遺伝子解析を、R, Python, 機械学習、深層学習、量子コンピュータを使う方法を体系的に理解するために、

Qiitaの資料及びQiita外の資料を整理する。

計算機屋さんが、計算機で扱う場合の視点であるため、

生物屋さんには奇異な並びの情報があるかもしれない。

より細分化する時に、利用させていただきますので、気が付いたことは、お知らせくださると幸いです。


遺伝子解析

CummeRbundで遺伝子発現のプロットを遺伝子ごとに並べる

https://qiita.com/yuifu/items/cc9730f7e3a1277f6c50

真核生物の遺伝子モデルの作り方素案

https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/683d094144c7147f0be7

近縁種の遺伝子モデルがない場合のAugustusのトレーニング

https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/407dc5b283aada13b64d

AHRDで複数のblast結果を統合して遺伝子アノテーションをつける

https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/bd9e797d44c379124144


python

CAFEを使って遺伝子重複イベントを評価する

https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/55d2e96cccfe4f52b229

MyGeneを使ったクイックID変換

https://qiita.com/suimye/items/4233001ea9cd2916b387

遺伝子発現データを使用した機械学習

https://qiita.com/NariseT/items/0e9f2e4f1bebb4488b8b

wPGSA解析

https://qiita.com/vanillin99/items/7adf8ce3263ede233d38


R

R/BioconductorのGOstats packageをもちいたGene Ontology(GO)やKEGGのenrichment解析

https://qiita.com/nakachiy/items/b40bd0a8f233c380986b

【R】mygeneパッケージで遺伝子の情報を取得する

https://qiita.com/motthy/items/4138e8d686dd2023b36f

Rでたくさんの遺伝子の配列を一気に取得する方法

https://qiita.com/yuifu/items/a757629506c1cd98156b

遺伝子アノテーションに含まれる同一座標を持つtranscriptを探す(あるいはEnsemblアノテーションに関する注意)

https://qiita.com/yuifu/items/78d3dc611aed286f49a5

出芽酵母のいちばん長い遺伝子

https://qiita.com/wakuteka/items/e9197f8a7b6743107866

DNA二重らせんの両側にそれぞれ別の遺伝子が存在する箇所をRで抽出する

https://qiita.com/wakuteka/items/10027edccc6c2e244cd2

pythonとRによる遺伝子発現量データの自動取得

https://qiita.com/joemphilips/items/4de464e63a5c0784b17d

Rで例外処理

https://qiita.com/sk427/items/cff2bd883f3693f79cf6

orthofinder + mafft + trimal + iq-treeでゲノム規模のデータから系統樹を作る

https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/7c8cee435347eeee1cf5

ggtreeを使ってRで系統樹を扱う

https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/d3e04cf4e2f6e0588406

UCSC Genome Browser をRのplotで再現する

https://qiita.com/wakuteka/items/a99d5fb9f24367f55461

Rでたくさんの遺伝子の配列を一気に取得する方法

https://qiita.com/yuifu/items/a757629506c1cd98156b

欠損値に関するメモ(オミックス研究と関連して)

https://qiita.com/antiplastics/items/1526d1011938f78fa262

BiocStyleの紹介

https://qiita.com/antiplastics/items/8af640d94d4656aa2a31

配列名を使ってfastaをまとめて別ファイルに出力

https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/2fdb695929f5714b43cd

ggplot2でMA plot

https://qiita.com/yuifu/items/07d01d95175e53d361af


Ruby

Ruby から KEGG を検索する

https://qiita.com/kojix2/items/6a0021da760c2320334f

Ruby から BioMart を使ってみる

https://qiita.com/kojix2/items/fea8570dbdc11ef05261


Bioconductor

R/Bioconductor開発者のための開発環境の構築

https://qiita.com/antiplastics/items/ec64d9fadfe2448e445a

特定のR/BioconductorのパッケージをインストールしたDockerイメージを作成してみる

https://qiita.com/youyuh48/items/85ce071edf65163455f9

Bioconductorのパッケージ開発環境を作るためのDockerfile

https://qiita.com/antiplastics/items/fb13f8c9cde61f3f9bd1

Bioconductorにおける区間データの表現 1

https://qiita.com/yuifu/items/556af5d4d086c96ec783

Bioconductor 解説 Biostrings 編 その1

https://qiita.com/Kazuki-Nakamae/items/dd8859c5fe5a2e2d9671

GenomicRangesパッケージにおけるreduceとdisjoinの扱い

https://qiita.com/wakuteka/items/9634e5ed96db3536756f

Docker containers for Bioconductorを触ってみた

https://qiita.com/antiplastics/items/33410a168a2fe7aad82f


GEO

GEOから遺伝子発現データを取ってくる【R】

https://qiita.com/motthy/items/468e338c59c7d3dcd0d0

https://qiita.com/nakachiy/items/b40bd0a8f233c380986b

GEOの発現データを使いこなす

https://qiita.com/fukuit/items/d80ce8fcc4a07220c769

GEOの発現データを使いこなす(2)

https://qiita.com/fukuit/items/c999b459e73888a82e9a


Galaxy

Galaxy Training "From peaks to genes" を補足してみる

https://qiita.com/Atsushi_A/items/75e1bb61005c3c4214b9

Galaxy Training "Introduction to Genomics and Galaxy" を補足してみる

https://qiita.com/Atsushi_A/items/a3b9fe5ea9c573f411d5

公共Galaxyサーバー(微生物関連)

https://qiita.com/haruosuz/items/2e8692869887be8a808d

公共Galaxyサーバー(微生物以外)

https://qiita.com/haruosuz/items/60963d6f9e5477b5b671


道具類

TopCoder マラソンマッチ - DNA Seqeuncing 1 > DNAS 1

https://qiita.com/wstone/items/287deea7e925b199a1d3

FAMSを用いたタンパク質機能予測に基づくDrugDiscovery

https://qiita.com/Yh_Taguchi/items/cf070f1e436423fc8eca

テンソル分解を用いて遺伝子発現プロファイルからインシリコ創薬

https://qiita.com/Yh_Taguchi/items/232e61b032a0eb72581c

FAMSを用いたタンパク質機能予測に基づくDrugDiscovery

https://qiita.com/Yh_Taguchi/items/cf070f1e436423fc8eca

RNA-seqのゲノムインデックスとアノテーションファイルを作成(Bowtie2)

https://qiita.com/petadimensionlab/items/f9fb0336480fd699199b

どの生物種までGO解析ができるか

https://qiita.com/antiplastics/items/add3f8438cbe6b2b594e

類縁配列検索ソフトウェアHH-Suiteのインストール方法

https://qiita.com/Ag_smith/items/401291c22fca19d61af9

GeneticSharp使い始めまとめ

https://qiita.com/she_takes/items/465ab216c29cf48ec8cb

FASTAファイルの整形

https://qiita.com/sk427/items/936beb25120f83bd7890

イケてるゲノムブラウザWebApollo2.0.6をmacに導入する その2 サンプルゲノムデータをいれてみる

https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/9f0642586275cd6c182e

STARを使ったマッピング

https://qiita.com/vanillin99/items/6c4854a62e548ec8cf71

微生物のゲノムデータから表現型予測ができるTraitar を使う.

https://qiita.com/kohei-108/items/405117fd7e036cb1a745


参考資料(reference)


遺伝子関連 on qiita

五角形の遺伝子を並べる

https://qiita.com/yuifu/items/5c96ccb59fdfa6f915d1

遺伝子配列を奏でたら癒された

https://qiita.com/emihat/items/37d8392573b66f6c4583

「はたらく細胞」特許を探す。罠4つ。

https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/8e6d028c250f629ebcde


遺伝子解析ソフト

変転が激しい。現行の版、公式URLの確認に手間取っています。

wikiの記述で更新されていないものが多く、訂正に手間取っています。

BioEdit

http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

CLC Sequence Viewer

https://www.qiagenbioinformatics.com/products/clc-sequence-viewer/

NCBI Genome Workbench

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/

Genentyx

https://www.genetyx.co.jp

Generous

http://www.digital-biology.co.jp/allianced/products/geneious/

MacVector

https://macvector.com

分子系統・塩基多型解析ソフトウェア等

MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis

https://www.megasoftware.net/home

DnaSP

http://www.ub.edu/dnasp/

SequenceServer

http://www.sequenceserver.com

DDBJ Read Annotation Pipeline

https://p.ddbj.nig.ac.jp/pipeline/Login.do

GeneStudio

http://genestudio.com

Integrative Genomics Viewer (IGV)

http://software.broadinstitute.org/software/igv/

GenomeMatcher project homepage

http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhomeJP.html

RepeatMasker

http://www.repeatmasker.org

dCAPS Finder 2.0

http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html

<この項は書きかけです。順次、追記します。>


文書履歴(document history)

ver. 0.10 初稿 20180718

ver. 0.11 R, Bioconductor追記 20180720

ver. 0.12 遺伝子解析ソフト(Qiita以外)追記 20180721

ver. 0.13 参考文献追記 20181104

ver. 0.14 抜け漏れ追記 20181106