線形判別分析 (LDA) とLefSe, 大津の二値化を理解する
はじめに スモールデータと機械学習より、線形判別分析 (LDA) の理解を深めるために記事を作成します。n番煎じです。この記事では基本的にベクトルは縦ベクトルとして扱います。 ついでに LD...
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画像処理の疑似濃淡変換を理解する
はじめに ※今回のサンプル画像として、乃木坂46の西野七瀬さんの写真を使用します。元がいい写真なので、今回の処理は蛇足です。 画像の情報量を落として圧縮するための手法の一つに二値化があります。...
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PLS回帰 (PLS1) を理解する
はじめに スモールデータと機械学習より、PLS回帰の理解を深めるために記事を作成します。今回は1つの目的変数を予測するPLS1 についてです。n番煎じです。この記事では基本的にベクトルは縦ベク...
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官能評価のNapping® における座標取得スクリプトをpython で実装する
はじめに 食品の官能評価の手法の一つに、サンプル間の類似度を使用するNappingがあります。この手法により、各パネルの結果を統合して、サンプル間の類似関係を評価することができます。Nappi...
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ガウス過程回帰を頑張って理解する
はじめに 経緯 弊は食品設計を行っているマンです。ベイズ最適化本である「Pythonで学ぶ実験計画法入門 ベイズ最適化によるデータ解析」を参考に、配合物性の最適化を行っている際、「ガウス過程と...
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ローカルアライメントで16SrRNA 塩基配列をトリミングする
はじめに ロングリードで得られたシークエンスデータを持ちいて Taxonomy 推定 を行うときに、全長16S を用いるべきか、V1-V5 でトリミングして用いるべきか、迷ったのでトリミングツ...
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NCBI より微生物の塩基配列をDLする
はじめに 腸内細菌の研究において、シークエンスで読まれた微生物のDNA配列がどの細菌に由来するのかを分類し、菌叢構成を推定する手法に、Taxonomy 推定があります。この Taxonomy ...
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主成分分析を理解する
はじめに スモールデータと機械学習より、主成分分析の理解を深めるために記事を作成します。n番煎じです。 主成分分析をやって何がうれしいの？ 変数間の共線性がある変数同士をまとめて主成分でデータを...
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官能評価におけるTime Intensity 法をPython で実装する
はじめに 食品の官能評価において、咀嚼中に感じる特定の味の強度推移を測定する手法にTime Intensity (TI) 法があります。行うことはとてもシンプルで、iPad などを用いてスケール...
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画像処理のガンマ補正とコントラスト強調/低減を理解する
はじめに ※今回のサンプル画像として、乃木坂46の西野七瀬さんの写真を使用します。元がいい写真なので、今回の処理は蛇足です。 画素値を補正する手法の一つにガンマ補正、コントラスト強調/低減があ...
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画像処理におけるヒストグラム均一化を理解する
はじめに ※今回のサンプル画像として、乃木坂46の西野七瀬さんの写真を使用します。元がいい写真なので、今回の処理は蛇足です。 画像の画素値に偏りがあると、輪郭が見にくいなどの問題が生じます。 ...
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サンプリングモアレ法で変位を測定する
はじめに カメラを用いて、画像の変位分布を測定する手法の一つに、サンプリングモアレ法があります。縞模様を張り付けた対象が歪んだ際の画像に対し、元の縞模様を重ねるとモアレ縞が発生します。この縞を...
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