遺伝子解析を、R, Python, 機械学習、深層学習、量子コンピュータを使う方法を体系的に理解するために、
Qiitaの資料及びQiita外の資料を整理する。
計算機屋さんが、計算機で扱う場合の視点であるため、
生物屋さんには奇異な並びの情報があるかもしれない。
より細分化する時に、利用させていただきますので、気が付いたことは、お知らせくださると幸いです。
岩波講座 物理の世界 物理と情報（６）DNAと遺伝情報の物理 伏見譲 岩波書店,2005
https://www.amazon.co.jp//dp/4000111612/
説明歌 生命に物理法則発見す遺伝子分子生物学を. p.s. 物理学的視点で遺伝子を解析していくことの筋道がよくわかる。 参考文献等reseachmapで整理中。
https://bookmeter.com/books/20440416
目次
１ 生物は分子のレベルで既に生物らしい
1.1 生命現象における相補性原理
1.2 生物と無生物とを区別するもの―生物学的選択律、生体高分子の進化能）
２ 核酸の相補性の３段階―核酸の進化能の基盤
2.1 相補的塩基対―情報記憶の等重率を保証するもの
2.2 相補的塩基対―情報伝達の等重率を保証するもの
2.3
３ ヘリックス・コイル転移
3.1 ２重らせんの協同的融解
3.2 再生とハイブリダイゼーション）
４ 遺伝情報の創出
4.1 ＤＮＡ上の情報を処理する機械
4.2 分子進化の構成的原理
4.3
4.4
５ 巨大分子
5.1 巨大分子へ
5.2 １分子高分子統計力学
5.3
参考文献
索引
p.5
岩波講座 物理の世界 物理と情報〈7〉生物分子モーター―ゆらぎと生体機能
柳田 敏雄
岩波書店(2002/07/19)
DNAと遺伝情報の物理 参考文献等一覧
https://researchmap.jp/josxsqiic-2459399/#_2459399 リンク切れ。下記が更新後。
https://researchmap.jp/blogs/blog_entries/view/129899/bf27c48dc5c056635e0a21a0f5119e78?frame_id=387207
20世紀の物理学
ローリー・M.ブラウン, エーブラハム・パイス
丸善(1999/03/01)
Deoxyribonucleic Acid Molecule (A series of books in biology)
David Freifelder
W.H.Freeman & Co Ltd(1978/02/01)
ヴォート生化学〈上〉
Donald Voet, Judith G. Voet
東京化学同人(2012/12)
値段:￥ 7,480
ヴォート 生化学〈下〉
Donald Voet, Judith G. Voet
東京化学同人(2013/04/02)
Biophysical Chemistry: The Conformation of Biological Macromolecules (Their Biophysical Chemistry; PT. 1)
Charles R. Cantor
W H Freeman & Co(1980/02/01)
値段:￥ 20,318
Biophysical Chemistry Part 3 (Their Biophysical Chemistry; PT. 3)
Charles R. Cantor, Paul R. Schimmel
WH Freeman(1980/06/15)
値段:￥ 17,101
O. Goho, Prediction of melting profiles and local helix stability for sequenced DNA, Adv. Biophysics, 16, 1-51, 1986
生命の起源と進化の物理学 (シリーズ・ニューバイオフィジックスII 8)
共立出版(2003/01/05)
Steps Towards Life: A Perspective on Evolution
Manfred Eigen, Ruthild Winkler-Oswatitsch
Oxford Univ Pr(1996/08/29)
値段:￥ 1,539
The Origins of Order: Self-Organization and Selection in Evolution
Stuart A. Kauffman
Oxford University Press, U.S.A.(1993/06/10)
値段:￥ 10,315
混沌からの秩序
I. プリゴジン, I. スタンジェール
みすず書房(1987/07/01)
分子進化の中立説
木村 資生, 向井 輝美, 日下部 真一
紀伊國屋書店(1986/10)
＜この項は書きかけです。順次、追記します。＞
遺伝子解析
CummeRbundで遺伝子発現のプロットを遺伝子ごとに並べる
https://qiita.com/yuifu/items/cc9730f7e3a1277f6c50
真核生物の遺伝子モデルの作り方素案
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/683d094144c7147f0be7
近縁種の遺伝子モデルがない場合のAugustusのトレーニング
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/407dc5b283aada13b64d
AHRDで複数のblast結果を統合して遺伝子アノテーションをつける
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/bd9e797d44c379124144
python
CAFEを使って遺伝子重複イベントを評価する
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/55d2e96cccfe4f52b229
MyGeneを使ったクイックID変換
https://qiita.com/suimye/items/4233001ea9cd2916b387
遺伝子発現データを使用した機械学習
https://qiita.com/NariseT/items/0e9f2e4f1bebb4488b8b
wPGSA解析
https://qiita.com/vanillin99/items/7adf8ce3263ede233d38
R
R/BioconductorのGOstats packageをもちいたGene Ontology(GO)やKEGGのenrichment解析
https://qiita.com/nakachiy/items/b40bd0a8f233c380986b
【R】mygeneパッケージで遺伝子の情報を取得する
https://qiita.com/motthy/items/4138e8d686dd2023b36f
Rでたくさんの遺伝子の配列を一気に取得する方法
https://qiita.com/yuifu/items/a757629506c1cd98156b
遺伝子アノテーションに含まれる同一座標を持つtranscriptを探す（あるいはEnsemblアノテーションに関する注意）
https://qiita.com/yuifu/items/78d3dc611aed286f49a5
出芽酵母のいちばん長い遺伝子
https://qiita.com/wakuteka/items/e9197f8a7b6743107866
DNA二重らせんの両側にそれぞれ別の遺伝子が存在する箇所をRで抽出する
https://qiita.com/wakuteka/items/10027edccc6c2e244cd2
pythonとRによる遺伝子発現量データの自動取得
https://qiita.com/joemphilips/items/4de464e63a5c0784b17d
Rで例外処理
https://qiita.com/sk427/items/cff2bd883f3693f79cf6
orthofinder + mafft + trimal + iq-treeでゲノム規模のデータから系統樹を作る
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/7c8cee435347eeee1cf5
ggtreeを使ってRで系統樹を扱う
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/d3e04cf4e2f6e0588406
UCSC Genome Browser をRのplotで再現する
https://qiita.com/wakuteka/items/a99d5fb9f24367f55461
Rでたくさんの遺伝子の配列を一気に取得する方法
https://qiita.com/yuifu/items/a757629506c1cd98156b
欠損値に関するメモ（オミックス研究と関連して）
https://qiita.com/antiplastics/items/1526d1011938f78fa262
BiocStyleの紹介
https://qiita.com/antiplastics/items/8af640d94d4656aa2a31
配列名を使ってfastaをまとめて別ファイルに出力
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/2fdb695929f5714b43cd
ggplot2でMA plot
https://qiita.com/yuifu/items/07d01d95175e53d361af
Ruby
Ruby から KEGG を検索する
https://qiita.com/kojix2/items/6a0021da760c2320334f
Ruby から BioMart を使ってみる
https://qiita.com/kojix2/items/fea8570dbdc11ef05261
Bioconductor
R/Bioconductor開発者のための開発環境の構築
https://qiita.com/antiplastics/items/ec64d9fadfe2448e445a
特定のR/BioconductorのパッケージをインストールしたDockerイメージを作成してみる
https://qiita.com/youyuh48/items/85ce071edf65163455f9
Bioconductorのパッケージ開発環境を作るためのDockerfile
https://qiita.com/antiplastics/items/fb13f8c9cde61f3f9bd1
Bioconductorにおける区間データの表現 1
https://qiita.com/yuifu/items/556af5d4d086c96ec783
Bioconductor 解説 Biostrings 編 その１
https://qiita.com/Kazuki-Nakamae/items/dd8859c5fe5a2e2d9671
GenomicRangesパッケージにおけるreduceとdisjoinの扱い
https://qiita.com/wakuteka/items/9634e5ed96db3536756f
Docker containers for Bioconductorを触ってみた
https://qiita.com/antiplastics/items/33410a168a2fe7aad82f
GEO
GEOから遺伝子発現データを取ってくる【R】
https://qiita.com/motthy/items/468e338c59c7d3dcd0d0
https://qiita.com/nakachiy/items/b40bd0a8f233c380986b
GEOの発現データを使いこなす
https://qiita.com/fukuit/items/d80ce8fcc4a07220c769
GEOの発現データを使いこなす(2)
https://qiita.com/fukuit/items/c999b459e73888a82e9a
Galaxy
Galaxy Training "From peaks to genes" を補足してみる
https://qiita.com/Atsushi_A/items/75e1bb61005c3c4214b9
Galaxy Training "Introduction to Genomics and Galaxy" を補足してみる
https://qiita.com/Atsushi_A/items/a3b9fe5ea9c573f411d5
公共Galaxyサーバー（微生物関連）
https://qiita.com/haruosuz/items/2e8692869887be8a808d
公共Galaxyサーバー（微生物以外）
https://qiita.com/haruosuz/items/60963d6f9e5477b5b671
道具類
TopCoder マラソンマッチ - DNA Seqeuncing 1 > DNAS 1
https://qiita.com/wstone/items/287deea7e925b199a1d3
FAMSを用いたタンパク質機能予測に基づくDrugDiscovery
https://qiita.com/Yh_Taguchi/items/cf070f1e436423fc8eca
テンソル分解を用いて遺伝子発現プロファイルからインシリコ創薬
https://qiita.com/Yh_Taguchi/items/232e61b032a0eb72581c
FAMSを用いたタンパク質機能予測に基づくDrugDiscovery
https://qiita.com/Yh_Taguchi/items/cf070f1e436423fc8eca
RNA-seqのゲノムインデックスとアノテーションファイルを作成（Bowtie2）
https://qiita.com/petadimensionlab/items/f9fb0336480fd699199b
どの生物種までGO解析ができるか
https://qiita.com/antiplastics/items/add3f8438cbe6b2b594e
類縁配列検索ソフトウェアHH-Suiteのインストール方法
https://qiita.com/Ag_smith/items/401291c22fca19d61af9
GeneticSharp使い始めまとめ
https://qiita.com/she_takes/items/465ab216c29cf48ec8cb
FASTAファイルの整形
https://qiita.com/sk427/items/936beb25120f83bd7890
イケてるゲノムブラウザWebApollo2.0.6をmacに導入する その２ サンプルゲノムデータをいれてみる
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/9f0642586275cd6c182e
STARを使ったマッピング
https://qiita.com/vanillin99/items/6c4854a62e548ec8cf71
微生物のゲノムデータから表現型予測ができるTraitar を使う．
https://qiita.com/kohei-108/items/405117fd7e036cb1a745
参考資料(reference)
遺伝子関連 on qiita
五角形の遺伝子を並べる
https://qiita.com/yuifu/items/5c96ccb59fdfa6f915d1
遺伝子配列を奏でたら癒された
https://qiita.com/emihat/items/37d8392573b66f6c4583
「はたらく細胞」特許を探す。罠4つ。
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/8e6d028c250f629ebcde
遺伝子解析ソフト
変転が激しい。現行の版、公式URLの確認に手間取っています。
wikiの記述で更新されていないものが多く、訂正に手間取っています。
BioEdit
http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
CLC Sequence Viewer
https://www.qiagenbioinformatics.com/products/clc-sequence-viewer/
NCBI Genome Workbench
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/
Genentyx
https://www.genetyx.co.jp
Generous
http://www.digital-biology.co.jp/allianced/products/geneious/
MacVector
https://macvector.com
分子系統・塩基多型解析ソフトウェア等
MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis
https://www.megasoftware.net/home
DnaSP
http://www.ub.edu/dnasp/
SequenceServer
http://www.sequenceserver.com
DDBJ Read Annotation Pipeline
https://p.ddbj.nig.ac.jp/pipeline/Login.do
GeneStudio
http://genestudio.com
Integrative Genomics Viewer (IGV)
http://software.broadinstitute.org/software/igv/
GenomeMatcher project homepage
http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhomeJP.html
RepeatMasker
http://www.repeatmasker.org
dCAPS Finder 2.0
http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html
一覧
物理記事 上位100
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/66e90fe31fbe3facc6ff
量子(0) 計算機, 量子力学
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/1cd954cb0eed92879fd4
数学関連記事１００
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/d8dadb49a6397e854c6d
言語・文学記事 １００
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/42d58d5ef7fb53c407d6
医工連携関連記事一覧
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/6ab51c12ba51bc260a82
自動車 記事 １００
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/f7f0b9ab36569ad409c5
通信記事１００
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/1d67de5e1cd207b05ef7
日本語（０）一欄
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/7498dcfa3a9ba7fd1e68
英語(0) 一覧
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/680e3f5cbf9430486c7d
転職(0)一覧
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/f77520d378d33451d6fe
仮説（0）一覧（目標100現在40）
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/f000506fe1837b3590df
Qiita(0)Qiita関連記事一覧（自分）
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/58db5fbf036b28e9dfa6
鉄道（０）鉄道のシステム考察はてっちゃんがてつだってくれる
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/26bda595f341a27901a0
安全（0）安全工学シンポジウムに向けて: 21
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/c5d78f3def8195cb2409
一覧の一覧( The directory of directories of mine.) Qiita(100)
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/7eb0e006543886138f39
Ethernet 記事一覧 Ethernet(0)
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/88d35e99f74aefc98794
Wireshark 一覧 wireshark(0)、Ethernet(48)
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/fbed841f61875c4731d0
線網（Wi-Fi）空中線(antenna)(0) 記事一覧(118/300目標)
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/5e5464ac2b24bd4cd001
OSEK OS設計の基礎 OSEK(100)
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/7528a22a14242d2d58a3
Error一覧 error(0)
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/48b6cbc8d68eae2c42b8
プログラマによる、プログラマのための、統計(0)と確率のプログラミングとその後
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/6e9897eb641268766909
官公庁・学校・公的団体（NPOを含む）システムの課題、官（０）
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/04ee6eaf7ec13d3af4c3
「はじめての」シリーズ ベクタージャパン
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/2e41634f6e21a3cf74eb
AUTOSAR(0)Qiita記事一覧, OSEK(75)
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/89c07961b59a8754c869
プログラマが知っていると良い「公序良俗」
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/9fe7c0dfac2fbd77a945
LaTeX(0) 一覧
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/e3f7dafacab58c499792
自動制御、制御工学一覧（０）
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/7767a4e19a6ae1479e6b
Rust(0) 一覧
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/5e8bb080ba6ca0281927
小川清最終講義、最終講義（再）計画, Ethernet(100) 英語(100) 安全(100)
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/e2df642e3951e35e6a53
＜この記事は個人の過去の経験に基づく個人の感想です。現在所属する組織、業務とは関係がありません。＞
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文書履歴(document history)
ver. 0.10 初稿 20180718
ver. 0.11 R, Bioconductor追記 20180720
ver. 0.12 遺伝子解析ソフト(Qiita以外）追記 20180721
ver. 0.13 参考文献追記 20181104
ver. 0.14 抜け漏れ追記 20181106
ver. 0.15 DNAと遺伝情報の物理 追記 20191021
ver. 0.16 Researchmapリンク切れ解消 20210911
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