R, データマイニング入門, Raspbian Raspberry PI(25),Mac OSX, docker/ubuntu６段階。データ取得・導入・起動・実行・描画・一括実行。docker(145)

データマイニング入門, 豊田 秀樹, 東京図書(2008/12/05)

第１章をRaspbian(Raspberry pi), Mac OS Xでデータ取得・導入・起動・実行・描画・一括実行。Mac上のdocker/ubuntuでもデータ取得・導入・起動・実行。

MS Windowsの場合は、「R(データマイニング入門) Windows　６段階。データ取得・導入・起動・スクリプト読み込み・一括実行・逐次実行。３つの罠。」こちら
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/52a288b002a54cd613d3

「データマイニング入門 第９章「潜在意味解析」が本のように動かない件。壁３つ。Macintoshはコードの壁も。」第９章がまだうまく再現できていないという記事はこちら。
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/44567fb589c040aad40d

1.　データ取得

本の例取得　(Raspbian, Macintosh, docker/ubuntu共通)

wget http://www.tokyo-tosho.co.jp/books/978-4-489-02045-2/DL02045_2017.zip
unzip DL02045_2017.zip
cd Program
cd chap1
cp *.csv RD.csv
cp *.txt RD.txt

第1章(chap1)はファイルがそれぞれの拡張子で１つづつ。ファイル名が文字化けしていても、cpで、アルファベットのファイル名に変換できる。unzip以外の解凍ソフトを利用しても結構です。

wgetがない場合は、下記。

1.1 Raspbian

$ apt install wget

1.2 macOS

$ brew install wget

Macでは、なぜかunzipコマンドでは下記のエラーが出てうまく展開できない。

$ unzip DL02045_2017.zip 
Archive:  DL02045_2017.zip
   creating: Program/chap1/
error:  cannot create Program/chap1/?????f?[?^.csv
        Illegal byte sequence

DL02045_2017.zip ファイルをダブルクリックすれば解凍できる。
また、上記URLからweb経由でダウンロードしてくれば、設定にもよるが解凍されたフォルダになっている。

1.3 docker/ubuntu

# apt install wget

2. R導入

2.1 Raspbian

$ sudo apt install r-base
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
The following additional packages will be installed:
  autotools-dev bzip2-doc cdbs gfortran gfortran-6 icu-devtools libblas-dev libbz2-dev
  libgfortran-6-dev libicu-dev libicu57 libjpeg-dev libjpeg62-turbo-dev liblapack-dev liblzma-dev
  libncurses5-dev libpaper-utils libpaper1 libpcre3-dev libpcre32-3 libpcrecpp0v5 libreadline-dev
  libtinfo-dev r-base-core r-base-dev r-base-html r-cran-boot r-cran-class r-cran-cluster
  r-cran-codetools r-cran-foreign r-cran-kernsmooth r-cran-lattice r-cran-mass r-cran-matrix
  r-cran-mgcv r-cran-nlme r-cran-nnet r-cran-rpart r-cran-spatial r-cran-survival r-doc-html
  r-recommended
Suggested packages:
  devscripts gfortran-doc gfortran-6-doc libgfortran3-dbg libcoarrays-dev liblapack-doc-man
  liblapack-doc icu-doc liblzma-doc ncurses-doc readline-doc ess r-doc-info | r-doc-pdf r-mathlib
  debhelper texlive-base texlive-latex-base texlive-generic-recommended texlive-fonts-recommended
  texlive-fonts-extra texlive-extra-utils texlive-latex-recommended texlive-latex-extra texinfo
The following NEW packages will be installed:
  autotools-dev bzip2-doc cdbs gfortran gfortran-6 icu-devtools libblas-dev libbz2-dev
  libgfortran-6-dev libicu-dev libjpeg-dev libjpeg62-turbo-dev liblapack-dev liblzma-dev
  libncurses5-dev libpaper-utils libpaper1 libpcre3-dev libpcre32-3 libpcrecpp0v5 libreadline-dev
  libtinfo-dev r-base r-base-core r-base-dev r-base-html r-cran-boot r-cran-class r-cran-cluster
  r-cran-codetools r-cran-foreign r-cran-kernsmooth r-cran-lattice r-cran-mass r-cran-matrix
  r-cran-mgcv r-cran-nlme r-cran-nnet r-cran-rpart r-cran-spatial r-cran-survival r-doc-html
  r-recommended
The following packages will be upgraded:
  libicu57
1 upgraded, 43 newly installed, 0 to remove and 53 not upgraded.
Need to get 70.1 MB of archives.
After this operation, 163 MB of additional disk space will be used.
Do you want to continue? [Y/n] y
Get:1 http://ftp.jaist.ac.jp/pub/Linux/raspbian-archive/raspbian stretch/main armhf libpcrecpp0v5 armhf 2:8.39-3 [149 kB]

* snip *

2.2 macOS

brewが導入済みであれば

brew install R

OSと導入済みのコンパイラの種類によっては、gccをソースコードからコンパイルを始めることがある。この場合には１時間以上かかるかもしれない。

==> Installing dependencies for r: gmp, mpfr, libmpc, isl, gcc, libpng, xz

* snip *

Warning: Building gcc from source:
  The bottle needs the Xcode CLT to be installed.

2.3 docker/ubuntu

Mac OSX上で下記のように起動したもの。

$ docker run -it ubuntu:xenial /bin/bash

# apt install r-base

3. 起動

起動するディレクトリが作業ディレクトリ
起動するディレクトリ以外で作業する場合には、例えば
setwd("/Users/username/Downloads/Program/chap1")
setwd("/Users/username/Downloads/Program/chap2")
setwd("/Users/username/Downloads/Program/chap3")
setwd("/Users/username/Downloads/Program/chap4")
setwd("/Users/username/Downloads/Program/chap5")
setwd("/Users/username/Downloads/Program/chap6")
setwd("/Users/username/Downloads/Program/chap7")
setwd("/Users/username/Downloads/Program/chap8")
setwd("/Users/username/Downloads/Program/chap9")

3.1 Raspbian

Rだけ。rだと起動しない。

$ R
R version 3.3.3(2017-03-06) -- "Another Canoe"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: arm-unknown-linux-gnueabihf (32-bit)

3.2 Mac

Rでもrでも起動する

$ r
R version 3.4.3 (2017-11-30) -- "Kite-Eating Tree"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin16.7.0 (64-bit)

R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。 
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます。 
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence()' と入力してください。 

R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。 
詳しくは 'contributors()' と入力してください。 
また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式については 
'citation()' と入力してください。 

'demo()' と入力すればデモをみることができます。 
'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。 
'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。 
'q()' と入力すれば R を終了します。 

3.3 docker/ubuntu

Rだけ。rだと起動しない。

# R
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

最新のRを導入する方法は「UbuntuにRをインストール」
https://qiita.com/wonder_zone/items/c0cb4033c2a599b3d662
に記事。/etc/apt/sources.listに追記するのがDISTRIB_CODENAME=xenialの場合

deb https://cran.ism.ac.jp/bin/linux/ubuntu xenial/

だけだと

E: Malformed entry 50 in list file /etc/apt/sources.list (Component)
E: The list of sources could not be read.

というエラーが出る。

deb https://cran.ism.ac.jp/bin/linux/ubuntu xenial/main 

等Rがあるフォルダを指定するとエラーが出なる。
現在、下記gpgエラーで作業中断中。

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg: directory `/root/.gnupg' created
gpg: new configuration file `/root/.gnupg/gpg.conf' created
gpg: WARNING: options in `/root/.gnupg/gpg.conf' are not yet active during this run
gpg: keyring `/root/.gnupg/secring.gpg' created
gpg: keyring `/root/.gnupg/pubring.gpg' created
gpg: requesting key E084DAB9 from hkp server keyserver.ubuntu.com
gpg: keyserver timed out
gpg: keyserver receive failed: keyserver error

4. 実行（データ読み込み、加工）

4.1 Raspbian

> RR<-read.csv("RD.csv")
Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : 
  invalid multibyte string at '<8d><82><92><b5><82><d1>'
> quit()

Shift-JISだと読まない。UTF-8に変換。

$ iconv -f Shift_JIS -t UTF8 RD.csv > RD8.csv
$ iconv -f Shift_JIS -t UTF8 RD.txt > RD8.txt

> R
> RR<-read.csv("RD8.csv")
> write.csv(RR,"out.csv")
> str(RR)
'data.frame':	12 obs. of  5 variables:
 $ 高跳び    : num  1.81 1.9 1.8 1.9 1.93 ...
 $ X100m走   : num  12 11 11 10.8 10.8 10.6 10.5 10 9.92 9.96 ...
 $ 走り幅跳び: num  6.35 7.18 7.34 7.48 7.6 ...
 $ 開催年    : int  1896 1900 1904 1908 1912 1920 1956 1964 1988 1992 ...
 $ 区分      : Factor w/ 2 levels "戦前","戦後": 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 ...
> summary(RR)
     高跳び         X100m走        走り幅跳び        開催年       区分  
 Min.   :1.800   Min.   : 9.84   Min.   :6.350   Min.   :1896   戦前:6  
 1st Qu.:1.900   1st Qu.: 9.95   1st Qu.:7.301   1st Qu.:1907   戦後:6  
 Median :2.028   Median :10.55   Median :7.715   Median :1938           
 Mean   :2.087   Mean   :10.52   Mean   :7.764   Mean   :1945           
 3rd Qu.:2.345   3rd Qu.:10.85   3rd Qu.:8.357   3rd Qu.:1989           
 Max.   :2.390   Max.   :12.00   Max.   :8.720   Max.   :2004           
> by (RR,RR$ 区分,summary)
RR$区分: 戦前
     高跳び         X100m走        走り幅跳び        開催年       区分  
 Min.   :1.800   Min.   :10.60   Min.   :6.350   Min.   :1896   戦前:6  
 1st Qu.:1.833   1st Qu.:10.80   1st Qu.:7.159   1st Qu.:1901   戦後:0  
 Median :1.900   Median :10.90   Median :7.263   Median :1906           
 Mean   :1.879   Mean   :11.03   Mean   :7.184   Mean   :1907           
 3rd Qu.:1.922   3rd Qu.:11.00   3rd Qu.:7.445   3rd Qu.:1911           
 Max.   :1.936   Max.   :12.00   Max.   :7.600   Max.   :1920           
------------------------------------------------------------ 
RR$区分: 戦後
     高跳び         X100m走         走り幅跳び        開催年       区分  
 Min.   :2.120   Min.   : 9.840   Min.   :7.830   Min.   :1956   戦前:0  
 1st Qu.:2.220   1st Qu.: 9.867   1st Qu.:8.100   1st Qu.:1970   戦後:6  
 Median :2.350   Median : 9.940   Median :8.405   Median :1990           
 Mean   :2.295   Mean   :10.012   Mean   :8.343   Mean   :1983           
 3rd Qu.:2.375   3rd Qu.: 9.990   3rd Qu.:8.627   3rd Qu.:1995           
 Max.   :2.390   Max.   :10.500   Max.   :8.720   Max.   :2004           

漢字は画面からマウスとキーボードを利用して、切り貼りで入力。漢字入力がなくても操作可能。

4.2 Mac

shift-jisだとエラーになる。

> RR<-read.csv("RD.csv")
 make.names(col.names, unique = TRUE) でエラー: 
   '<8d><82><92><b5><82><d1>' に不正なマルチバイト文字があります 

あらかじめUTF-8に変換しておくと良い。エディタで両方対応しているものを利用しても、上記iconvコマンドを利用しても良い。コマンド列は上記と同じで良い。

4.3 docker/ubuntu

shift-jisでも読み込める。
表示は文字化けする。ただし、文字化けしたデータを切り貼りすると動く。

> RR<-read.csv("RD.csv")
> str(RR)
'data.frame':	12 obs. of  5 variables:
 $ X......    : num  1.81 1.9 1.8 1.9 1.93 ...
 $ X100m..    : num  12 11 11 10.8 10.8 10.6 10.5 10 9.92 9.96 ...
 $ X..........: num  6.35 7.18 7.34 7.48 7.6 ...
 $ X.J...N    : int  1896 1900 1904 1908 1912 1920 1956 1964 1988 1992 ...
 $ X....      : Factor w/ 2 levels "\220\355\214\343",..: 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 ...
> summary(RR)
    X......         X100m..       X..........       X.J...N    
 Min.   :1.800   Min.   : 9.84   Min.   :6.350   Min.   :1896  
 1st Qu.:1.900   1st Qu.: 9.95   1st Qu.:7.301   1st Qu.:1907  
 Median :2.028   Median :10.55   Median :7.715   Median :1938  
 Mean   :2.087   Mean   :10.52   Mean   :7.764   Mean   :1945  
 3rd Qu.:2.345   3rd Qu.:10.85   3rd Qu.:8.357   3rd Qu.:1989  
 Max.   :2.390   Max.   :12.00   Max.   :8.720   Max.   :2004  
  X....              
 \220\355\214\343:6  
 \220\355\221O   :6  
                     
> by(RR,RR$X....,summary)
RR$X....: ???
    X......         X100m..        X..........       X.J...N    
 Min.   :2.120   Min.   : 9.840   Min.   :7.830   Min.   :1956  
 1st Qu.:2.220   1st Qu.: 9.867   1st Qu.:8.100   1st Qu.:1970  
 Median :2.350   Median : 9.940   Median :8.405   Median :1990  
 Mean   :2.295   Mean   :10.012   Mean   :8.343   Mean   :1983  
 3rd Qu.:2.375   3rd Qu.: 9.990   3rd Qu.:8.627   3rd Qu.:1995  
 Max.   :2.390   Max.   :10.500   Max.   :8.720   Max.   :2004  
  X....              
 \220\355\214\343:6  
 \220\355\221O   :0  

5. 描画

5.1 Raspbian

> plot(RR$ 開催年,RR$高跳び)
> hist(RR$走り幅跳び)

散布図は本とは違い、９０度回転している。ヒストグラムはそのまま。

画面のファイル保存は、下記コマンドを別のターミナルで実行し、マウスで保存したい画面をクリック。

scot -s

実行したフォルダに、pngファイルを保存する。

5.2 Mac

文字化けがある。散布図の向きが、本と違う（Raspbianと同じ）。

5.3 docker/ubuntu

描画機能を導入していない。コマンドエラー・警告は出ないが何もしない。

6. 一括実行

コマンド列をテキストファイルにして Rにリダイレクトする

6.1 Raspbian

$ R< RD.txt
Fatal error: you must specify '--save', '--no-save' or '--vanilla'
$ R --help

* snip *

--save   :Do save workspace at the end of the session
--no-save:Don't save it
--vanilla:Combine --no-save, --no-restore, --no-site-file,

* snip *

ひとまず --saveを使う。

R --save < RD.txt

* snip *

> #データの読み込み
> RR<-read.csv("RD.csv")
> RR
   高跳び X100m走 走り幅跳び 開催年 区分
1   1.810   12.00      6.350   1896 戦前

* snip *
> #散布図とヒストグラム
> plot(陸上$開催年,陸上$高跳び)
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> hist(陸上$走り幅跳び)
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> 

注釈行を表示してくれる。

vi RD.txt

* snip *

plot(RR$開催年,RR$高跳び)
warnings()
hist(RR$走り幅跳び)
warnings()

* snip *

警告がある命令の次にwarnings()をその都度追記。

R --save < RD.txt

* snip *

> #散布図とヒストグラム
> plot(陸上$開催年,陸上$高跳び)
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> warnings()
Warning messages:
1: In title(...) :
  conversion failure on '陸上$開催年' in 'mbcsToSbcs': dot substituted for <e9>
2: In title(...) :

* snip *

 hist(陸上$走り幅跳び)
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> warnings()
Warning messages:
1: In title(main = main, sub = sub, xlab = xlab, ylab = ylab,  ... :
  conversion failure on 'Histogram of 陸上$走り幅跳び' in 'mbcsToSbcs': dot substituted for <e9>

* snip *

odコマンドで、コードの位置を知るため、１６新出力（-h)

od -h RD.csv
0000000      abe9    e898    b3b7    81e3    2cb3    3031    6d30    b5e8
0000020      2cb0    b5e8    e3b0    8a82    b9e5    e885    b3b7    81e3
0000040      2cb3    96e9    e58b    ac82    b9e5    2cb4    8ce5    e5ba
0000060      8688    0a0d    2e31    3138    312c    2c32    2e36    3533
0000100      312c    3938    2c36    88e6    e5a6    8d89    0a0d    2e31
0000120      2c39    3131    372c    312e    3538    312c    3039    2c30
0000140      88e6    e5a6    8d89    0a0d    2e31    2c38    3131    372c
0000160      332e    2c34    3931    3430    e62c    a688    89e5    0d8d
0000200      310a    392e    312c    2e30    2c38    2e37    3834    312c
0000220      3039    2c38    88e6    e5a6    8d89    0a0d    2e31    3339
0000240      312c    2e30    2c38    2e37    2c36    3931    3231    e62c
0000260      a688    89e5    0d8d    310a    392e    3633    312c    2e30
0000300      2c36    2e37    3531    312c    3239    2c30    88e6    e5a6
0000320      8d89    0a0d    2e32    3231    312c    2e30    2c35    2e37
0000340      3338    312c    3539    2c36    88e6    e5a6    8cbe    0a0d
0000360      2e32    3831    312c    2c30    2e38    3330    312c    3639
0000400      2c34    88e6    e5a6    8cbe    0a0d    2e32    3833    392c
0000420      392e    2c32    2e38    3237    312c    3839    2c38    88e6
0000440      e5a6    8cbe    0a0d    2e32    3433    392c    392e    2c36
0000460      2e38    3736    312c    3939    2c32    88e6    e5a6    8cbe
0000500      0a0d    2e32    3933    392c    382e    2c34    2e38    2c35
0000520      3931    3639    e62c    a688    bee5    0d8c    320a    332e
0000540      2c36    2e39    3538    382c    332e    2c31    3032    3430
0000560      e62c    a688    bee5    0d8c    000a 

6.2 Mac

R --save < RD.txt

* snip *

#散布図とヒストグラム
> plot(RR$開催年,RR$高跳び)
 36 件の警告がありました (警告を見るには warnings() を使って下さい) 
> hist(RR$走り幅跳び)
 50 件以上の警告がありました (最初の 50 個の警告を見るには warnings() を使って下さい) 
> 

警告があるとのこと。警告がある命令の次にwarnings()をその都度追記。

R --save < RD.txt
* snip *

> #散布図とヒストグラム
> plot(RR$開催年,RR$高跳び)
 36 件の警告がありました (警告を見るには warnings() を使って下さい) 
> warnings()
 警告メッセージ: 
1: In title(...) :
   'mbcsToSbcs' 中の 'RR$開催年' で変換に失敗: <e9> をドットで置き換えました 
2: In title(...) :

* snip *

 hist(RR$走り幅跳び)
 50 件以上の警告がありました (最初の 50 個の警告を見るには warnings() を使って下さい) 
> warnings()
 警告メッセージ: 
1: In title(main = main, sub = sub, xlab = xlab, ylab = ylab,  ... :
   'mbcsToSbcs' 中の 'Histogram of RR$走り幅跳び' で変換に失敗: <e8> をドットで置き換えました 
2: In t

* snip

RD.csv, RD.txt の日本語を英語に

RD.csv

Hjump,100mr,Rjump,year,AB
1.81,12,6.35,1896,BF
1.9,11,7.185,1900,BF
1.8,11,7.34,1904,BF
1.9,10.8,7.48,1908,BF
1.93,10.8,7.6,1912,BF
1.936,10.6,7.15,1920,BF
2.12,10.5,7.83,1956,AF
2.18,10,8.03,1964,AF
2.38,9.92,8.72,1988,AF
2.34,9.96,8.67,1992,AF
2.39,9.84,8.5,1996,AF
2.36,9.85,8.31,2004,AF

RD.txt

#データの読み込み
RR<-read.csv("RD.csv")
RR

構造の表示
str(RR)

# 数値要約
summary(RR)

# 区分ごとに数値要約
by(RR,RR$AB,summary)

# 散布図とヒストグラム
plot(RR$year,RR$Hjumb)
warnings()
hist(RR$Rjump)
warnings()

実行するとエラーは取れたが描画をしない。

# データの読み込み
> RR<-read.csv("RD.csv")
> RR
   Hjump X100mr Rjump year AB
1  1.810  12.00 6.350 1896 BF

* snip *

> #散布図とヒストグラム
> plot(RR$year,RR$Hjumb)
> warnings()
NULL
> hist(RR$Rjump)
> warnings()
NULL

まとめ

わかったこと

RはRaspbianで導入すると楽
処理速度、メモリ容量、記録媒体などは課題
###データ取得
Windowsでファイル名を日本語にすると他のOSに変換する方法を検討しておく必要がある。

導入

Apt-getで導入するとMac のbrewより古い版になる
###起動
Macだと”r“でも起動する。Raspbian, ubuntuでは”R”だけ

実行

一括実行は便利。
文字化けする場合は、文字コード変換してから読み込む。
Ubuntuで文字化けしたまま動作。

描画

Raspbian, Mac等X windowを使っているOSは90度傾く図がある

わからなかったこと

ファイル名のコード変換（日本語に対応していないOSだと無理）

よかったこと

Macintoshと比較ができた

あらためたいこと

文字コードの扱いに関する資料の整理（ファイル名を含む）

参考文献・URL

データマイニング入門　Rで学ぶ最新データ解析、豊田秀樹、東京図書、2008

生態学のデータ解析 - R 作図の日本語表示, http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/RgJpFont.html

##The R Tips 第3版 データ解析環境Rの基本技・グラフィックス活用集
グラフの向きが横になる時
horizontal=FALSE

R, Q&A(初級者コース)/14

R, 日本語化掲示板

R(とBioConductor)とGEO

この資料の第二版のslide

作業記録(log, エラー出力等)はこちら

この資料の第一版（qiita形式のテキスト）

R(データマイニング入門) Raspbian(Raspberry PI),Mac OSX, docker/ubuntu　四段階。導入・起動・実行・描画。
https://researchmap.jp/joj2gmxxv-49935/#_49935

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線網（Wi-Fi）空中線(antenna)(0) 記事一覧(118/300目標)
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C++ Support(0)　
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一覧の一覧( The directory of directories of mine.) Qiita(100)
https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/7eb0e006543886138f39

自動制御、制御工学一覧（０）
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小川清最終講義、小川清最終講義（再）計画, Ethernet(100) 英語(100) 安全(100)
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