Galaxy
GalaxyDay 7

公共Galaxyサーバー(微生物関連)

このページでは、微生物の解析に利用できる公共Galaxyサーバー(Public Galaxy Servers)の一覧を示します。

Center for Phage Technology (CPT)

ファージの自動アノテーション。
多くのgenbank/gff3形式ファイル処理ツールが含まれています。

MISSISSIPPI

エピジェネティクス、メタゲノミクス、RNA配列データ解析

Orione

微生物NGS解析。
リードの前処理、マッピング、アセンブル、アノテーション、RNA-Seq、メタゲノム解析。

RNA-Rocket @ Pathogen Portal

感染症研究のためのRNA-Seq解析リソース。

VectorBase Galaxy

ヒト病原体の無脊椎動物ベクターに関する参考情報とワークフロー。

VirAmp

ウイルス ゲノム アセンブリ

ARGs-OAP

メタゲノムにおける抗生物質耐性遺伝子の同定

BioMaS

環境微生物群集の分類

BitLAB

メタゲノム解析

Huttenhower Lab

メタゲノム・機能的ゲノム解析

MBAC Metabiome Portal

マイクロバイオーム、メタボローム、immunomeデータ(Metabiome)解析

USMI Galaxy Demonstrator

微生物の情報を統合。
プロジェクトはまだ開発段階にあります。

VarCap

原核生物の変異(SNP, InDel, 構造多型)予測。
サーバーを使用するにはログインが必要です。