Feature table の結合
# 結合したいテーブルを並べるだけ
qiime feature-table merge \
--i-tables table1.qza \
--i-tables table2.qza \
--o-merged-table merged-table.qza
# 結合結果を確認するために可視化
qiime feature-table summarize \
--i-table merged-table.qza \
--o-visualization merged-table.qzv \
--m-sample-metadata-file sample-data.txt
table.qzaでは、c54361b7026e71aeefd89886daa94adc
や、daf7abc4f05170cac3c69a3a3c652811
など、ランダムな文字列(?)がfeature IDとして付与されるが、これが2つのテーブル間で偶然一致したときにどうするか。
その場合に、--p-overlap-method
というオプションが使える。
"average (ID間の平均値を出力)"、"error_on_overlapping_feature (重複時にfeatureに対してエラー出力)"、"error_on_overlapping_sample (重複時にsampleに対してエラー出力)"、"sum (合計する)"という選択肢がある。
このオプションを指定しないと、重複したときにエラーを返す"error_on_overlapping_sample"オプションがデフォルトで指定される。
シーケンスの結合
DADA2から出力される代表シーケンス (rep-seqs)を結合できる。
# 結合したいシーケンスデータを並べるだけ
qiime feature-table merge-seqs \
--i-data rep-seqs1.qza \
--i-data rep-seqs2.qza \
--o-merged-data merged-rep-seqs.qza \
種の組成テーブルの結合
# 結合したい種の組成データを並べるだけ
qiime feature-table merge-taxa \
--i-data taxonomy1.qza \
--i-data taxonomy2.qza \
--o-merged-data merged-taxonomy.qza
参考
merge: Combine multiple tables
merge-seqs: Combine collections of feature sequences
merge-taxa: Combine collections of feature taxonomies