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オンラインで原子構造を可視化してくれるサービス

Last updated at Posted at 2022-06-04

CMDワークショップなどでオンラインで電子状態計算プログラムのチュートリアルを行うと、ユーザー数が多いことやネットワーク環境、X11環境などによって構造の可視化が難しいことが多いと感じています。JMOLなどを使ってオンラインで構造を可視化できるツールが無いのか探しています。

これまでに見つかったウェブサイトを以下に記録します。

Open-MX viewer

Open-MX viewerはOpen-MXだけでなくXYZやcifファイルをブラウザ上で表示することが可能です。Animated XYZ(OpenMXの表記では*.md)も可視化できます。拡張子をmdにしなくても自動的にanimated XYZであるかどうか判別してくれて、動画の可視化もできます。

Materials cloud


Materials CloudのQuantum ESPRESSO input generator and structure visualizerを使うことでQuantum-ESPRESSO用入力ファイルを作るだけでなくcif, pdb, XYZ, XSF, POSCARなどを可視化することもできます。

Calistry

CalistryというサイトのComputational ChemistryというサイトでLAMMPS、Gromacs、XYZを表示することが可能です。

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