vim-cellmode
PythonコードをVimで編集しながらiPythonなどのインタラクティブ環境で実行したい。手元の環境がPyhton3かつipython6とかなので便利そうなの(vim-ipythonとか)は...
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二変量正規分布
二変量正規分布を発生させたい \begin{equation} \begin{pmatrix} x \\ y \end{pmatrix} = N \begin{pmatrix} \begin{p...
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PythonでPlink
PythonでPLINKのデータファイル(.bed, .fam, .map)などを利用したい。pyplinkというモジュールがある。 インストール pipでインストールできる shell pip...
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Rで例外処理
tryCatch( { エラーを出すかもしれない処理 } , error = function(e) { エラーに対して行う処理 } ) と書く。遺伝子発現行列geneに対して網羅的にt検定をし...
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haskellでBayes
stackでHackageにないパッケージの管理 haskellでmonad-bayesパッケージを使おうと思ったらうまく行かなかった。haskell-platformでインストールされるcab...
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ウィルコクソンの符号順位検定
対応のある2群のデータ X=(x_1, x_2, x_3 \cdots x_n)\\ Y=(y_1, y_2, y_3 \cdots y_n) について、二群間の代表値に違いがあるかどうか検定し...
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最小二乗法
$x_i$は$p-1$個の要素を持つ説明変数ベクトルとする。 $y_i$は目的変数とすると線形モデルは下記の様に表される y_i=\beta_1+\sum_{j=2}^{p}x_{ij}\bet...
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t検定
t検定(分散が等しい場合) 分散の推定量$U_{e}$ U_{e}=\frac{(m-1)U_{x}+(n-1)U_{y}}{m+n-2} t検定量の算出 t = \frac{|\bar{X}-...
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Ubuntu16.04(17.04)へのdockerのインストール
既存のdockerをアンインストールする(ことが公式で勧められている）。 公開鍵の登録に必要なプログラムをインストールする。 公開鍵を使ってレポジトリを追加して、インストールする。 sudo a...
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pyenv + anaconda + python3
python3が使いたい。しかし、Linuxではpython2は様々な場面で利用されておりシステムワイドにpython3をデフォルトにしてしまうと不都合が生じる。例えばlinux用のDropbo...
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FASTAファイルの整形
FASTAファイルをダウンロードすると、 >GENENAME ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGT ACGTACGTACGTACGTACGTAC...
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WindowsでAnnovar
Windows 10 のPower shellからannovarを実行するときのメモ ・PerlはWindowsに標準ではインストールされていない ・Active Perlというのがメジャーらし...
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Nvim-RとNeocompleteを同居させる
Nvim-Rがないともうダメな体になってしまった。 さらに、Neocompleteが良いと聞き、導入したい。がしかし ・Nvim-Rにはvim8が必要 ・NeocompleteはLuaが必要 ・...
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source()のディレクトリ問題
Rでプロジェクトが大きくなってくるとソースファイルを呼び出し元(./MAIN.R)と別のディレクトリ("../SRC/SOURCE.R")において、ライブラリとして読み込んで使用したくなる。ソー...
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行列の形を保ったままapply
行列の形を保ったまま関数を適応する方法についてのメモ m <- c(1:9, 3, 3) structure(sapply(m, sqrt), dim=m)) structure(vapp...
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交差確率と組換確率
2つのマーカー間で平均1回交差(cross over)が起こる状況を考える。この状況において2つのマーカーについて組み換え(recombination)が起こる率は、2つのマーカー間での交差が奇...
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TDA mapper and diabetes data
RでTopological data analysis mclustのdiabeesデータを試してみる。 filter functionは以下のようにしてみた f(x)=\sum_y exp\f...
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RStanで混合分布の推定
混合分布のパラメタをRstanで推定する。 1. 正規分布が二つの場合 library(rstan) src <- " data { int N; int M; real x[N]; } ...
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標準出力と標準エラー出力
標準出力(std) 1 標準エラー出力(std_err) 2 aの出力先をbの出力先にマージする a>&b 標準出力のlogへのリダイレクト bash script.sh >...
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