Atomistic Simulation Environment (ASE) のohtakaへの導入記録 (#3)

この文書はAtomic simulation environment (ASE)を東京大学物性研究所システムB (ohtaka) へ導入する/した際の導入手順です。ドキュメントに書いてある通り何も考えずにpipを実行するとうまくいかないことが分かったので、後のために記録することにしました。この文章は基本的に過去に作ったものをコピーして作成しています。

環境

使用しているモジュール

module list

の出力結果

Currently Loaded Modulefiles:
 1) oneapi_compiler/2023.0.0   2) oneapi_mkl/2023.0.0   3) oneapi_mpi/2023.0.0  

ASEのインストール

Webpageに書いてあるように以下を実行するとうまくいかないことが分かりました。

pip3 install --upgrade --user ase

そこでホームにASEというディレクトリを作成し、そこで以下の仮想環境（ase）を作成しました（ディレクトリ名等は適宜変更して下さい）。GPAWのビルドにpython 3.8が必要なので、明示的にpython3.8を指定しました。

python3.8 -m venv ase_oneapi_2023.0.0

今の場合、以下のようにして次に環境を有効にしました。

source ./ase_oneapi_2023.0.0/bin/activate

先ずはこの仮想環境においてpipをアップグレードします。

pip install -U pip

次にASEと関連するモジュールを以下のようにインストールしました

pip install numpy scipy ase cymem cython decorator mpi4py pytest

pip listの出力結果。

Package             Version
------------------- -------
ase                 3.22.1
contourpy           1.1.1
cycler              0.12.1
cymem               2.0.8
Cython              3.0.7
decorator           5.1.1
exceptiongroup      1.2.0
fonttools           4.47.0
importlib-resources 6.1.1
iniconfig           2.0.0
kiwisolver          1.4.5
matplotlib          3.7.4
mpi4py              3.1.5
numpy               1.24.4
packaging           23.2
pillow              10.2.0
pip                 23.3.2
pluggy              1.3.0
pyparsing           3.1.1
pytest              7.4.4
python-dateutil     2.8.2
scipy               1.10.1
setuptools          41.6.0
six                 1.16.0
tomli               2.0.1
zipp                3.17.0