整理する。
計算機屋さんが、計算機で扱う場合の視点であるため、
生物屋さんには奇異な並びの情報があるかもしれない。
より細分化する時に、利用させていただきますので、気が付いたことは、お知らせくださると幸いです。
岩波講座 物理の世界 物理と情報（６）DNAと遺伝情報の物理 伏見譲 岩波書店,2005
https://www.amazon.co.jp//dp/4000111612/
DNAと遺伝情報の物理 参考文献等一覧
https://researchmap.jp/josxsqiic-2459399/#_2459399 リンク切れ。下記が更新後。
＜この項は書きかけです。順次、追記します。＞
遺伝子解析
CummeRbundで遺伝子発現のプロットを遺伝子ごとに並べる
https://qiita.com/yuifu/items/cc9730f7e3a1277f6c50
真核生物の遺伝子モデルの作り方素案
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/683d094144c7147f0be7
近縁種の遺伝子モデルがない場合のAugustusのトレーニング
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/407dc5b283aada13b64d
AHRDで複数のblast結果を統合して遺伝子アノテーションをつける
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/bd9e797d44c379124144
python
CAFEを使って遺伝子重複イベントを評価する
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/55d2e96cccfe4f52b229
MyGeneを使ったクイックID変換
https://qiita.com/suimye/items/4233001ea9cd2916b387
遺伝子発現データを使用した機械学習
https://qiita.com/NariseT/items/0e9f2e4f1bebb4488b8b
wPGSA解析
https://qiita.com/vanillin99/items/7adf8ce3263ede233d38
R
R/BioconductorのGOstats packageをもちいたGene Ontology(GO)やKEGGのenrichment解析
https://qiita.com/nakachiy/items/b40bd0a8f233c380986b
【R】mygeneパッケージで遺伝子の情報を取得する
https://qiita.com/motthy/items/4138e8d686dd2023b36f
Rでたくさんの遺伝子の配列を一気に取得する方法
https://qiita.com/yuifu/items/a757629506c1cd98156b
遺伝子アノテーションに含まれる同一座標を持つtranscriptを探す（あるいはEnsemblアノテーションに関する注意）
https://qiita.com/yuifu/items/78d3dc611aed286f49a5
出芽酵母のいちばん長い遺伝子
https://qiita.com/wakuteka/items/e9197f8a7b6743107866
DNA二重らせんの両側にそれぞれ別の遺伝子が存在する箇所をRで抽出する
https://qiita.com/wakuteka/items/10027edccc6c2e244cd2
pythonとRによる遺伝子発現量データの自動取得
https://qiita.com/joemphilips/items/4de464e63a5c0784b17d
Rで例外処理
https://qiita.com/sk427/items/cff2bd883f3693f79cf6
orthofinder + mafft + trimal + iq-treeでゲノム規模のデータから系統樹を作る
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/7c8cee435347eeee1cf5
ggtreeを使ってRで系統樹を扱う
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/d3e04cf4e2f6e0588406
UCSC Genome Browser をRのplotで再現する
https://qiita.com/wakuteka/items/a99d5fb9f24367f55461
Rでたくさんの遺伝子の配列を一気に取得する方法
https://qiita.com/yuifu/items/a757629506c1cd98156b
欠損値に関するメモ（オミックス研究と関連して）
https://qiita.com/antiplastics/items/1526d1011938f78fa262
BiocStyleの紹介
https://qiita.com/antiplastics/items/8af640d94d4656aa2a31
配列名を使ってfastaをまとめて別ファイルに出力
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/2fdb695929f5714b43cd
ggplot2でMA plot
https://qiita.com/yuifu/items/07d01d95175e53d361af
Ruby
Ruby から KEGG を検索する
https://qiita.com/kojix2/items/6a0021da760c2320334f
Ruby から BioMart を使ってみる
https://qiita.com/kojix2/items/fea8570dbdc11ef05261
Bioconductor
R/Bioconductor開発者のための開発環境の構築
https://qiita.com/antiplastics/items/ec64d9fadfe2448e445a
特定のR/BioconductorのパッケージをインストールしたDockerイメージを作成してみる
https://qiita.com/youyuh48/items/85ce071edf65163455f9
Bioconductorのパッケージ開発環境を作るためのDockerfile
https://qiita.com/antiplastics/items/fb13f8c9cde61f3f9bd1
Bioconductorにおける区間データの表現 1
https://qiita.com/yuifu/items/556af5d4d086c96ec783
Bioconductor 解説 Biostrings 編 その１
https://qiita.com/Kazuki-Nakamae/items/dd8859c5fe5a2e2d9671
GenomicRangesパッケージにおけるreduceとdisjoinの扱い
https://qiita.com/wakuteka/items/9634e5ed96db3536756f
Docker containers for Bioconductorを触ってみた
https://qiita.com/antiplastics/items/33410a168a2fe7aad82f
GEO
GEOから遺伝子発現データを取ってくる【R】
https://qiita.com/motthy/items/468e338c59c7d3dcd0d0
https://qiita.com/nakachiy/items/b40bd0a8f233c380986b
GEOの発現データを使いこなす
https://qiita.com/fukuit/items/d80ce8fcc4a07220c769
GEOの発現データを使いこなす(2)
https://qiita.com/fukuit/items/c999b459e73888a82e9a
Galaxy
Galaxy Training "From peaks to genes" を補足してみる
https://qiita.com/Atsushi_A/items/75e1bb61005c3c4214b9
Galaxy Training "Introduction to Genomics and Galaxy" を補足してみる
https://qiita.com/Atsushi_A/items/a3b9fe5ea9c573f411d5
公共Galaxyサーバー（微生物関連）
https://qiita.com/haruosuz/items/2e8692869887be8a808d
公共Galaxyサーバー（微生物以外）
https://qiita.com/haruosuz/items/60963d6f9e5477b5b671
道具類
TopCoder マラソンマッチ - DNA Seqeuncing 1 > DNAS 1
https://qiita.com/wstone/items/287deea7e925b199a1d3
FAMSを用いたタンパク質機能予測に基づくDrugDiscovery
https://qiita.com/Yh_Taguchi/items/cf070f1e436423fc8eca
テンソル分解を用いて遺伝子発現プロファイルからインシリコ創薬
https://qiita.com/Yh_Taguchi/items/232e61b032a0eb72581c
FAMSを用いたタンパク質機能予測に基づくDrugDiscovery
https://qiita.com/Yh_Taguchi/items/cf070f1e436423fc8eca
RNA-seqのゲノムインデックスとアノテーションファイルを作成（Bowtie2）
https://qiita.com/petadimensionlab/items/f9fb0336480fd699199b
どの生物種までGO解析ができるか
https://qiita.com/antiplastics/items/add3f8438cbe6b2b594e
類縁配列検索ソフトウェアHH-Suiteのインストール方法
https://qiita.com/Ag_smith/items/401291c22fca19d61af9
GeneticSharp使い始めまとめ
https://qiita.com/she_takes/items/465ab216c29cf48ec8cb
FASTAファイルの整形
https://qiita.com/sk427/items/936beb25120f83bd7890
イケてるゲノムブラウザWebApollo2.0.6をmacに導入する その２ サンプルゲノムデータをいれてみる
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/9f0642586275cd6c182e
STARを使ったマッピング
https://qiita.com/vanillin99/items/6c4854a62e548ec8cf71
微生物のゲノムデータから表現型予測ができるTraitar を使う．
https://qiita.com/kohei-108/items/405117fd7e036cb1a745
参考資料(reference)
遺伝子関連 on qiita
五角形の遺伝子を並べる
https://qiita.com/yuifu/items/5c96ccb59fdfa6f915d1
遺伝子配列を奏でたら癒された
https://qiita.com/emihat/items/37d8392573b66f6c4583
「はたらく細胞」特許を探す。罠4つ。
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/8e6d028c250f629ebcde
遺伝子解析ソフト
変転が激しい。現行の版、公式URLの確認に手間取っています。
wikiの記述で更新されていないものが多く、訂正に手間取っています。
BioEdit
http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
CLC Sequence Viewer
https://www.qiagenbioinformatics.com/products/clc-sequence-viewer/
NCBI Genome Workbench
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/
Genentyx
https://www.genetyx.co.jp
Generous
http://www.digital-biology.co.jp/allianced/products/geneious/
MacVector
https://macvector.com
分子系統・塩基多型解析ソフトウェア等
MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis
https://www.megasoftware.net/home
DnaSP
http://www.ub.edu/dnasp/
SequenceServer
http://www.sequenceserver.com
DDBJ Read Annotation Pipeline
https://p.ddbj.nig.ac.jp/pipeline/Login.do
GeneStudio
http://genestudio.com
Integrative Genomics Viewer (IGV)
http://software.broadinstitute.org/software/igv/
GenomeMatcher project homepage
http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhomeJP.html
RepeatMasker
http://www.repeatmasker.org
dCAPS Finder 2.0
http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html
文書履歴(document history)
ver. 0.10 初稿 20180718
ver. 0.11 R, Bioconductor追記 20180720
ver. 0.12 遺伝子解析ソフト(Qiita以外）追記 20180721
ver. 0.13 参考文献追記 20181104
ver. 0.14 抜け漏れ追記 20181106
ver. 0.15 DNAと遺伝情報の物理 追記 20191021
ver. 0.16 Researchmapリンク切れ解消 20210911
＜この記事は個人の過去の経験に基づく個人の感想です。現在所属する組織、業務とは関係がありません。＞
最後までおよみいただきありがとうございました。
いいね 💚、フォローをお願いします。
Thank you very much for reading to the last sentence.
Please press the like icon 💚 and follow me for your happy life.