pmemd24とambertools25のインストール方法
環境 以下の環境で確認しました macOS 15.4.1 (Sequoia), Apple M3 Pro Xcode 16.3, Build version 16E140 ターミナルからHome...
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タンパク質モデリングソフトウェアパッケージRosetta 3.15のインストール方法 for macOS, Linux
Washington大学のDavid Baker研究室で精力的に開発されているタンパク質モデリングソフトウェアパッケージ Rosetta ver. 3.15（2025年9月9日）のダウンロードと...
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化合物のSMILES作成方法TIPS
AlphaFold3が化合物を取り扱えるようになりましたが、化合物の入力方法はSMILES記法またはUser-provided CCDのみとなっております。 基本的にはUser-provided...
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Pythonパッケージ開発チュートリアル
個人的なパッケージ開発チュートリアルです。ここに書いてあるのは一例なので、ググったりChatGPTに聞くなりして、より良い方法を見つけるなどして各自レベルアップしてください。 最近作成したAlp...
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AlphaFold3 (ver. 3.0.1) インストール
2024年11月11日の夜（日本時間）にAlphaFold3のコードが公開されました。GitHubリポジトリはこちら。 Dockerがある場合はそちらを使えば簡単に実行できますが、共用計算機環境...
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macOS/Ubuntu 22.04へのオープンソース版PyMOL 3.0のインストール方法
PyMOLはVMDやUCSF Chimeraと並んで、タンパク質やDNAなどの生体分子の構造を表示するのに使われることの多いViewerソフトです。美しいレンダリング、オープンソース性が特長とな...
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LocalColabFoldを完全ローカル環境で動作させる
創薬 (dry) Advent Calendar 2023の12月8日（金）のテーマ 超大容量RAM搭載サーバーを持っている、または名古屋大学のスパコン不老の上でLocalColabFoldを計...
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PyMOL設定小ネタ
PyMOL設定小ネタ pymolrcの設定 .pymolrcファイルは、PyMOLの起動時に読み込まれる設定ファイルです。LinuxやmacOSの場合は通常ホームディレクトリ（/Users/${...
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Biopythonを使ったバイオインフォマティクス（主に構造バイオインフォについて）
BioPython 近年、データサイエンスの世界でよく使われるようになったプログラミング言語Pythonですが、C言語などと比べて簡易な文法や文字列操作の利便性から、生命科学の世界、特にバイオイ...
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Gromacs 2025をインストール
Gromacs 2025をインストールする方法。 環境 macOS 15.4 (Sequoia), Intel CPUまたはApple Siliconどちらでも可 またはUbuntu 22.04...
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AlphaFold3とalphafold3_toolsで様々なタンパク質-基質複合体予測を行うチュートリアル
AlphaFold3とalphafold3_toolsで様々なタンパク質-基質複合体予測を行うチュートリアル GitHubにalphafold3_toolsというツールを作成したので、その宣伝を...
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オープンソース版PyMOLの外観をバイナリ版のそれに近付ける
分子描画ソフトウェアのPyMOLには公式のバイナリ（Incentive ver.）を利用してインストールしたものと、Schrödinger, Inc.のGitHubに置かれているオープンソース版...
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AlphaFold (ver.2.3.2) インストール
2021年7月16日午前3時頃（日本時間）に公開されたAlphaFold ver.2（以下、断りがない限り単純にAlphaFoldと書く）の論文について。 論文は https://www.nat...
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antechamberを使ったMD用小分子化合物の電荷パラメータの作り方
AmberToolsに実装されているモジュールantechamberを使って、分子動力学シミュレーション用にあるリガンド小分子の電荷パラメータを決定してみます。 MDシミュレーションを行うとき、...
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pair MSAを自前で作成してColabFoldによるヘテロ複合体構造予測を行う方法
ColabFoldには自前のMSAファイルを用いて構造予測させることができるが、ヘテロ複合体のときに用いるMSAファイルを適切に手動で作成することは難しい。ここではcolabfold_batch...
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HelixFold3のインストール
Introduction HelixFold3は中国のBaidu社が作っているAlphaFold3のクローンです。AlphaFold3の論文は2024年5月にNatureから出版されましたが、2...
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macOSのopen-source PyMOLでAPBS GUIを使う
APBS GUIについて PyMOLのバージョンが2になってからバイナリ版PyMOLの配布が始まりました。このバイナリにはいくつかの有名なプラグインがプリインストールされており、特に何も設定をし...
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OpenMMとpdbfixerをcondaを用いずに手動インストールする
OpenMMとpdbfixerは公式ページでもcondaを使ったインストールがおすすめされているが、サードパーティのcondaは邪道と思う方のために、python3公式のvenvを使った方法で管...
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Python 3.11をCentOS 7にインストールする
Python 3.10以降でpipを使うにはopenssl 1.1が必要となりましたが、古いCentOS 7などではopenssl 1.1がデフォルトで入っていないのと、Python3.10や3...
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RockyLinux 8にblast+をインストール
環境 RockyLinux 8.9 (Core) minimal installationからを想定 root権限あり インストール方法 # インストール先のディレクトリを指定する。自由に指定し...
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