逆誤差伝播法による微分のコーディング・ノート#3
Tersoffポテンシャル実装のテスト #2に続いて，3体間ポテンシャルについて逆誤差伝播法（back propagation）を応用した微分のコーディングを紹介する． 3体間ポテンシャルの中で...
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Ubuntu24.04上のvscodeで日本語入力できない件
ubuntuで，なぜかvscodeだけ日本語入力ができない 日本語入力環境はできており，terminalやchromeなどでの日本語入力は問題なくできる．Emacsでも日本語編集ができるが，なぜ...
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Ubuntu 22.04 でキーボード入力がもたつく件
Ubuntuを22.04にアップグレードしたところ、terminalのキーボード入力で反応がワンテンポ遅れる現象が発生。 いろいろ探したところ、こちらで議論されており、その中で下記のスクリプトが...
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逆誤差伝播法による微分のコーディング・ノート#2
2体間ポテンシャル実装のテスト #1に続き，ここではより分子動力学法での応用に近づけるため，2体間ポテンシャルについて逆誤差伝播法（back propagation）を応用した微分のコーディング...
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pythonで超簡単な分子動力学プログラムを書く
※split関数の書式を修正しました（2023.12.02） ##3原子の分子動力学計算 3つの原子だけを扱う分子動力学(MD)コードを書いてみる。 ステップバイステップでＭＤっぽくしていく。 ...
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SphinxとGitHubの連携メモ
目的 Sphinxでドキュメントを書き、webで公開したい。ドキュメントは少しずつアップデートしていくため、その度にweb公開版を簡単にアップデートできるようにしておきたい。 そこで、ドキュメン...
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FLTK+OpenGLのコードをChatGPTに書かせてみた
目的 FLTK+OpenGLで，立体をマウスドラッグで動かすようなコードを書いてみたいと思ったけれど，マウスドラッグの実装などが面倒なので，ChatGPTに書かせられないかと思って試してみた． ...
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pythonのモジュールaseを使ってみる#2
python + ase を構造ビューワとして利用 分子動力学計算の結果得られた原子構造を、AtomEyeを用いて可視化している（いた？）人は多いはず。 http://li.mit.edu/Ar...
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pythonのモジュールaseを使ってみる#1
aseとは MDや第一原理計算をpythonで比較的簡単に動かせる、Atomic Simulation Environment (ASE)というパッケージが用意されている。 pythonのモジュ...
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逆誤差伝播法による微分のコーディング・ノート#1
このノートの目的 目標は、分子動力学法(MD)で必要となる力の計算（＝エネルギーの原子座標に対する偏微分より定まる）のコーディング。 原子座標に対するエネルギーの偏微分を手計算ですべて求める作業...
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GLUIを用いて簡単な分子動力学法プログラムを書く
#GLUIでリアルタイム3D描画＋GUI化 原子構造が今どうなってんのか？をリアルタイムで見られるような分子動力学法(MD)のコードを書きたかった。ついでにGUI機能もついていると使いやすいよね...
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Ubuntu20.04で発覚したglutのmouse pick問題
GLUTで表示したオブジェクトをマウスクリックにより選択する方法（マウスによるセレクション、あるいは mouse pick などとも呼ばれる？）は、和歌山大学 床井先生のページにあった解説を流用...
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GLUT on FLTK でteapotを描く
GLUT on FLTK のサンプルコードと落とし穴の解決 1. GLUT+FLTKでteapotを描く GLUTを使ったOpenGL描画とFLTKを組み合わせて使いたい。 ネットに色々と記事が...
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Tcl/Tkで物理シミュレーション
空気抵抗を受ける飛翔体 原点から打ち上げられた飛翔体が、速度に比例する抵抗を受けながら運動する様子をシミュレートするプログラムを書いてみる。 数値積分の時間刻みをdt、抵抗の比例係数をalpha...
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