R/Bioconductorでパッケージを開発する際には、開発者版のR（R-devel）で動作確認することが推奨されているが（大して守ってないが）、R-develを入れると、これまで使っていたRが使えなくなるため、どのように環境を分けるのかという問題がいつもあった。
以前は、R/Bioconductor開発者のための開発環境の構築のように、R-develが入ったDockerコンテナを作るというやり方を考えたが（実際は大して使ってないが）、ここでは最近renvというパッケージが、バージョン管理に関係しているというのと、BiocManagerがインストールするパッケージのBioCのバージョン管理をしている話しがあったので、これらを組みわせて、BioCのRelease/Devel両方を手元のマシンで同時に扱えるか調べた。
ただし、結論から言うと、うまくいかなかった。
renvはRのプロジェクト毎のバージョン管理をしているだけで、
pyenv local [Pythonのバージョン]
みたいに、R言語のバージョン自体を管理するものではないらしい。
以下、作業した内容。
準備
まず、release/develのディレクトリを用意した。
mkdir release
mkdir devel
次に、remotes, BiocManager, renvをインストールしておいた。
install.packages(c("remotes", "BiocManager"),
repos="http://cran.r-project.org")
remotes::install_github("rstudio/renv")
releaseディレクトリ内で
まず、release内部でRを起動して、以下を実行した。
renv::init()
renv::snapshot()
パッケージの場所は、以下のようなところにある。
.libPaths()
# [1] "/Users/koki1/Desktop/release/renv/library/R-3.6/x86_64-apple-darwin15.6.0"
# [2] "/private/var/folders/xw/00wshg996txb26ltmrgk8qtr0000gn/T/Rtmp9Hza8c/renv-system-library"
標準パッケージだけが入っている状態らしい。
system(paste0("ls ", .libPaths()[2]))
# KernSmooth base cluster datasets graphics methods nnet spatial stats4 tools
# MASS boot codetools foreign grid mgcv parallel splines survival utils
# Matrix class compiler grDevices lattice nlme rpart stats tcltk
ここで、Bioc3.10でリリースされたscTGIFパッケージをインストールしてみる。
なお、renvのGitHubにIssueが立っているように、そもそもrenvは以下のようにoptionを設定しないと、BioCパッケージを入れられないらしい。
options(repos = BiocManager::repositories())
BiocManager::install(version="3.10")
BiocManager::valid()
BiocManager::install("scTGIF")
develディレクトリ内で
途中まではreleaseの時と同様の作業をした。
renv::init()
renv::snapshot()
.libPaths()
# [1] "/Users/koki1/Desktop/devel/renv/library/R-3.6/x86_64-apple-darwin15.6.0"
# [2] "/private/var/folders/xw/00wshg996txb26ltmrgk8qtr0000gn/T/RtmpbXDLVK/renv-system-library"
options(repos = BiocManager::repositories())
BiocManager::install(version="devel")
# エラー: Bioconductor version '3.11' requires R version '4.0'; see
# https://bioconductor.org/install
options(repos = BiocManager::repositories(version = "devel"))
# エラー: Bioconductor version '3.11' requires R version '4.0'; see
# https://bioconductor.org/install
ここで、Rの4.0を入れろと怒られて終わった。
どうやら、このやり方で、Devel版のBioCパッケージをインストールできるのは、4月の半ばから10月の半ばだけらしい。
よく知らなかったが、R言語は年に一度のアップデートなのに対して、BioCは半年に一回のアップデートのため、R言語もアップデートする際には、次のRのバージョンで動作確認するために、R-develを入れろということらしい。
なお、pyenv, pipenv, rbenvのように、R自体のバージョンを管理するものとしては、Renv（renvではない）というものが過去にあったらしいが、もう7,8年メンテナンスされていないのと、
.Renv/versions
以下に、特定のバージョンのRのソースを置いて、手作業でコンパイルしておいてくださいという方針がめんどくさいので使ってない。
結局、いいやり方は見つからなかったので、ひたすらR-develだけを使うマシンとかを決めておいて使うぐらいの方が手間がないかも。