Washington大学のDavid Baker研究室で精力的に開発されているタンパク質モデリングソフトウェアパッケージ Rosetta ver. 3.15（2025年9月9日）のダウンロードとインストール方法についてです。
環境
マシンのOSはいずれか1つ
- macOS Tahoe 15.0.1 + Homebrewをインストールしている
- RHEL 8以降 (Rocky Linux 8, AlmaLinux 8などを含む)
- Ubuntu 24.04 LTS
以上のマシンでインストールできることを確認しました。
Rosettaのソースコード（必要であればバイナリなども）をダウンロード
Rosetta 3.15は現在ユーザー登録などが不必要になっています。またGitHubの公式リポジトリでは細かいアップデートが行われたバージョンが配信されています。ここでは安定版のRosetta 3.15のソースコードからのインストールを紹介します。
RosettaCommonsのダウンロードページにアクセスし、ライセンスや使用条件などに問題がないことを確認してから、Download Rosetta 3.15のところからダウンロードします。
ダウンロードしたファイル名はrosetta_source_3.15_bundle.tar.bz2となっています（約5.0 GB）。展開するとrosetta.source.release-408というディレクトリが生成されますが、このディレクトリ名はバージョン名がわからなくなるので、私は以下のコマンドでRosetta3.15という名前に変更しています。
tar jxvf rosetta_src_3.15_bundle.tar.bz2
mv rosetta.source.release-408 Rosetta3.15
以降はRosetta3.15ディレクトリを適切なディレクトリに配置してからインストールを行います。例えば私は${HOME}/apps/ディレクトリに配置しています。
この後、コンパイルとインストール作業を行います。
Rosettaのコンパイルについての概要
流れとしては、いずれのOSにおいても、まずはコンパイル＆インストール（serial版;1コアのみの計算版）を行い、次にMPIの設定を行った上でMPI版のインストール、とするとうまくいきます。
コンパイルはSConsというPythonベースのビルドシステムを利用して行います。ninjaを使う方法は現在使わないほうが良いでしょう。
実際のコンパイル手順
macOS (tahoe)へのインストール（serial版）
たぶんtahoe以前のmacOSでも同じ手順でいけると思いますが、未確認です。
まずApp storeから最新版のXcodeをインストールしておきます。macOSの場合はコンパイラとしてApple LLVM(/usr/bin/gccの実体がこれ)を利用した方がインストールがうまくいきます
事前準備として、XCodeを入れたあと、ターミナルから以下のコマンドを入れておきます。
sudo xcode-select -s /Library/Developer/CommandLineTools
パスワードを求められるので入力してEnterを押します。次に、以下のコマンドで、使おうとするコンパイラがApple LLVMであることを確認しておきます。
$ /usr/bin/gcc --version
Apple clang version 17.0.0 (clang-1700.3.19.1)
Target: arm64-apple-darwin25.0.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin
次に、HomebrewでsconsとGNU sedをインストールしておきます。
brew install scons gnu-sed
sconsはビルド時に必要なので、インストールが終わったらbrew uninstall sconsで削除しても構いません。
これらを確認したら、${HOME}/apps/Rosetta3.15/main/source/に移動します。
scons.pyというファイルがありますが、最初の行の#!/usr/bin/env pythonを#!/usr/bin/env python3に書き換える必要があります。gnu-sedを使うと以下のようにできます。
gsed -i -e "s#/usr/bin/env python#/usr/bin/env python3#g" scons.py
# ${HOME}/apps/Rosetta3.15/main/sourceに移動
cd ~/apps/Rosetta3.15/main/source
# serial版のインストール。よほどのことがない限りmode=releaseをつける。つけないと計算がとても遅くなるそう。
scons -j 8 mode=release bin
Apple SiliconのMacだとだいたいコンパイル＆インストールに20分くらいかかるような気がします（結構長い）。最後に
scons: done building targets.
と表示されていれば完了です。bin/ディレクトリにAbinitioRelaxなどの実行ファイルが生成されていることを確認してください。
macOSへのインストール（OpenMPI版）
CPUのコア数分だけ同時に並列計算してくれるようにするためのインストール設定です。上記のserial版を入れておいたあと（入れなくてもいける？少なくともXcodeとsudo xcode-select -s /Library/Developer/CommandLineToolsをしておく必要はある）、以下の手順に従えばopen-mpiを使ってAbinitioRelaxなどがマシンのコア数分並列化されたMPI版をインストールすることができます。
まずはopen-mpiを入れておく必要があります。これはHomebrewでも配信されているので、
brew install open-mpi
でインストールできます。インストールが終わったら、mpicc(C用のコンパイラのmpi版)とmpicxx(C++用のコンパイラのmpi版)コマンドが利用可能になっているはずなので確認します。
$ which mpicxx
/opt/homebrew/bin/mpicc
$ mpicxx --version
Apple clang version 17.0.0 (clang-1700.3.19.1)
Target: arm64-apple-darwin25.0.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin
この状態で、先ほどと同じcd ${HOME}/apps/Rosetta3.15/main/sourceに移動します。
mpi版のインストールコマンドは以下のようになります。
scons -j 8 mode=release bin extras=mpi,serialization
しかしこれでは以下のようなエラーが発生します。
scons: *** [build/src/release/macos/26.0/64/arm/clang/17.0/mpi-serialization/apps/public/AbinitioRelax.o] Error 255
[cadenza.local:04789] Error: Unable to get the user home directory
[cadenza.local:04789] Error: Unable to get the user home directory
--------------------------------------------------------------------------
It looks like opal_init failed for some reason; your parallel process is
likely to abort. There are many reasons that a parallel process can
fail during opal_init; some of which are due to configuration or
environment problems. This failure appears to be an internal failure;
here's some additional information (which may only be relevant to an
Open MPI developer):
mca_base_var_init failed
--> Returned value -1 instead of OPAL_SUCCESS
この場合、main/source/tools/build/site.settingsファイルの
の
## Uncomment the following line if your compiler need additional environment variables to function (e.g. license key locations)
# "ENV" : os.environ,
のコメントアウトを外すと動くようになります。手動でコメントアウトしてください。
その後、もう一度先程のコマンドを実行し、インストールが始まればOKです。
RHEL8、Ubuntu 24.04へのインストール
上記macOSのやり方とほぼ同じです。Linuxの場合はコンパイラとしてgcc-13を使いました。また、sconsコマンドを使うところでは
python3 scons.py -j 8 mode=release bin
python3 scons.py -j 8 mode=release bin extras=mpi,serialization
でも動作します。
Ubuntu 24.04の場合でMPI版をインストールするときに以下のエラーが発生することがありました。
mpiCC: error while loading shared libraries: libpmix.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
scons: *** [build/src/release/linux/6.8/64/x86/gcc/13.3/mpi-serialization/apps/public/AbinitioRelax.o] Error 127
mpiCC -o build/src/release/linux/6.8/64/x86/gcc/13.3/mpi-serialization/protocols/antibody_legacy/AntibodyClass.os -c -std=c++0x -isystem external/boost_submod/ -isystem external/ -isystem external/include/ -isystem external/dbio/ -isystem external/libxml2/include -isystem external/rdkit -pipe -Wall -Wextra -pedantic -Wno-long-long -Wno-strict-aliasing -Wno-error=array-bounds= -Wno-error=stringop-overread -Wno-error=restrict -Wno-error=dangling-reference -march=core2 -mtune=generic -O3 -ffast-math -fno-finite-math-only -funroll-loops -finline-functions -finline-limit=20000 -s -Wno-unused-variable -Wno-unused-parameter -fPIC -DBOOST_ERROR_CODE_HEADER_ONLY -DBOOST_SYSTEM_NO_DEPRECATED -DBOOST_MATH_NO_LONG_DOUBLE_MATH_FUNCTIONS -DBOOST_DISABLE_THREADS -DPTR_STD -DNDEBUG -DUSEMPI -DOMPI_SKIP_MPICXX -DSERIALIZATION -Isrc -Iexternal/include -Isrc/platform/linux/64/gcc/13.3 -Isrc/platform/linux/64/gcc -Isrc/platform/linux/64 -Isrc/platform/linux src/protocols/antibody_legacy/AntibodyClass.cc
これはlibpmix.so.2がインストールされていないというエラーです。sudo apt -y install libpmix-devを行うことで解決しました。