WSL環境にfairchem-coreを導入して汎用NNP「UMA」をテストする
fairchemは、材料科学と量子化学の分野で使用される、FacebookのAI研究チーム（Facebook AI Research, FAIR; 現在のMeta AI）が開発したソフトウェアプ...
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オフライン環境のユーザーローカルにgcc-14.3.0を導入する
gccはC言語、C++言語、Fortran言語などの複数言語のコンパイラ群の総称である。 もともとは「GNU C Compiler」の略だったが、今は「GNU Compiler Collecti...
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【Python】距離行列の計算と実行時間
距離行列（distance matrix）とは、データセットに含まれる各要素間の距離を表した行列のことです。データ解析、クラスタリング、機械学習の前処理など、さまざまな場面で広く用いられています...
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ローカル環境に導入したdeepseek-r1をCLIで動かしてみる
最近、DeepSeekをローカルで動かすのが世間で流行っているので試してみました。ここではLinux環境にOllama（ローカルLLM実行環境）を導入してCLIで動かします。 Ollama は ...
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【Python】SMILESから立体異性体を全列挙する【RDkit】
PythonのRDkitライブラリを用いてSMILESから立体異性体をxyz形式で全列挙する方法を紹介します。 実行環境 Python version: 3.9.12 RDKit version...
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【Python】sdf形式を経由してChemDrawの構造式からxyz座標を取得する
本稿では化学構造式エディタ「ChemDraw」上で描画された複数の構造式を一括でxyzデータに変換する方法の例を紹介します。 動作環境 Python 3.9 rdkit 2024.03.3（20...
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renameコマンドが使えないときにファイル名を一括置換するワンライナー
本稿ではrenameコマンドが使えないLinux環境においてファイル名を一括置換するワンライナーの例を紹介する。 forループを利用する場合 forループの使用が許容される場合は bash系 f...
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簡単なスラブモデルの作り方
※本稿は2023年11月24日に開催された「GRRMチュートリアル2023」の表面モデル作成パートの内容について、講演者自身が要点を再録したものである。 スラブモデルとは スラブモデルは計算化学...
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【Python】resting stateの存在する化学反応の速度論シミュレーション
速度論シミュレーションのおさらい 化学反応の速度論シミュレーションでは、反応速度式（レート方程式）を連立して数値的に解く、という操作が一般に行われます。この際、4次のルンゲ＝クッタ法（RK4法）...
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【Python】4次ルンゲ＝クッタ法で化学反応速度論シミュレーション
ルンゲ＝クッタ法 ルンゲ＝クッタ法（runge kutta method）は微分方程式を数値的に解く手法の一つで、そのプログラムの実装の容易さから時間発展追跡の簡便法として知られています。特に4...
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アイリングの式から反応速度定数を見積もる
遷移状態理論の範囲において、反応速度定数はアイリングの式（H. EYRING, J. Chem. Phys. 1935, 3, 107–115.）に基づいて温度$T$と活性化エネルギー$\Del...
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【Linux/Python】Psi4とRDkitの導入～電荷と双極子モーメントの算出
目的 本稿の目的は「xyz形式で与えられた任意の化合物の3次元座標データをもとに、電荷や双極子モーメントを求めるPythonスクリプトを作成すること」です。 環境 本稿では、既にAnaconda...
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結晶構造から特定の指数面を切り出す
【はじめに】 本稿は計算化学に関する内容で、VESTAプログラムを利用し、結晶構造（この場合、特にcif形式のファイル）から特定の指数の面を切り出してスラブモデルを作成する手順の例を示すものです...
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【Python】igraphでグラフ・ネットワークを生成・描画する
igraphについて グラフの作成・操作を行うライブラリ（内部はC/C++系）。2023年2月現在の最新バージョンは 0.10.4 。 【参考】公式サイト RやPythonで利用可能なigra...
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【Linux】最新版のOpenBabelをローカルにインストールする
OpenBabelは情報化学（ケモインフォマティクス）の領域で利用されるツール群のパッケージで、主にファイル・データのフォーマットを変換するために用いられます。公式のGithubリポジトリで公開...
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Goで実装する並列処理（Hello, world!を10000回出力してみる）
"Hello, world!" が100行書き込まれた write1.txt ～ write100.txt という名前の100個のテキストファイルを作成する場合、並列の有無で実行時間が変わるのか...
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xyz座標の結晶構造をcif形式に変換する
本稿は計算化学等で周期境界条件を用いた計算を行っている方向けのメモです。 並進ベクトル（Translation Vectors: TV）を含む3次元座標からcif形式のファイルを生成する方法を述...
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結晶格子の並進ベクトルの座標計算（Calculate xyz coordinates of translation vectors from cif format）
本稿は計算化学等で周期境界条件を用いた計算を行っている方向けのメモです。 並進ベクトル（Translation Vectors: TV）の長さと角度が既知であるユニットセルについて、格子点の3次...
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Go言語初心者がGo言語をさわってみた
Windowsユーザー＆Goに初めて触れるor久々に触れる人が流し読む用のメモです。 使用しているGoのバージョンはgo1.15.2 windows/amd64で、エディタはAtomを使っていま...
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【Python】png,jpeg,gif画像をeps形式に変換する
PillowライブラリのImageモジュールにより，png，jpeg，gifなどの画像をeps形式に変換することができます． Pillowをインストールしているのであれば，怪しいフリーソフトをダ...
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