化学構造情報とグラフ理論
(2020/05/24追記) 当記事を再編集したものを https://mojaie.github.io/ に移動しました。 創薬 Advent Calendar 2018の14日目の記事です。
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Juliaでケモインフォマティクス
(2019.2.18更新) リポジトリ登録の際のレビューで指摘のあったパッケージ名をMolecularGraph.jlに変更し、URLも変更になりました。 創薬 Advent Calendar ...
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sw-precacheで外部サイトのファイルをキャッシュ
(2018/9/14追記) sw-precache, sw-toolboxは既に更新を終了していますので、Workboxに移行してください。 https://github.com/GoogleC...
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D3.jsで作るフォーム1: チェックボックス付き折りたたみツリー
動くサンプルがObservableにあります。D3.jsはversion 5です。 https://beta.observablehq.com/@mojaie/collapsible-tree-...
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Pythonにおけるlistのfind的なやつ
イテレータを走査して条件にマッチする最初の値を返す関数 (JavascriptやRubyのfindにあたるもの) Python公式のitertoolsレシピに載っている http://docs....
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データ可視化記述フォーマットVega(Vega-lite)とPythonバインディングのAltair
描画設定とデータが入ったJSONをぶっ込むと一意にプロットされるmatplotlibが欲しい— 塩こんぶ (@mojaie) 2016年10月23日 あった https://t.co/YoUCT...
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D3.js v4のデータバインド
version4ではかなり挙動が変わっているようだ 過去記事: D3.jsアプリケーション設計におけるデータとDOM操作の分離 http://qiita.com/mojaie/items/1c8...
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D3.jsアプリケーション設計におけるデータとDOM操作の分離
(2016.9.20更新) 本記事はv3の場合です。v4はかなり挙動が異なります。 D3.js v4のデータバインド http://qiita.com/mojaie/items/be0a3eaf...
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標準出力を黙らせるデコレーター
logging使うまでもないけどちょっとデバッグコメント黙らせたい時などに一時的にstdoutをdevnullするデコレーター debug.py def mute(func): def _f(*...
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Swingで例外時にダイアログを出しスタックトレースを表示する
Swingで例外が発生した際に、ダイアログを出してスタックトレースを表示します。 getStackTraceで取得したスタックトレースをStackTraceElementに格納して一行ずつ取り出...
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SciPy+matplotlibで3D散布図を作成(Python)
PythonでSciPy(NumPy)とmatplotlibを使って3D散布図を作成する方法です。 サンプルデータはiris.csvを使用(http://aima.cs.berkeley.edu...
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オブジェクトの総メモリ使用量をざっくり見積もる
環境: Python 3.5.0, 64bit オブジェクトのメモリ使用量はsys.getsizeofで調べられますが、参照先のオブジェクトの分まではカウントされません。 >>>...
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Tornadoのコルーチンを使ったジョブキュー実装例
Tornadoのコルーチンでジョブ待ち行列を作った時のメモです。 WorkerQueueのputメソッドでジョブ(関数と引数)をキューに入れます。現在実行中のジョブが終了次第、キューにあるジョブ...
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NumPy＆Cythonメモ - 配列間比較
環境 MacOSX 10.10.5 (NumexprとCythonはWindowsだと多分ダメです) Python 3.4.3 NumPy 1.9.2 以下のコードは、２つの任意の配列を総当りで...
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即席multiprocessing
(4/5追記) Pickleした一時ファイルで受け渡すパターン (9/4追記) Windows対応版 デコレータを作っておいて、既存の関数を書き直さずに子プロセスに処理を投げます。 test.p...
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デコレータで楽にcProfileする
そこそこの規模のライブラリ書いてると、プロファイルするとき毎回コマンドラインからスクリプトを実行したりunittestのsetUpとtearDown書くのが面倒だったりするので、デコレータを作っ...
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WindowsでPython3, numpy, pandas, matplotlibなどインストール
WindowsでPythonを動かすマゾ需要が高いらしいので更新しました http://qiita.com/mojaie/items/995661f7467ffdb40331 最近僕はPytho...
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Python, SciPy, matplotlibのインストール(Windows)
easy_installやpipを使おうとか余計なことを考えなければすぐ終わります。 Pythonをインストールします。Win用のインストーラがあります。 http://www.python.o...
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Python用ケムインフォマティクスツールRDKitのインストール
(2014.02.12更新 Boostの再インストール、PILのインストールについて追記しました) (2014.02.19更新 Cairoを利用した構造式描画について追記しました) (2014....
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Mac OS XでR言語をインストールしてEclipseから使う
(2014.02.18更新 XQuartzのインストール、brew tap homebrew/scienceが必須とのことなので追記) (2014.02.19更新 各ソフトウェアを最新版に更新)...
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