【VScode】Python単体テストのカバレッジ表示が簡単にできるようになったよ
はじめに 3年ほど前にVScode上でのPython単体テストのカバレッジ可視化に関する以下の記事を書きました。 ↑記事の投稿時はVScodeで単体テストカバレッジを可視化するために新しく拡張機...
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【VScode】pytestによる単体テスト実行 & カバレッジ可視化方法
この記事で紹介している単体テストのカバレッジ可視化方法は古いです。カバレッジ可視化に関する新しい記事を書いたので、今後は以下を参考にしてください。 はじめに VScode上でのpytestを利用...
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Ubuntuをインストールしたdynabookのタッチパッドが反応しない問題の解消方法
はじめに Ubuntu24.04.1をdynabook GZ83/MLにインストールするとタッチパッドが反応しなくなりました。この記事はubuntu in dynabookのタッチパッド反応しな...
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Pythonで円形の積み上げ棒グラフ(Circular Stacked Bar)をプロットする
個人開発している円形データプロットのためのPython製OSSライブラリ「pyCirclize」に積み上げ棒グラフのプロット機能を最近追加してみた。この記事では、新しく追加した円形の積み上げ棒プ...
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PythonでChord Diagramをプロットする方法
はじめに データ間のネットワークやフローのような相互関係を表現する際には円形でのデータ可視化がよく行われます。下記のような図はChord Diagramと呼ばれ、各データの相互関係を分かりやすく...
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MSAデータ可視化Pythonパッケージ「pyMSAviz」の紹介
本記事では、MSA(Multiple Sequence Alignment)データを簡単に可視化することを目的として個人開発してみたPythonパッケージ「pyMSAviz」(GitHub / ...
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円形データ可視化パッケージ「pyCirclize」を開発してみた話
はじめに データ間のネットワークやフローのような相互関係を表現する際には円形でのデータ可視化がよく行われます。下記のような図はChord Diagramと呼ばれており、各データの相互関係を分かり...
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BiocondaへPyPIパッケージを登録する手順
先日、自分が作成したPyPI上のPythonパッケージGBKviz (GitHub, 紹介記事)をBiocondaに登録してみました。Biocondaのパッケージ登録に関する記事は少ないので、自...
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matplotlibで凡例(Legend)のみを出力する方法
matplotlibで凡例(Legend)のみを出力しようとした際の調査・実施内容の備忘録です。 基本的な凡例出力の実装例 とりあえずデータ無しで図に凡例のみを表示しようとすると実装コードは大体...
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argparseのヘルプメッセージ改行位置を変更する方法
Pythonのコマンドラインツール開発ではargparseがオプションパーサとしてよく利用されます。argparseによるヘルプメッセージ表示機能で「いや、そんな微妙なところで改行しないでよ.....
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Seabornのclustermapによるクラスタリング後の結果行列の取得方法
Seabornのclustermap関数によるクラスタリング後の結果行列を取得する方法の備忘録 clustermap関数の仕様 公式ドキュメントによると、clustermapは戻り値としてClu...
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Scipyの階層クラスタリング結果をNewick形式に変換する
Scipyで階層クラスタリングを実行した時に、結果として出力されるデンドログラムをSeaviewのような系統樹ビューアで見れるようにしたいと思ったのでNewick形式での出力を試みた。 やり方を...
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ColabのvimキーバインドでjjをEscにマッピングする
Google Colaboratory(Colab)のVimキーバインド利用時にjjをEscにマッピングした時の備忘録 ColabのVimキーバインド有効化 Colabでは以下のように設定からV...
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StreamlitでセッションIDを取得する方法
Streamlit(version=1.7.0)でセッションIDを取得した時の備忘録 下記コードをstreamlit run session_id_example.pyと実行して、セッションID...
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【Streamlit】ゲノム内遺伝子の比較・可視化アプリGBKvizを作ってみた
はじめに データ分析用のWebアプリを簡単に作成できるWebフレームワークStreamlitの学習・実践も兼ねて、Genbank形式ファイルからゲノム内の遺伝子情報を比較・可視化するWebアプリ...
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【Python】ターミナル上でさっとカラーコード色を確認する方法
Pythonでターミナル上でさっとカラーコード色を確認したいな、と思うことがあったので対応ライブラリを探して試しに使ってみた。 利用ライブラリ 下記2つのライブラリを利用 (pip instal...
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Ubuntu上のVScodeで「Ctrl+Shift+E」ショートカットが動作しない問題の解決方法
記事タイトルの問題を解決したときの原因調査結果と解決策について記載してます。 動作しなかった原因 Ubuntuのインプットメソッドフレームワークのibus(wiki)の絵文字関連機能にも 「Ct...
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goatoolsによるGO解析方法まとめ
概要 GO(Gene Ontology)は、さまざまな生物の遺伝子(がコードするタンパク質)の機能に関する情報を統一化された語彙により表現したもの。 生物医学研究をする上でGOは重要な役割を果た...
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goatoolsによるGO関係可視化図の見栄えを改良してみた
前回の記事でGO解析ツール「goatools」について紹介しました。 その時のコマンドライン操作のみからのGO関係可視化図の見栄えがいまいちだったので、見栄えがよくなるように改良を試みました。 ...
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系統解析ツール「IQ-TREE」を利用した祖先配列推定 (Ancestral Sequence Reconstruction)
概要 祖先配列推定(ASR:Ancestral Sequence Reconstruction)は、共通祖先に由来する各生物のホモログ遺伝子により祖先遺伝子配列を推定する分子進化学における手法を...
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