QIIME2でのfeature tableやシーケンスの結合

Feature table の結合

# 結合したいテーブルを並べるだけ
qiime feature-table merge \
    --i-tables table1.qza \
    --i-tables table2.qza \
    --o-merged-table merged-table.qza

# 結合結果を確認するために可視化
qiime feature-table summarize \
        --i-table merged-table.qza \
        --o-visualization merged-table.qzv \
        --m-sample-metadata-file sample-data.txt 

table.qzaでは、c54361b7026e71aeefd89886daa94adcや、daf7abc4f05170cac3c69a3a3c652811など、ランダムな文字列（？）がfeature IDとして付与されるが、これが2つのテーブル間で偶然一致したときにどうするか。

その場合に、--p-overlap-method というオプションが使える。
"average （ID間の平均値を出力）"、"error_on_overlapping_feature （重複時にfeatureに対してエラー出力）"、"error_on_overlapping_sample （重複時にsampleに対してエラー出力）"、"sum （合計する）"という選択肢がある。

このオプションを指定しないと、重複したときにエラーを返す"error_on_overlapping_sample"オプションがデフォルトで指定される。

シーケンスの結合

DADA2から出力される代表シーケンス (rep-seqs)を結合できる。

# 結合したいシーケンスデータを並べるだけ
qiime feature-table merge-seqs \
        --i-data rep-seqs1.qza \
        --i-data rep-seqs2.qza \
        --o-merged-data merged-rep-seqs.qza \

種の組成テーブルの結合

# 結合したい種の組成データを並べるだけ
qiime feature-table merge-taxa \
        --i-data taxonomy1.qza \
        --i-data taxonomy2.qza \
        --o-merged-data merged-taxonomy.qza

参考

merge: Combine multiple tables
merge-seqs: Combine collections of feature sequences
merge-taxa: Combine collections of feature taxonomies