FASTAファイルの整形

FASTAファイルをダウンロードすると、

>GENENAME
ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGT
ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGT
ACGTACGTACGTACGTACGT

というかたちで改行がついてきてしまう。このままだと扱いにくいため、遺伝子名を残したまま改行を取り去るワンライナー

FASTA.faをcatでsedに渡す

cat FASTA.fa

>で始まる行の文末だけ<を付加する

sed -e '/^>/s/$/</g'

すべての改行コード（この場合\n）を消す

tr -d "\n" 

>を\n>（改行コードと>）で置換する

sed -e 's/>/\n>/gp'

目的遺伝子（GENEOFINTEREST）を含む行のみ取り出し、<を\n（改行コード）に置換する

sed -n -E '/GENEOFINTEREST* /s/</\n/gp

これらをパイプで繋いで

cat FASTA.fa | sed -e '/^>/s/$/</g' | tr -d "\n" | sed -e 's/>/\n>/gp' | sed -n -E '/GENEOFINTEREST/s/</\n/gp' > output.txt