joinコマンドの使い方

##ここに書いてあること
便利なコマンドjoin使いかたのまとめ
バイオシェル芸では遺伝子発現データの結合などで使う

##参考にした記事
こちらにほとんど書いてある。もしかしてシェル芸人...
joinコマンドで覚えておくと便利な使い方8個
こちらも。
[joinコマンドが便利過ぎて生きるのが辛い]
(http://yut.hatenablog.com/entry/20120907/1346975281)

##使いかた
1列目が遺伝子名, 2列目に発現量（何かの値）
結合したい列でsortしておく

$ cat inu.txt
geneA	100
geneB	110
geneC	120
geneE	130

$ cat neko.txt
geneA	200
geneB	210
geneD	220
geneF	230

###inuとnekoで共通に発現している遺伝子

$ join -1 1 -2 1 inu.txt neko.txt

geneA 100 200
geneB 110 210

オプション-1 1 -2 1 は結合キーとなる列を指定
（1番目のファイルの1列目と2番目のファイルの1列目）
2つのファイルのどちらにも値がある行だけが出力される

###全ての遺伝子の値

$ join -o '0,1.2,2.2' -a 1 -a 2 -e '-' inu.txt neko.txt

geneA 100 200
geneB 110 210
geneC 120 -
geneD - 220
geneE 130 -
geneF - 230

発現していない（値がない）遺伝子のところに-が入る
その他オプション
-o 'num,num.num,....'　表示する列を指定, 0は結合キーの列,n.nでn番目のファイルのn列目
-a num 指定したファイルの行は全部表示する
-e 'string' 　値がないところを'string'で指定した文字で埋める

• 先日のバイオシェル芸勉強会のお題にあった

##その他

• -e 'string'でデータのないフィールドに何か文字を入れたいときは、-o オプションと一緒でないと（つまり出力フィールドを指定してやらないと）何も出てこない