Google検索に関する備忘録
はじめに Googleを使って特定の雑誌に限って検索をしてみたいことがありました。 そのときにAIに教えてもらった方法を記載します。 Google サイト内検索 例 site:example.c...
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Pseudopotential generators and libraries
擬ポテンシャルを生成するコードのリスト 最近では擬ポテンシャルライブラリを選んで使うことの方が多いですが、擬ポテンシャル生成プログラムはいつでも大事だと思っています。以下に私の探したコードの一覧...
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Linuxのちょっとしたコマンドたち
Linuxには便利なコマンドやコマンドの機能があります。知らずに複雑なことをやっていたのに、ふとググってみると実は一行で片付いたり、何てことも多々あります。大したことはありませんが、備忘録ｔ自分...
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Microsoft Wordの数式のフォント
Microsoft Wordで数式を書くとき、フォントがTimes (New) Romanにならなくて困ることがたまにあります。 Word内でフォントを変更しようとしても変更できません。解決方法...
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関数を図示してくれる便利なサイト
はじめに 関数形が分かっても、その関数がどのような形をしているのか想像しにくいときがあります。 以下のサイトを利用することで関数をプロットし、実際に目で見て理解することができるでしょう。 サイト...
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オンラインで原子構造を可視化してくれるサービス
CMDワークショップなどでオンラインで電子状態計算プログラムのチュートリアルを行うと、ユーザー数が多いことやネットワーク環境、X11環境などによって構造の可視化が難しいことが多いと感じています。...
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QE-ACFDTのohtaka上でのビルド
はじめに Quantum-ESPRESSO (QE) へ実装したadiabatic-connection fluctuation-dissipation theorem (ACFDT)コード (...
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ORCAのインストール
はじめに ORCAは様々なレベルの量子化学計算が可能なソフトウェアです。 インストール 先ずポータルサイトでユーザーアカウントを作成します。 次にDownloads>Downloads -...
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機械学習/原子間力ポテンシャル
はじめに 最近、機械学習ポテンシャルが多くの研究で使われるようになり、ポテンシャル作成のコードやインターフェースなどが数多く公開されています。数が多すぎて全てを網羅することはできませんが、一部の...
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分子構造と結晶構造の探し方
分子や結晶の計算を行うために構造を探す際に参考になると思われる情報を記載します。 以下のデータベースの一部にはAPIがあり、便利に使えると思います。 NIST Chemistry WebBook...
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Quantum-ESPRESSO (7.4.1) のMac Sonoma上でのビルド
環境 MacOS Sonoma 14.7.4 Homebrew 4.4.28 (brew --version) mpif90 (GNU Fortran (Homebrew GCC 14.2.0_...
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ohtaka上でのIntelコンパイラ（+IntelMPI）を使ったコンパイルの問題
はじめに 東京大学物性研究所スーパーコンピューターセンターのスーパーコンピュータ（システムB）のコンパイラが2023年4月のメンテナンスから新しくなり,oneAPIしか使えなくなりました。それに...
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MOLGWのMac上でのビルド／インストール
Introduction MOLGWのMac上でのビルドも成功したので、簡単な記録を残しておきます。 環境 システム macOS Sonoma Version 14.7.5 Hombrew 4....
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MOLGWのohtaka上でのビルド/インストール
はじめに MOLGWのohtaka上でのビルドが成功したので、簡単な記録を残しておきます。 MOLGWはFabien Brunevalを中心に開発されている分子系のDFT計算に加えGW計算などが...
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有用なサイトのリスト
プログラムや計算とはほぼ無関係ですが、自分の研究に関係していて有用なサイトをブックマーク的に以下にリストします。 電極電位の変換 電極電位についての説明と異なる基準での電位の変換を行ってくれるペ...
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projwfc.xを実行する時の注意点
はじめに Quantum ESPRESSOパッケージにprojected (partial) density of states (PDOS)を計算するprojwfc.xというプログラムがありま...
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Quantum-ESPRESSOでの交換相関汎関数の指定方法
はじめに Kohn-Sham密度汎関数理論 (DFT) における交換相関汎関数は近似の種類によって、一般的には以下のように分類できるでしょう。 局所密度近似 (LDA) 一般化勾配近似 (GGA...
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Atomistic Simulation Environment (ASE) のohtakaへの導入記録 (#3)
はじめに この文書はAtomic simulation environment (ASE)を東京大学物性研究所システムB (ohtaka) へ導入する/した際の導入手順です。ドキュメントに書いて...
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VESTAの問題が解決した
計算結果の可視化にVESTAを愛用しています。特にXCrySDenがMac上で使えたり使えなかったりすることがあるとVESTAへの依存度が高くなります。 ところがMacOSをアップデートする過程...
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Microkinetic modelingのためのソフトウェア
はじめに DFT計算やポストプロセスのためのソフトウェアに加えて、ミクロ反応速度論を議論するためのmicrokinetic modelingソフトウェアが数多く公開されています。以下に最近私が見...
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