githubのコードでの不明点について

データが足りないように見えます。 https://github.com/kecosz/EcohNet_py/blob/main/ecohnet.ipynb に従ってセットアップしましたか？特に Set import and export folder セクションに書いてあるインポートフォルダの設定か、 Analysis セクションに書いてあるサンプルデータの CSV が不足している感じがします。

GitHubリポジトリのReadmeは確認してみましたか？

external/wolfram/LakeColors.txt
Exported mathematica colormaps. Used for visualization.

前述のファイル内容を見るに、色定義されているようですが、

以下で読み込まれているファイルが存在し、
且つ、適切な状態にセットアップされているのでしょうか？

def _get_wolfram_lake_color() -> np.ndarray:
(......省略......)
file_path = Path("/content/EcohNet_py/external/wolfram/LakeColors.txt")
(......省略......)

■追記
。着色されていない、と何故か思い込んでいましたが、
　この状態だとデータがプロットされていない可能性が
　頭から抜けておりました、失礼しました。
　
@uasi さんの回答箇所を確認してみてください。

はい。確認はしました。
ですが、Readmeにはあまり詳しいことは書いてないですね。