aseとは
MDや第一原理計算をpythonで比較的簡単に動かせる、Atomic Simulation Environment (ASE)というパッケージが用意されている。
pythonのモジュールとして提供されているので、これをimportすればMDシミュレーションなどが（コードを書くことなく）実行できる。
前提条件
pythonがインストールされていること。
pipがインストールされていること。
aseのインストール
pip install ase
などとして、aseモジュールが使えるようにしておく。
nglviewのインストール
pip install nglview
などとしておけば、nglviewを用いた（デフォルトのaseビューワーより綺麗な）構造描画ができる。
初期構造作成と可視化のテスト
ase（とnglview）が動くかどうかテストするため、簡単な初期構造を作成してみる。
ここではjupyter notebookに下記のコードを打ち込むことでテストしてみた。
from ase import Atoms
from ase.build import fcc111, bulk
slab = fcc111('Al', (3, 3, 4), a=4.04, vacuum=5.0)
from ase.visualize import view
view(slab, viewer='ngl')
実行結果
なお、nglviewを使わなくても、最後の行を
view(slab, viewer='ase')
とすれば構造は一応可視化できる。下図のように原子が平面的に描画される。
