Search result of “user:khigashi02”

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2023/01/06

ggetの使い方。論文は以下。 Laura Luebbert, Lior Pachter, Efficient querying of genomic reference databases ...

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2021/11/06

Hi-C解析やChIP-seq解析の結果を描画する可視化ライブラリ CoolBox の紹介と簡単な使い方。 Hi-Cのコンタクトマップを描画するツールはあんまり多くなくて、とくに他の実験で得られ...

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2021/01/19

なんかまた新しい埋め込み手法が提案された。次から次に。 Narayan, A., Berger, B. & Cho, H. "Assessing single-cell transcri...

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2020/07/24

欧州宇宙機関が実施している地球観測ミッション「コペルニクス計画」の人工衛星Sentinel-2は、空間解像度10mの衛星画像データをフリーで提供している。アカウント作成などに関しては、以下の記...

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2020/03/19

大量のデータ点で散布図を描くと、あまりに密集してしまって、ある領域にどの程度のデータが存在するのかよくわからなくなる。例として、手書き数字画像データセット（MNIST）をUMAPで二次元に圧縮...

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2020/02/10

UMAPがバージョンアップしてv0.4が公開された。 2020/02/10現在では、pip install --pre umap-learnでバージョンを上げることができる。疎行列をそのまま入...

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2019/12/24

メタゲノムアドベントカレンダー、最終日の記事。ぎりぎりの登録&投稿ですみません... マイクロバイオームとメタボロームの相関を検出する手法、microbe–metabolite vect...

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2019/12/21

生物学データの次元削減・可視化手法PHATEを使ってみる PHATE（Moon, K.R., van Dijk, D., Wang, Z. et al. Nature Biotechnology...

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