#サンプルデータを使ってみる
##ゲノムデータなどを置くところを作っておく
ユーザーが自分で入れ直すことも考えてDesktopに置きます
cd ~
mkdir $WEBAPOLLO_DATA_DIR
mkdir $JBROWSE_DATA_DIR
mkdir temp
##サンプルデータをダウンロード
wget http://icebox.lbl.gov/webapollo/data/pyu_data.tgz
tar xvzf pyu_data.tgz
#fastaファイルの変換
webapolloに読める形に形式を変換して$JBROWSE_DATA_DIRディレクトリにいれる。
cd ~/Apollo-2.0.6
bin/prepare-refseqs.pl --fasta $HOME/pyu_data/scf1117875582023.fa --out $JBROWSE_DATA_DIR/test
blatで使うためにfastaファイル自体も$JBROWSE_DATA_DIRにいれておく
cp $HOME/pyu_data/scf1117875582023.fa $JBROWSE_DATA_DIR/test
#webapollo側の設定
webapolloにアクセスして、$JBROWSE_DATA_DIR/testを配列情報の場所として設定する。
http://localhost:8080/apollo/
に再度アクセスして、先ほどいれたアドミンユーザーとしてログインする。
右ウインドウがわOrganism
タブをクリックして
下側のDetails
画面のAdd New Organism
をクリックする。
各項目を入力して、Directory
欄には先ほどの$JBROWSE_DATA_DIR/test
を指定する。
#GFFを追加する
以下の様にしてGFFを導入する。
bin/flatfile-to-json.pl \
--gff $HOME/pyu_data/scf1117875582023.gff --type mRNA \
--trackLabel MAKER --out $JBROWSE_DATA_DIR/test
#遺伝子名などで検索できるようにする
作成したデータディレクトリに入り以下のようにするとindexが作成され、検索窓から遺伝子名を検索できるようになる
~/Apollo-2.0.6/bin/generate-names.pl --verbose
#BAMを追加する
$JBROWSE_DATA_DIR/testにbam ディレクトリを作って底にbamデータをインデックスと一緒に移動させる。
mkdir $JBROWSE_DATA_DIR/test/bam
cp $HOME/pyu_data/simulated-sorted.bam $JBROWSE_DATA_DIR/test/bam
cp $HOME/pyu_data/simulated-sorted.bam.bai $JBROWSE_DATA_DIR/test/bam
$JBROWSE_DATA_DIR/test/からみた場合の
bamの場所の相対パスを--bam_url で指定する。
--label でwebapollo中で表示される名前を指定する
--key で一意にデータを区別する名前を入れる
-i でtrackList.jsonを指定する
bin/add-bam-track.pl --bam_url bam/simulated-sorted.bam \
--label simulated_bam --key "simulated BAM" -i $JBROWSE_DATA_DIR/test/trackList.json
#bigwigを追加する
bamと同様に読み込ませる
mkdir $JBROWSE_DATA_DIR/test/bigwig
cp ~/pyu_data/*.bw $JBROWSE_DATA_DIR/test/bigwig
bin/add-bw-track.pl --bw_url bigwig/simulated-sorted.coverage.bw \
--label simulated_bw --key "simulated BigWig" -i $JBROWSE_DATA_DIR/test/trackList.json
#webapollo上での見方
右側のウインドウのTracksタブを開くと、導入したgff, bam, bigwigのチェックボックスがあるのでそれをチェックすると左のマップ上に表示される