この記事の概要

特定のR/BioconductorのパッケージをインストールしたDockerイメージを作成する記事です。
例としてBioconductorのパッケージ sleuth をインストールしたイメージを作成します。

Dockerfileを置くGitHubのリポジトリの作成

Dockerfile専用のリポジトリDockerfilesを作成

Dockerfileの作成

作業用ディレクトリの準備

$ mkdir Dockerfiles
$ cd Dockerfiles
$ mkdir sleuth
$ cd sleuth

上記のディレクトリに以下のDockerfileを作成。
BioconductorのパッケージをbiocLiteでインストール。

Dockerfile

FROM bioconductor/release_base2:R3.5.0_Bioc3.7
MAINTAINER hoge <hoge@gmail.com>

RUN R -e 'source("http://bioconductor.org/biocLite.R"); \
biocLite("devtools", ask=F); \
biocLite("getopt", ask=F); \
biocLite("remotes", ask=F); \
biocLite("pachterlab/sleuth", ask=F); \
biocLite("grimbough/biomaRt", ask=F)'

RUN mkdir /data

上記のDockerfileからイメージdocker-username/sleuthを作成
docker-usernameはDocker Hubに登録したID

$ docker build -t docker-username/sleuth .

イメージ作成が失敗したら、Dockerfileを修正してやり直し

作成したイメージが動くかを試す

$ docker run --rm -it docker-username/sleuth /bin/bash
# R
R version 3.5.0 (2018-04-23) -- "Joy in Playing"
（中略）
> library("sleuth")
（正常にパッケージがロードできることを確認）
> sessionInfo()
R version 3.5.0 (2018-04-23)
（中略）
other attached packages:
[1] sleuth_0.30.0        BiocInstaller_1.30.0
（中略）
# exit

DockerfileをGitHubへコミット

Dockerfileを格納したディレクトリsleuthの上位ディレクトリDockerfilesをコミット

$ cd Dockerfiles
$ echo "# Dockerfiles" >> README.md
$ git init
$ git add .
$ git commit -m "first commit”
$ git remote add origin git@github.com:username/Dockerfiles.git
$ git push -u origin master

コミット後のリポジトリはこのような感じです

DockerHubのリポジトリの作成しイメージを登録

GitHubのリポジトリに置いたDockerfileを参照

DockerHubにログイン
Create -> Create Automated Build -> Create Auto-build Github
Dockerfileを格納したリポジトリを選択
Repository Name は作成したいイメージ名 -> Create
Build Settings タブ
- When active, builds will happen automatically on pushes. のチェックを外す
- Dockerfile LocationはDockerfileを置いたディレクトリを指定/sleuth
- Docker Tag Nameにイメージのバージョン（メインパッケージの）を指定0.30.0
- Save Changesをクリック
- Triggerをクリックするとイメージがビルドされる
Build Details タブ
- Successになればビルドが完了

Docker Hubからイメージをダウンロード

# テストでローカルに作成したイメージを先に削除
$ docker rmi youyuh48/sleuth
$ docker pull youyuh48/sleuth:0.30.0

作成したコンテナ内でRのスクリプトを動かす

-vでホストのカレントディレクトリがコンテナ内の/dataからアクセスできる
カレントディレクトリ内のRのスクリプトhoge.Rを実行
スクリプトの引数に入出力ファイルのパスを/data/xxxのように渡す
スクリプトの出力ファイルoutput.txtがホストのカレントディレクトリにできる

$ docker run --rm -it -v `pwd`:/data \
 youyuh48/sleuth:0.30.0 \
 Rscript /data/hoge.R /data/input.txt /data/output.txt

特定のR/BioconductorのパッケージをインストールしたDockerイメージを作成してみる