pmemd24とambertools25のインストール方法
環境 以下の環境で確認しました macOS 15.4.1 (Sequoia), Apple M3 Pro Xcode 16.3, Build version 16E140 ターミナルからHome...
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環境 以下の環境で確認しました macOS 15.4.1 (Sequoia), Apple M3 Pro Xcode 16.3, Build version 16E140 ターミナルからHome...
Washington大学のDavid Baker研究室で精力的に開発されているタンパク質モデリングソフトウェアパッケージ Rosetta ver. 3.15(2025年9月9日)のダウンロードと...
AlphaFold3が化合物を取り扱えるようになりましたが、化合物の入力方法はSMILES記法またはUser-provided CCDのみとなっております。 基本的にはUser-provided...
個人的なパッケージ開発チュートリアルです。ここに書いてあるのは一例なので、ググったりChatGPTに聞くなりして、より良い方法を見つけるなどして各自レベルアップしてください。 最近作成したAlp...
2024年11月11日の夜(日本時間)にAlphaFold3のコードが公開されました。GitHubリポジトリはこちら。 Dockerがある場合はそちらを使えば簡単に実行できますが、共用計算機環境...
PyMOLはVMDやUCSF Chimeraと並んで、タンパク質やDNAなどの生体分子の構造を表示するのに使われることの多いViewerソフトです。美しいレンダリング、オープンソース性が特長とな...
創薬 (dry) Advent Calendar 2023の12月8日(金)のテーマ 超大容量RAM搭載サーバーを持っている、または名古屋大学のスパコン不老の上でLocalColabFoldを計...
PyMOL設定小ネタ pymolrcの設定 .pymolrcファイルは、PyMOLの起動時に読み込まれる設定ファイルです。LinuxやmacOSの場合は通常ホームディレクトリ(/Users/${...
BioPython 近年、データサイエンスの世界でよく使われるようになったプログラミング言語Pythonですが、C言語などと比べて簡易な文法や文字列操作の利便性から、生命科学の世界、特にバイオイ...
Gromacs 2025をインストールする方法。 環境 macOS 15.4 (Sequoia), Intel CPUまたはApple Siliconどちらでも可 またはUbuntu 22.04...
AlphaFold3とalphafold3_toolsで様々なタンパク質-基質複合体予測を行うチュートリアル GitHubにalphafold3_toolsというツールを作成したので、その宣伝を...
分子描画ソフトウェアのPyMOLには公式のバイナリ(Incentive ver.)を利用してインストールしたものと、Schrödinger, Inc.のGitHubに置かれているオープンソース版...
2021年7月16日午前3時頃(日本時間)に公開されたAlphaFold ver.2(以下、断りがない限り単純にAlphaFoldと書く)の論文について。 論文は https://www.nat...
AmberToolsに実装されているモジュールantechamberを使って、分子動力学シミュレーション用にあるリガンド小分子の電荷パラメータを決定してみます。 MDシミュレーションを行うとき、...
ColabFoldには自前のMSAファイルを用いて構造予測させることができるが、ヘテロ複合体のときに用いるMSAファイルを適切に手動で作成することは難しい。ここではcolabfold_batch...
Introduction HelixFold3は中国のBaidu社が作っているAlphaFold3のクローンです。AlphaFold3の論文は2024年5月にNatureから出版されましたが、2...
APBS GUIについて PyMOLのバージョンが2になってからバイナリ版PyMOLの配布が始まりました。このバイナリにはいくつかの有名なプラグインがプリインストールされており、特に何も設定をし...
OpenMMとpdbfixerは公式ページでもcondaを使ったインストールがおすすめされているが、サードパーティのcondaは邪道と思う方のために、python3公式のvenvを使った方法で管...
Python 3.10以降でpipを使うにはopenssl 1.1が必要となりましたが、古いCentOS 7などではopenssl 1.1がデフォルトで入っていないのと、Python3.10や3...
環境 RockyLinux 8.9 (Core) minimal installationからを想定 root権限あり インストール方法 # インストール先のディレクトリを指定する。自由に指定し...
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