バイオインフォマティクス Advent Calendar 2019

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バイオインフォマティクス（生命情報科学）分野のアドベントカレンダーです。分野の定義など細かいことは問いません。アルゴリズム、ツールの使い方、データベース関係、可視化、計算機の運用、バイオインフォに役立つライブラリやプログラミングテクニック、ワークフローエンジンなどなど、あなたなりのバイオインフォマティクスの知見を共有してください。書く内容がはっきり決まってなくてもエントリー歓迎です。Qiitaの趣旨に沿って技術的な内容でお願いします。

2020年版： https://qiita.com/advent-calendar/2020/bioinfo

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1 kim2039 FATE というパイプラインツールを紹介します	2 khigashi02 生態学時系列データの因果推定（pyEDMで舞鶴湾論文の結果を再現してみる）	3 ktnyt INSDC Feature Table 地獄めぐり	4 antiplastics 自然言語処理とオミックスデータ解析を繋ぐBioconductorパッケージOnassisの紹介	5 manabuishiirb バイオインフォ（に限らないけど）の人が docker for Mac で、よくひっかかるところ	6 antiplastics BiocWorkflowToolsパッケージを使ってみた	7 KKami1115 代謝物データから意味を抽出するMSEA、ツールであるMetaboAnalystとMetaboAnalystRの紹介
8 Yh_Taguchi 自著紹介：Unsupervised Feature Extraction Applied to Bioinformatics	9 xvtyzn 細菌のゲノムを一つだけ渡された時、どうするか	10 antiplastics renvとBiocMangerで開発者版R環境を整備する	11 aical 誰にも教えたくない超カンタン分子系統樹作成術	12 informationsea WDLをGridEngineで使う	13 Yohei__K CWLを半年ちょい触ってみて思ったアレコレ	14 ponnhide matplotlibでCIRCOSよりもかっこいいCircular genome mapをつくる
15 kojix2 cBioPortalのがんゲノムを可視化してみた	16 kanna ensembl API を呼び出す CLI を Rust で書いた/ ツールを Rust で書く意味	17 MtNouchi 系統樹描画のためにBiopythonを魔改造する話を書く予定です	18 roadricefield ゼロからはじめるChIP-seq解析	19 shiromadara コアファシリティのゲノムインフォ技術員の仕事を楽にしてくれるツール等の紹介	20 _kimoton すでに著者がsnakemakeを使ってGATKパイプライン組んでたのでそれを紹介しました、、	21 Ken-Kuroki ゼロから触ってみるNextflow
22 kohei-108 低カバレッジなメタゲノム配列における微生物の増殖速度を推定する『GRiD』	23 marimiya_clc ナノポアアセンブリツールについて	24 antiplastics schexパッケージを使ってみた	25 yuifu ガウス過程のバイオインフォマティクスへの応用	26	27	28

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FATE というパイプラインツールを紹介します

12 / 2

生態学時系列データの因果推定（pyEDMで舞鶴湾論文の結果を再現してみる）

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INSDC Feature Table 地獄めぐり

12 / 4

自然言語処理とオミックスデータ解析を繋ぐBioconductorパッケージOnassisの紹介

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バイオインフォ（に限らないけど）の人が docker for Mac で、よくひっかかるところ

12 / 6

BiocWorkflowToolsパッケージを使ってみた

12 / 7

代謝物データから意味を抽出するMSEA、ツールであるMetaboAnalystとMetaboAnalystRの紹介

12 / 8

自著紹介：Unsupervised Feature Extraction Applied to Bioinformatics

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細菌のゲノムを一つだけ渡された時、どうするか

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renvとBiocMangerで開発者版R環境を整備する

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誰にも教えたくない超カンタン分子系統樹作成術

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WDLをGridEngineで使う

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CWLを半年ちょい触ってみて思ったアレコレ

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matplotlibでCIRCOSよりもかっこいいCircular genome mapをつくる

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cBioPortalのがんゲノムを可視化してみた

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ensembl API を呼び出す CLI を Rust で書いた/ ツールを Rust で書く意味

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系統樹描画のためにBiopythonを魔改造する話を書く予定です

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ゼロからはじめるChIP-seq解析

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コアファシリティのゲノムインフォ技術員の仕事を楽にしてくれるツール等の紹介

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すでに著者がsnakemakeを使ってGATKパイプライン組んでたのでそれを紹介しました、、

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ゼロから触ってみるNextflow

12 / 22

低カバレッジなメタゲノム配列における微生物の増殖速度を推定する『GRiD』

12 / 23

ナノポアアセンブリツールについて

12 / 24

schexパッケージを使ってみた

12 / 25

ガウス過程のバイオインフォマティクスへの応用