はじめに
RDKitの使い方について、自分の興味のある範囲から少しずつまとめていきます。
使い方の学習にあたっては「化学の新しいカタチ」さんの記事を主に参考にしています。
https://future-chem.com/
まずは環境構築から（とりあえず動けばいいという方向けです）。
(以下の内容は主にWindows 10での使用を想定しています)
Anacondaのインストール
まずはAnacondaをインストールします。
https://www.anaconda.com/products/individual
ページ下部にAnaconda Installerという部分があるので、お使いの環境に合わせてインストールを行います。
具体的な手順は以下のサイトを参考にしてください。
https://www.python.jp/install/anaconda/windows/install.html
RDKitのインストール
デフォルトではRDKitがインストールされていないため、まずはRDKitのインストールを行います。
Anaconda Prompt (Anaconda3)を開き、黒い画面が出たら以下の呪文を打ち込みます。
>conda config --add channels conda-forge
※RDKit を conda-forge 経由でインストールするためにチャンネルを追加
続いてRDKitのインストールを行います。
>conda install -c conda-forge rdkit
途中で
Proceed ([y]/n)?
と表示されることが何度かあると思いますが、yで続行します。
インストールできたかどうかの確認
まずはお好みの開発環境を開きます。
AnacondaをインストールするとJupyter NotebookやSpyderが一緒にインストールされているので、どちらか好みのソフトを開きましょう。
続いて以下の通りに打ち込んで実行します。
from rdkit import rdBase
print('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion)
エラーが出ずに以下のような表示があれば導入成功です。
（表示されるバージョンは導入時期等の環境によって異なります）
rdkit version: 2020.09.4