pmemd24とambertools25のインストール方法

環境

以下の環境で確認しました

• macOS 15.4.1 (Sequoia), Apple M3 Pro
• Xcode 16.3, Build version 16E140
• ターミナルからHomebrewをインストールしてある
• ターミナルからxcode-select --installでCommand Line Toolsをインストールしてある（必要）

Note

2025年4月29日にpmemd24とambertools25がリリースされました（ http://ambermd.org/GetAmber.php）。

重要なこととして、これまでのインストール方法から大きく変化しています。これまではAMBERとAmberToolsが、別のファイルとしてダウンロードしてくるとはいえ、展開したときのディレクトリ名がamberXXと同じ名前になっていましたが、今回からはpmemd24.tar.bz2とambertoosl25.tar.bz2をそれぞれ展開すると

• 高速なMDシミュレーションを実行するパッケージはpmemd24_src
• 解析ツール群のambertools25_src

に分かれました。インストール方法はほぼ共通です。

macOSへのインストール方法

ambertools25

公式からソースコードのpmemd24.tar.bz2とambertoosl25.tar.bz2を入手していることが前提です。

以下の処理を先にしておく必要があります。

• XcodeとXcode command line developer toolsをインストールしておく。XcodeはApp storeからダウンロードします。Xcode command line developer toolsはターミナルからxcode-select --installを入力し、その後指示に従います。さらにターミナルからsudo xcodebuild -license acceptも追加で入力が必要

以下インストール手順です。

• 2025年5月4日更新。gcc-14でもMPIが動作する
• 最新のcmake 4.0が入っている状態では-DCMAKE_POLICY_VERSION_MINIMUM=3.5を追加する

# macOSのHomebrewで必要なソフトウェアをインストールしておく。
brew install cmake gcc wget open-mpi
# ダウンロードしてきたソースコードをtar jxvfで解凍する
tar jxvf ambertools25.tar.bz2
cd ambertools25_src
# updateを実行する
./update_amber --update

# cmake用のbuildディレクトリに入る
cd build
###############################
# ここが最重要の設定。-DCMAKE_INSTALL_PREFIXにインストール先ディレクトリを指定する
# 下の例はホームディレクトリ以下のapps/amber24にインストールする設定。
# MPIはTRUEでも動作する。
# 基本的にはbuild/run_cmakeの中に書かれているとおりに実行すれば良いが、最新のcmake 4.0が入っている状態では`-DCMAKE_POLICY_VERSION_MINIMUM=3.5`を追加することだけ必要。
###############################
AMBER_PREFIX=$(dirname $(dirname `pwd`))
cmake $AMBER_PREFIX/ambertools25_src \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$AMBER_PREFIX/ambertools25 \
    -DCOMPILER=CLANG -DBLA_VENDOR=Apple \
    -DMPI=TRUE -DCUDA=FALSE -DINSTALL_TESTS=TRUE \
    -DDOWNLOAD_MINICONDA=TRUE \
    -DFORCE_DISABLE_LIBS="boost" \
    -DCMAKE_POLICY_VERSION_MINIMUM=3.5 \
    2>&1 | tee cmake.log

ここで設定ミスによってconfigure incompleteになってしまった場合は、buildディレクトリの中で./clean_buildを実行し、設定を初期化してから改めてやり直したほうが良いです。

コンパイラ設定も確認してみます。

--                               Compilers:
-- The C compiler identification is AppleClang 17.0.0.17000013
-- The CXX compiler identification is AppleClang 17.0.0.17000013
-- The Fortran compiler identification is GNU 14.2.0

Configureが正常終了していることを確認したらmakeとインストールを実行します。

# Configureが正常終了していることを確認したらmakeとインストールを実行する
make -j8 install

インストールが終わったら、AMBERのプログラムコマンドをいつでも使えるようにするために、~/.bash_profile（echo $SHELLと打ってみて最後がbashの場合）または~/.zshrc（echo $SHELLと打ってみて最後がzshの場合。macOS Catalinaを使っているヒトはzshがデフォルトになっているはず）のどちらかのファイルに（なければ作成する）、以下のように書き込みます。

# for ambertools25
test -f ${HOME}/apps/ambertools25/amber.sh && source ${HOME}/apps/ambertools25/amber.sh

これでターミナルの起動時にambertools25のコマンドがいつでも使えるようになっているはずです。ターミナルを再起動してみたときにecho $AMBERHOMEと打ってみてAMBERをインストールしたパス（/Users/username/apps/ambertools25みたいな感じ）が表示されれば成功です。

$ echo $AMBERHOME
/Users/moriwaki/apps/ambertools25
$ which cpptraj
/Users/moriwaki/apps/ambertools25/bin/cpptraj

pmemd24

上記のambertools25とほぼ同じです。

# macOSのHomebrewで必要なソフトウェアをインストールしておく。
brew install cmake gcc wget open-mpi
# ダウンロードしてきたソースコードをtar jxvfで解凍する
tar jxvf pmemd24.tar.bz2
cd pmemd24_src
# updateを実行する
./update_amber --update

# cmake用のbuildディレクトリに入る
cd build
# run_cmakeファイルの中のやり方に、-DCMAKE_POLICY_VERSION_MINIMUM=3.5を追加。
cmake $AMBER_PREFIX/pmemd24_src 
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$AMBER_PREFIX/pmemd24 \
    -DCOMPILER=CLANG -DBLA_VENDOR=Apple \
    -DMPI=TRUE -DCUDA=FALSE -DINSTALL_TESTS=TRUE \
    -DDOWNLOAD_MINICONDA=FALSE -DBUILD_PYTHON=FALSE \
    -DBUILD_PERL=FALSE -DBUILD_GUI=FALSE \
    -DPMEMD_ONLY=TRUE -DCHECK_UPDATES=FALSE \
    -DCMAKE_POLICY_VERSION_MINIMUM=3.5 \
    2>&1 | tee cmake.log

# Configureが正常終了していることを確認したらmakeとインストールを実行する
make -j8 install

# for pmemd24
test -f ${HOME}/apps/pmemd24/amber.sh && source ${HOME}/apps/pmemd24/amber.sh

Ubuntu 22.04の場合

2025年5月4日現在、古い情報のままです。

aptで依存パッケージを入れます。

sudo apt -y update
sudo apt -y install tcsh make cmake gcc gfortran flex bison patch bc xorg-dev libbz2-dev wget

以下、cmakeインストール時に確認することです。

• インストール先は-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=<path>で設定する。
• GCCはUbuntu 22.04のデフォルトであるversion 11.4.0を使用し、-DCOMPILER=GNUでGNU Compilerによるコンパイルを指定する。
• OpenMPIを利用する場合は、この記事などを参考にしてaptまたはソースコードからのインストールを行っておき、PATHが通った状態で-DMPI=TRUEを設定する。
• CUDAを使ったMDシミュレーションは最大10倍近く高速なので、aptなどであらかじめ入れておき、-DBUILD_CUDA=TRUEとする。CUDAのバージョンは12.4(AMBER24の場合)までは対応している。
• QUICKというQM/MMのバッケージを利用するために、-DBUILD_QUICK=TRUEとする。
• マルチGPU環境でのNCCLを利用した計算を有効化する場合は、環境変数NCCL_HOMEをncclのインストール場所に設定し、-DNCCL=TRUEにする（下の例ではFALSEにしてある）。

tar jxvf AmberTools24.tar.bz2 ; tar jxvf Amber24.tar.bz2
cd amber24_src
# updateを実行する
./update_amber --update
# cmake用のbuildディレクトリに入る
cd build
# ここからcmake処理
AMBER_PREFIX=$(dirname $(dirname `pwd`))
# もしNCCLを有効化したいときは環境変数NCCL_HOMEを設定し、-DNCCL=TRUEにする。
# export NCCL_HOME="/path/to/apps/nccl/2.7.3"
cmake $AMBER_PREFIX/amber24_src \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/apps/amber24 \
    -DCOMPILER=GNU -DMPI=TRUE -DOPENMP=TRUE -DBUILD_GUI=FALSE -DCUDA=TRUE \
    -DBUILD_QUICK=TRUE -DINSTALL_TESTS=TRUE -DNCCL=FALSE \
    -DDOWNLOAD_MINICONDA=TRUE 2>&1 | tee cmake.log

# Configureが正常終了していることを確認したらmakeとインストールを実行する
make -j8 install