イケてるゲノムブラウザWebApollo2.0.6をmacに導入する その２ サンプルゲノムデータをいれてみる

サンプルデータを使ってみる

ゲノムデータなどを置くところを作っておく

ユーザーが自分で入れ直すことも考えてDesktopに置きます

mkdir.sh

cd ~
mkdir $WEBAPOLLO_DATA_DIR
mkdir $JBROWSE_DATA_DIR
mkdir temp

サンプルデータをダウンロード

db_postgres.sh

wget http://icebox.lbl.gov/webapollo/data/pyu_data.tgz
tar xvzf pyu_data.tgz

fastaファイルの変換

webapolloに読める形に形式を変換して$JBROWSE_DATA_DIRディレクトリにいれる。

ref_fa_read.sh

cd ~/Apollo-2.0.6
bin/prepare-refseqs.pl --fasta $HOME/pyu_data/scf1117875582023.fa --out $JBROWSE_DATA_DIR/test

blatで使うためにfastaファイル自体も$JBROWSE_DATA_DIRにいれておく

cp $HOME/pyu_data/scf1117875582023.fa $JBROWSE_DATA_DIR/test

webapollo側の設定

webapolloにアクセスして、$JBROWSE_DATA_DIR/testを配列情報の場所として設定する。

http://localhost:8080/apollo/
に再度アクセスして、先ほどいれたアドミンユーザーとしてログインする。

右ウインドウがわOrganismタブをクリックして
下側のDetails画面のAdd New Organismをクリックする。

各項目を入力して、Directory欄には先ほどの$JBROWSE_DATA_DIR/testを指定する。

GFFを追加する

以下の様にしてGFFを導入する。

ref_fa_read.sh

bin/flatfile-to-json.pl \
--gff $HOME/pyu_data/scf1117875582023.gff --type mRNA \
--trackLabel MAKER --out $JBROWSE_DATA_DIR/test

遺伝子名などで検索できるようにする

作成したデータディレクトリに入り以下のようにするとindexが作成され、検索窓から遺伝子名を検索できるようになる


~/Apollo-2.0.6/bin/generate-names.pl --verbose


BAMを追加する

$JBROWSE_DATA_DIR/testにbam ディレクトリを作って底にbamデータをインデックスと一緒に移動させる。

mkdir $JBROWSE_DATA_DIR/test/bam
cp $HOME/pyu_data/simulated-sorted.bam $JBROWSE_DATA_DIR/test/bam
cp $HOME/pyu_data/simulated-sorted.bam.bai $JBROWSE_DATA_DIR/test/bam

$JBROWSE_DATA_DIR/test/からみた場合の
bamの場所の相対パスを--bam_url で指定する。
--label　でwebapollo中で表示される名前を指定する
--key　で一意にデータを区別する名前を入れる
-i　でtrackList.jsonを指定する

bam_read.sh

bin/add-bam-track.pl --bam_url bam/simulated-sorted.bam \
   --label simulated_bam --key "simulated BAM" -i $JBROWSE_DATA_DIR/test/trackList.json

bigwigを追加する

bamと同様に読み込ませる

bam_read.sh

mkdir $JBROWSE_DATA_DIR/test/bigwig
cp ~/pyu_data/*.bw $JBROWSE_DATA_DIR/test/bigwig
bin/add-bw-track.pl --bw_url bigwig/simulated-sorted.coverage.bw \
--label simulated_bw --key "simulated BigWig" -i $JBROWSE_DATA_DIR/test/trackList.json

webapollo上での見方

右側のウインドウのTracksタブを開くと、導入したgff, bam, bigwigのチェックボックスがあるのでそれをチェックすると左のマップ上に表示される