系列データにおける馬蹄効果の確認
ここでは隣り同士で値が似通った系列データを考える。 例えば以下の様なもの（サイズは30×20、横軸は時系列、縦軸は変数をイメージ、ただしDiagonalはネガコン的に入れているだけ）。 このよう...
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QR分解による対角化の可視化
の続き。 ハウスホルダー変換によって三重対角化された後、最後にQR分解で得られた行列Qで再び相似変換することで対角化するところを可視化した。 plotA2 <- function(A, s...
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このPCAが熱いトップ10
この記事はバイオインフォマティクス Advent Calendar 2020の22日目の記事です 今年はあまり書くことが思いつかなかったので、自分が注目しているPCA（Principal Com...
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R/Bioconductor開発者のための開発環境の構築
ここらへんの記事は多少古くなってしまったので、知識をアップデート https://qiita.com/antiplastics/items/33410a168a2fe7aad82f https:...
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kb_pythonをDockerやSingularityで使えるようにした
Kallisto | Bustoolsのチュートリアルのページで使われているkbというコマンドがDockerHubに登録されてなさそうなので、登録してみた。 といっても、pipでkb_pytho...
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自然言語処理とオミックスデータ解析を繋ぐBioconductorパッケージOnassisの紹介
オミックス分野において、手元のクエリデータと類似したデータを、データベースから検索するという情報検索では、以下のような二つの考え方がある。 一つ目は、データが公共データベースに登録された時に、ど...
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schexパッケージを使ってみた
自分が作っているR/BioconductorパッケージscTensorでは、1細胞RNA-Seqデータ内に含まれるリガンド・受容体の遺伝子発現を各々、赤・青色でプロットしている。 このように細胞...
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renvとBiocMangerで開発者版R環境を整備する
R/Bioconductorでパッケージを開発する際には、開発者版のR（R-devel）で動作確認することが推奨されているが（大して守ってないが）、R-develを入れると、これまで使っていたR...
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Bioconductor登録数ランキング
Rのパッケージリポジトリは、CRANとBioconductorに大別される。 CRANの内容は多岐にわたるが、Bioconductorは特に生命科学に特化したものが登録される。 CRANの方で、...
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BiocWorkflowToolsパッケージを使ってみた
バイオインフォマティクスの研究をしていて、解析手法やデータベースを開発した際、R/Bioconductorパッケージとしてそれらを公開することは、以下のような点で良いことだと思う。 使いやすさ ...
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ワークフローは誰のためのものでは無いのか
初日から、超ネガティブなことを書いて大変申し訳無いが、この記事ではバイオインフォ分野で利用されている現状のワークフロー言語の足りないと思うところを紹介しようと思う。ワークフロー関係者からしたら、...
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papermill × Jupyter Notebookでドキュメント化された解析ワークフローを作る
昨日の記事でも書いたように、ワークフローに文章や画像を関連づけさせたいのだが、PapermillというJupyter Notebookをバッチ実行するためのPythonパッケージがあったので、こ...
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2295の生物種のアノテーションを扱うAnnotationHubパッケージ
バイオインフォのツールは、ヒト、マウスなど、メジャーな生物種を中心に開発される事が多い。 Bioconductorも例外ではなく、生物種ごとの遺伝子アノテーション情報を集めているOrgDb（生物...
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igraphのオブジェクト同士を2つ以上足すと、色情報が消える
igraphで多重グラフを描きたくて苦戦中に気づいたこと。 まず、ノードA、B、Cをもつグラフgがあったとする。 library("igraph") g <- make_empty_gra...
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Ensemblが返すNCBI Gene IDが一意じゃなかった件について
めったに起きることでも無いと思うが（結構起きる、コメント欄参照）、自分の開発しているパッケージscTensorがこけるパターンの一つとして、Gene NameとNCBI Gene ID（Entr...
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rentrezでNCBI Geneの情報を取得
Ensemblが返すNCBI Gene IDが一意じゃなかった件について でまとめた通り、NCBI Gene IDは、Ensemblを経由すると一意なIDではなくなってしまう。 ただし、これは管...
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Sailfish/Salmonのブートストラップ法の結果をwasabiでsleuthに渡す
RNA-Seqの定量化の二大定番ツールとして、SalmonとKallistoがある。 SalmonはSailfishという以前のツールの拡張である。 これらは、転写産物ごとのカウント値やTPM値...
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各国のEnsemblサーバーの通信状態を確認
Ensemblはバイオインフォマティクスで利用される代表的なデータベース。 https://bi.biopapyrus.jp/db/ensembl.html 自分の開発したscTensorパッケ...
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scale_color_manualで指定した色が欠損値でズレる場合の対処
ggplot2は、通常自動的に色を決めてプロットするが、 scale_color_manualを使えば、ユーザーが指定した通りの色でプロットすることができる。 例えば、以下のような5色でプロット...
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CSCスパース行列から、あえて特定行を取り出す
訳あって、CSC（列志向）形式で保存されたスパース行列の特定の行だけをJuliaで取り出す必要があったため、書いたコード。 現状、JuliaではCSR（行志向）に対応していないらしい。 CSRで...
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