OrthoFinderでよくあるエラー
OrthoFinderで細菌株を多く使って比較ゲノム解析を行う際、オルソログを持ちいた系統樹作成のステップで、以下のようなエラーが生じる。
今回は31株のオルソログをOrthoFinderにて探索している。
ERROR: The system limits on the number of files a process can open is too low. For 31 species OrthoFinder needs to be able to open at least r=1061 files. Please increase the limit and restart OrthoFinder
IOError: [Errno 24] Too many open files #384 に対処法が書いてある。
OrthoFinderは入力した細菌株数からオルソログをどんどん探索してtsvファイルに出力していくので、システム上で同時に多くのファイルを開くこととなる。具体的には、n（細菌株数）に対して、n^2 + 50のファイル数を開けるだけのキャパを用意しておく必要がある。
If you are running an analysis on n species then OrthoFinder will need to be able to open approximately r=n^2+50 files. The n-squared files are the .tsv files of orthologs that are updated with the orthologs as each new gene tree is analysed. The 50 is for extra files opened by the process. As I don't understand the full intricacies of how how many files linux opens to run a process I'd suggest being safe and using a number considerably bigger than 50.
対処法
まずは、システム側で同時に開くことができるファイル数を確認する。
Hard limit > Soft limit の場合は、root権限なしにそのまま変更できる。
# hard limit
ulimit -Hn
# soft limit
ulimit -Sn
31株をOrthoFinderで解析する場合、最低でもr = 31^2+50 = 1,011あれば良い。
今回は余裕を持ってr = 5,000を指定する。
# hard limit > soft limitの場合
ulimit -n 5000
その後、系統樹作成のステップから再実行する。
orthofinder -ft ortho-finder_prot_fasta/Results_May10/