OrthoFinderをインストールするときのPython バージョン

python3.9の状態でcondaにてOrthoFinderをインストールすると、実行時に以下のようなエラーが出力される。

ERROR: An error occurred, ***please review the error messages*** they may contain useful information about the problem.

どうやらOrthoFinderで用いるPythonのバージョンは最新版だと動かないようで、
Pythonのバージョン指定をして仮想環境を作ってインストールしてあげる。

$ conda create -n orthofinder python=3.7
$ conda activate orthofinder
$ conda install orthofinder

テストデータをダウンロードして実行してみる

$ git clone https://github.com/davidemms/OrthoFinder.git
$ cd OrthoFinder/
$ orthofinder -f tests/Input/ExampleDataset -t 8

無事に完了したっぽい

Reconciling gene trees and species tree
---------------------------------------
Outgroup: Mycoplasma_hyopneumoniae_AE017243
2023-01-15 15:29:16 : Starting Recon and orthologues
2023-01-15 15:29:16 : Starting OF Orthologues
2023-01-15 15:29:16 : Done 0 of 327
2023-01-15 15:29:16 : Done 100 of 327
2023-01-15 15:29:16 : Done 200 of 327
2023-01-15 15:29:17 : Done 300 of 327
2023-01-15 15:29:17 : Done OF Orthologues

Writing results files
=====================
2023-01-15 15:29:17 : Done orthologues

参考文献

OrthoFinder

OrthoFinder: phylogenetic orthology inference for comparative genomics