QIIME2でのfeature tableやシーケンスの結合
Feature table の結合 # 結合したいテーブルを並べるだけ qiime feature-table merge \ --i-tables table1.qza \ --i-table...
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QIIME2にてProtist Ribosomal Referenceデータベースを用いて18S rRNA遺伝子配列の分類割当を行う
18S rRNA遺伝子配列の分類割当を行う QIIME2で18S rRNA遺伝子配列の分類割当を実行する際、公式にはSILVAデータベースが16S/18S rRNAのどちらの配列も内包しているた...
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OrthoFinder が系統樹作成のステップで止まったら
OrthoFinderでよくあるエラー OrthoFinderで細菌株を多く使って比較ゲノム解析を行う際、オルソログを持ちいた系統樹作成のステップで、以下のようなエラーが生じる。 今回は31株の...
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microshadesをQIIME2データに適用する
microshadesとは 色覚異常 (CVD) を持つ人に適したカラーパレットはいくつかあるが、多数の色を同時に表示するマイクロバイオームデータには不十分であることが多い。 R パッケージであ...
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OrthoFinderをインストールするときのPython バージョン
python3.9の状態でcondaにてOrthoFinderをインストールすると、実行時に以下のようなエラーが出力される。 ERROR: An error occurred, ***pleas...
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Kraken2 でウイルス配列DBを取得するときのエラー対処
Kraken2ではデータベース構築の段階で--download-library bacteria と指定することで、RefSeqのウイルスの配列のみを取得することができる。 $ kraken2-...
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細菌の起源予測をするFEAST をQIIME2 にインストールする
細菌の起源予測をするFEASTについて FEAST (Fast expectation-maximization for microbial source tracking)は、マイクロバイオー...
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腸内細菌叢から健康状態を推定するGMHIを使ってみる
腸内細菌と健康について 腸内細菌叢と疾患の関連は様々な研究から明らかになっている。生活習慣病から自己免疫疾患まで、宿主の生理機能に広範囲に影響を与えている。 ここ最近、メタゲノム解析など網羅的な...
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Qiime2 メタデータファイルの#q2:typesについて
Qiime2 のメタデータで数値のみの列があるとき Qiime2 でメタデータとして数値のみの列があるときにそのままdiverity analysis を実行するとエラーが出る． qiime20...
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微生物群集解析ツール QIIME 2 を使う．Part2.（QC，FeatureTable生成編）
QIIME 2 を使う． QIIME2 はDNAのシーケンスデータから微生物解析を行うためのオープンソースのパイプラインである．クオリティの高いグラフや統計の処理を行うことが可能である． 今回は...
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ショートリード配列から高速に薬剤耐性や病原性のタイピングをするSRST2を使う
SRST2とは whole genome sequencing (WGS)のショートリード配列を入力データとして、遺伝子/対立遺伝子、MLSTを高速かつ正確に検出するためのマッピングベースのツー...
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QIIME2 のデータをLEfSe 用に変更する
QIIME2 の出力結果をLefSe で解析したい． HuttLab のLEfSe は各サンプル間の統計的有意性があるか解析し各群に特徴的な微生物コミュニティを絞り出してくれるツール． これまで...
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マイクロバイオームの組成データを用いた共起ネットワークの生成と解析
SCNICとは SCNICとは、"Sparse Cooccurrence Network Investigation for Compositional data"の略であり、「組成データのため...
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QIIME2のメタデータにAlpha多様性を追加して解析を楽にする
はじめに QIIME2では、データがqzaに格納されて、qzvに変換することで可視化できるようになる。 qzaからqzvにすると、QIIME2 view内で可視化できて、インタラクティブに図表を...
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QIIME2をGalaxyで動かす
QIIME2をGalaxy上で使う QIIME2をGalaxyで実行したいときは、QIIME2のモジュールであるq2galaxyを利用する。 q2galaxyは、2021.4バージョン（2021...
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RESCRIPtを使ってSILVAデータベースを取得・処理する
RESCRIPt とは QIIME2で、SILVAデータベースを使ってTaxonomy Assignmentするときに、たいていはData resourcesのMarker gene refer...
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QIIME2でのITS領域解析のために、UNITEデータベースから分類器を作成する
UNITEデータベースとは UNITEとは、真核生物の核内リボソームITS領域を中心としたデータベースのこと。 真菌のITS2領域のアンプリコンゲノムシーケンスを用いてQIIME2にて種のアサイ...
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macOS Big Sur にてUnityLoader.js が原因でWebGLが動作しないとき
Unityで作られたファイルがブラウザで動作しない Unity WebGLをブラウザで開こうとしたところ、動作しなかった。最初は、WebGLがChromeやSafariでアクティベートされていな...
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低カバレッジなメタゲノム配列における微生物の増殖速度を推定する『GRiD』
GRiDとは **Growth Rate InDex (GRiD)**のことで，本指数はメタゲノム配列のin situ 微生物増殖速度を推定するために Emiolaらによって2018年に開発され...
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細菌ゲノムの遺伝子を高速に比較するLS-BSR pipelineを使う
LS-BSR piplineとは Jason W らが作成した細菌のゲノム間の遺伝子を比較しBLASTスコア比を返してくれるツール． Large scale Blast Score Ratioを...
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