Seurat 5.3.0版, Seurat Object の中身解説と参照方法 ~ RStudio のコンソールを見ながら ~
こんにちは。Seurat、楽しんでますか？ 今回は、Seurat を始めたての人に向けて、最新: version 5.3.0 時点における Seurat Object の構造と中身の参照方法を、...
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Seurat における DotPlot, VlnPlot の見方を雰囲気理論で本気解説してみた
Seurat、楽しいですよね。チュートリアルも充実しているし、公式からのフィードバックも超丁寧で... でも、覚えることが多すぎて、ムリゲーと感じている人も多いのではないでしょうか。特に理論的な...
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Gene Ontology 解析, Pathway 解析 (超幾何検定) を雰囲気理論で本気解説してみた。
Single cell RNA-seq, bulk RNA-seq を行った論文で、図の意味が分からない、という経験は多いと思います。最近は NGS を使う後輩も増えてきて、同じような質問をよく...
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R への .h5Seurat 読み込み時に起きるエラー「'recursive' must be a length-1 vector」の解決策
最近、KPMP のサイトから scRNA-seq データを引っ張ることがあったのだが、R への .h5Seurat の読み込み時に毎回同じエラーが出たため解決策をメモっておく。※ chatGPT...
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Seurat version 5 以降の統合解析、IntegrateLayers 関数使うか問題。
Seurat version5 (v5) のアップデートに伴い、以下の 3 つの関数が一つにまとめられた。 ・SelectIntegrationFeatures ・FindIntegration...
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Seurat における SCTransform の理論を、関数のデバッグ結果からガッツリ追ってみた。
Seurat、楽しんでますか？最近では rPCA が出たり、SCTransform が改良されたり、version5 ではオブジェクト構造自体がガラッと変わったり...などなど、進化が目まぐるし...
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