QIIME2 の出力結果をLefSe で解析したい．
HuttLab のLEfSe は各サンプル間の統計的有意性があるか解析し各群に特徴的な微生物コミュニティを絞り出してくれるツール．
これまで，QIIME1 ではTaxonomic Analysis で出力されたファイルをLEfSe に与えることで迅速に解析をすることができた．
QIIME2 では，QIIME1 と異なりTaxonomic Analysis で各細菌の割合が相対値ではなく，絶対値で出力されている．そのため，LEfSe に出力結果をそのまま投げることができない．
以下の手順を踏むことにより，相対値のテキストファイルを出力する．
やること
1. 解析したいLevel をテーブルから抽出する．
2. 抽出したテーブルの値を絶対値から相対値に変換する.
3. BIOMファイルに出力する.
4. BIOMからテキストファイルに出力する.
1. 解析したいLevel をテーブルから抽出する．
collapse: Collapse features by their taxonomy at the specified level
--p-level 6 はLevel 6(Genus)を指定している．
Level 1 = Kingdom (e.g Bacteria)
Level 2 = Phylum (e.g Actinobacteria)
Level 3 = Class (e.g Actinobacteria)
Level 4 = Order (e.g Actinomycetales)
Level 5 = Family (e.g Streptomycetaceae)
Level 6 = Genus (e.g Streptomyces)
Level 7 = Species (e.g mirabilis)
qiime taxa collapse --i-table table.qza --i-taxonomy taxonomy.qza --p-level 6 --o-collapsed-table collapsed_table.qza
2. 抽出したテーブルの値を絶対値から相対値に変換する．
relative-frequency: Convert to relative frequencies
qiime feature-table relative-frequency --i-table collapsed_table.qza --o-relative-frequency-table relative-collapsed_table.qza
3. BIOMファイルとして出力する.
qiime tools export --input-path relative-collapsed_table.qza --output-path exported-feature-table
cd exported-feature-table/
4. BIOMからテキストファイルに変換する.
biom convert -i feature-table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv --header-key taxonomy
table.from_biom_w_taxonomy.txt をLEfSeに投げよう！
チュートリアルはこちら
LEfSe Tutorial
解析はこちら
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