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RDKit入門①:まずは環境構築

Last updated at Posted at 2021-02-27

##はじめに

RDKitの使い方について、自分の興味のある範囲から少しずつまとめていきます。
使い方の学習にあたっては「化学の新しいカタチ」さんの記事を主に参考にしています。
https://future-chem.com/

まずは環境構築から(とりあえず動けばいいという方向けです)。
(以下の内容は主にWindows 10での使用を想定しています)


Anacondaのインストール

まずはAnacondaをインストールします。
https://www.anaconda.com/products/individual
ページ下部にAnaconda Installerという部分があるので、お使いの環境に合わせてインストールを行います。

具体的な手順は以下のサイトを参考にしてください。
https://www.python.jp/install/anaconda/windows/install.html


RDKitのインストール

デフォルトではRDKitがインストールされていないため、まずはRDKitのインストールを行います。
Anaconda Prompt (Anaconda3)を開き、黒い画面が出たら以下の呪文を打ち込みます。

>conda config --add channels conda-forge

※RDKit を conda-forge 経由でインストールするためにチャンネルを追加

続いてRDKitのインストールを行います。

>conda install -c conda-forge rdkit

途中で

Proceed ([y]/n)?

と表示されることが何度かあると思いますが、yで続行します。


###インストールできたかどうかの確認
まずはお好みの開発環境を開きます。
AnacondaをインストールするとJupyter NotebookやSpyderが一緒にインストールされているので、どちらか好みのソフトを開きましょう。

続いて以下の通りに打ち込んで実行します。

from rdkit import rdBase
print('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion)

エラーが出ずに以下のような表示があれば導入成功です。
(表示されるバージョンは導入時期等の環境によって異なります)

rdkit version:  2020.09.4
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