R への .h5Seurat 読み込み時に起きるエラー「'recursive' must be a length-1 vector」の解決策

最近、KPMP のサイトから scRNA-seq データを引っ張ることがあったのだが、R への .h5Seurat の読み込み時に毎回同じエラーが出たため解決策をメモっておく。※ chatGPT で調べたが解決しなかった。

使用パッケージ
Seurat: 5.3.1
SeuratDisk: 0.0.0.9021

最初の入力コード

# R の例
obj <- LoadH5Seurat(file = "0f95993d-1bbc-427e-8f5c-14ccf630ef26_KPMP_PREMIERE_SC_version1.5_ForExplorer_withRC.032624.h5Seurat")

エラー出力

debug していったところ、どうも内部で動く as.Seurat 内に問題があるらしい。

if (packageVersion(pkg = "Seurat") >= numeric_version(x = spatial.version)) {
    images <- GetImages(images = images, index = index, 
      assays = assays)
    for (image in images) {
      if (verbose) {
        message("Adding image ", image)
      }
      object[[image]] <- AssembleImage(image = image, 
        file = x, verbose = verbose)
    }
  }

spatial.version がネックで、これが 3.~~~ とかになっている(Seurat の古いバージョン時に作られた?)

解決策は簡単で、LoadH5Seurat 関数に image = list() を付けるだけ。

改善入力コード

# R の例
obj <- LoadH5Seurat(file = "0f95993d-1bbc-427e-8f5c-14ccf630ef26_KPMP_PREMIERE_SC_version1.5_ForExplorer_withRC.032624.h5Seurat", image = list())

これで読み込めた。
Visium とかだとどうなるのかは不明。少なくとも scRNA-seq では Seurat Object の image 内は空のはずなので、これで問題なさそう。