CAS番号もしくは化合物名からSMILESを取得する
はじめに 前回の記事では某試薬会社のサイトからCAS番号・製品名を取得しました。 今回はこれらの情報からSMILES構造式を取得する方法を紹介します。 環境 Windows 11 python ...
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試薬会社のサイトからスクレイピングで化合物データを取得する
はじめに 「購入可能なビルディングブロックの一覧を入手してRDKitで処理したいなー」と思い、 以下の記事を参考に某試薬会社からデータを入手してみました。 スクレイピングで化合物データを試薬サイ...
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Butinaモジュールによる類似化合物のクラスタリング
RDKitには化合物の類似度に基づいてクラスタリングを行うモジュールが用意されています。 その中の一つにButinaモジュールと呼ばれるクラスタリングアルゴリズムがあり、 化合物間の距離行列を用...
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BRICSフラグメントを利用した分子構造生成関数の簡略化
はじめに RDKitには化合物をフラグメントする手法がいくつか用意されています。 その中の一つにBRICSと呼ばれるアルゴリズムがあり、フラグメント化だけでなく 得られたフラグメントから化合物ラ...
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指定した回数だけ化学反応を実施する関数の作成
今回は指定した回数だけ化学反応を実施して生成物を列挙する自作関数の作成を紹介します。 以前の記事で似たような繰り返し反応について紹介しましたが、今回は繰り返し回数に終点がなく 指定した回数だけ延...
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RDKit入門⑩：データフレーム内の分子群に対する完全一致検索
前回の記事ではデータフレーム内の分子群に対して化学反応を適用しました。 今回は化学反応を適用することで得られるmolオブジェクトが元のデータファイルに 含まれているか（＝完全一致するか）どうかの...
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RDKit入門⑨：データフレーム内の分子群に対する化学反応の適用とExcelファイルへの出力
今回はデータフレーム内の分子群に対して化学反応を適用したり、 molオブジェクトの含まれるデータフレームを画像つきのExcelファイルとして出力したりします。 これまでの記事のシリーズは以下をご...
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RDKitで化学反応を繰り返しつつ分子の重複数をカウント・記載する
[RDKit入門⑧：反応式の取り扱い(後編)][1]の記事では自作関数による化学反応の繰り返しをしつつ、 重複する分子を削除してユニークな分子のみを描画する方法を削除しました。 [1]:http...
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RDKit入門⑧：反応式の取り扱い(後編)
今回もRDKitでの反応式の取り扱いに関して紹介します。 今回の内容は反応生成物の重複削除および自作関数による繰り返し反応です。 これまでの記事のシリーズは以下をご覧ください。 [RDKit入門...
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RDKit入門⑦：反応式の取り扱い(前編)
今回はRDKitで反応式の取り扱いに関して紹介します。 この記事では個人的に分かりづらいと感じた部分を中心に触れますので、 基本的な部分については化学の新しいカタチさんの以下の記事をご参照くださ...
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RDKitで化学反応を扱った際の生成物群を整理し図示する方法
[RDKit入門⑦：反応式の取り扱い(前編)][1]の記事ではRDKitによる化学反応の取り扱いを紹介しました。 記事の中で出力結果が二重のタプルとなることを以下のような画像とともに説明しました...
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RDKit入門⑥：Morganフィンガープリントの作成とそれを用いたタニモト係数の計算による分子類似性評価
今回は分子群に対してそれぞれMorganフィンガープリントを作成し、 それを用いてタニモト係数を計算することで分子の類似性を評価する手順を紹介します。 これまでの記事のシリーズは以下を御覧くださ...
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RDKit入門⑤：データフレーム内の分子群に対する部分構造検索
この記事は以下の記事の続きとなります。 [RDKit入門④：複数分子の読み込み (後編)とデータフレームの加工][1] [1]:https://qiita.com/Ru-PNP/items/62...
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RDKit入門③：複数分子の読み込み (前編)と分子群の描画
この記事は以下の記事の続きとなります。 [RDKit入門②：1分子の読み込みと部分構造検索][1] [1]:https://qiita.com/Ru-PNP/items/58d733ef3276...
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RDKit入門④：複数分子の読み込み (後編)とデータフレームの加工
この記事は以下の記事の続きとなります。 [RDKit入門③：複数分子の読み込み (前編)と分子群の描画][1] [1]:https://qiita.com/Ru-PNP/items/1cea34...
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RDKit入門②：1分子の読み込みと部分構造検索
はじめに この記事は以下の記事の続きとなります。 [RDKit入門①：まずは環境構築][1] [1]:https://qiita.com/Ru-PNP/items/ed5a8530611ef0d...
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RDKit入門①：まずは環境構築
はじめに RDKitの使い方について、自分の興味のある範囲から少しずつまとめていきます。 使い方の学習にあたっては「化学の新しいカタチ」さんの記事を主に参考にしています。 https://fut...
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