funannotateを遺伝研スパコンにインストールする
funannotateとは funannotateはゲノム配列とその他必要なファイル（fastq, bamなど）を用意すれば、ワンストップで遺伝子アノテーション（構造アノテーションと機能アノテー...
2
3
Comment0
20 search resultsShowing 1~20 results
Stocked
You need to log-in
バイオインフォ関連の簡単な問題を解いてみる(2)
データサイエンス研修 生命情報学コースというページで、バイオインフォマティクスに関連したデータ処理（主にテキストの処理）の問題を出し合ってみんなで解いてみようというようなことをしています。 こち...
0
0
Comment0
バイオインフォ関連の簡単な問題を解いてみる(1)
データサイエンス研修 生命情報学コースというページで、バイオインフォマティクスに関連したデータ処理（主にテキストの処理）の問題を出し合ってみんなで解いてみようというようなことをしています。 解答...
1
1
Comment0
3D-DNAパイプラインでゲノムのスキャフォールディングをする
目的 ゲノムのcontigをHi-Cリードを使ってscaffoldingする ツールのインストールにいくつかステップがあったので覚書をつくっておく singularityコンテナを利用して実行す...
1
0
Comment0
funannotateをsingularityで動かす
はじめに 以前書いた funannotateを遺伝研スパコンで動かす という記事の続きです. condaでインストールするとめちゃくちゃ面倒だったので、DockerHubで配布されているdock...
0
0
Comment0
JBrowse2を遺伝研スパコンで動かす
JBrowse2とは 公式サイト https://jbrowse.org/jb2/ ゲノム配列と遺伝子の位置を可視化するツール webアプリケーションとデスクトップ（オフライン）アプリケーション...
4
1
Comment0
【Git】リモートリポジトリのURLを変える
目的 外部サーバにあるソースコードをbitbucket経由でローカルリポジトリにいれる 既存のリモートリポジトリ(git cloneしてきたリポジトリ)を変更 前提 リモートリポジトリ作成済み ...
1
1
Comment0
iPad Proで遺伝研スパコン上で起動したJupyter notebookを使ってみた
@nigytaさんの記事[「遺伝研スパコンで Jupyter Notebook を利用する方法」] (https://qiita.com/nigyta/items/6cb321735dba0a6...
1
1
Comment0
joinコマンドの使い方
ここに書いてあること 便利なコマンドjoin使いかたのまとめ バイオシェル芸では遺伝子発現データの結合などで使う 参考にした記事 こちらにほとんど書いてある。もしかしてシェル芸人... join...
2
5
Comment1
遺伝研スパコンでR（とRstudio）を使う
遺伝研スパコンでRを使うにはmoduleコマンドでR環境をロードします。 $ module load r/3.5.2 $ which Rscript /opt/pkg/r/3.5.2/bin/R...
0
2
Comment1
plenvでPerl環境の構築 (with homebrew)
目的 アプリケーションを動かすのに、Perlのモジュールをインストールする必要があった もともと入っていたPerlはバージョンが古すぎてアプリケーションが動かなかった ついでに新しめのバージョン...
2
1
Comment0
Anacondaで機械学習の環境を作る（初心者版）
目的 Anacondaを使って 機械学習（ディープラーニング）用の環境を作る ハードウェア MacBook Air (13-inch, Early 2015) 1.6 GHz Intel Cor...
2
2
Comment0
【R】Mygene.infoで遺伝子情報を取得（改）
前回からの変更点 R3.5.3以上ではBioconductor経由のインストール方法がBiocManagerパッケージを使う方法に変わった R 3.4.3でのインストール方法は→mygeneパッ...
1
0
Comment0
gnomADが新しくなった
新しいgnomADができていた gnomADのあたらしいサイトr2.1ができていた。 変異データの扱いにはHail0.2がおすすめ、と公式に書いてあったので、インストールを試みた。 Hailのイ...
0
1
Comment0
GEOから遺伝子発現データを取ってくる【R】
GEOとは https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 遺伝子発現データ（マイクロアレイ,次世代シークエンス)のレポジトリです transcriptomeだけではなく, ...
6
2
Comment0
【R】mygeneパッケージで遺伝子の情報を取得する
概要 R用クライアントmygeneパッケージを用いて, 遺伝子情報取得ウェブサービスMyGene.infoで遺伝子に関する要約文(GeneRIF)を取得する 使用したRのバージョン R 3.4....
3
2
Comment0
SMILES記法の化合物のMACCS keysを求める
覚えておくためのメモ 以下はMochimasa氏のQiitaエントリ化合物をベクトルにして比較しプロットするを参考にしました np.zeros()の使い方は0を要素とする配列を生成するnumpy...
7
2
Comment0
samtoolsでvariant call
samtools(bcftools)を使ってvariant call ヒト以外のモデル生物とかモデル生物じゃないもののvariant callingをしたいときは、samtools mpileu...
5
3
Comment0
【R】ファイルの読み込み
はじめに 「Rがデータファイルを読み込んでくれません」という相談を受けたので覚書き。 ファイル種類別の読み込み方 tsv（tab区切りテキスト） x <- read.table("hoge...
1
0
Comment0
【R】PDB形式ファイルを3d-plotで表示する
目的 タンパク質の立体構造に座標軸を串刺しに通した図を描きたかった PyMOLでどうやるかわからなかったのでRを使った 表示してみたもの Sirtuin1 (PDBID:5BTR) ...緑色の...
0
3
Comment0
20 search resultsShowing 1~20 results
Qiita is a knowledge sharing service for engineers.
- You can follow users and tags
- You can stock useful information
- You can make edit suggestions for articles