matpltlibで棒グラフにエラーバーをつける
目的 pythonでエラーバー付きの棒グラフを描きたい。 簡単な方法の備忘録。 やりかた plt.bar(x, m1, yerr=e1) のように、yerrに分散を追加。 実装 import ...
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周期表をlistにしてまとめてみたよfor python
化学の定数をまとめよう pythonで化学を扱っていると周期表から元素記号、原子量、イオン半径、共有結合半径、...などなど、色々値を取り出したいことがあります。毎回それ調べてリストにするのめん...
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Windowsで見逃したブルースクリーンのエラー内容を確認する方法
Windowsでブルースクリーンのエラー内容を見逃した Windowsがなんらかのエラーによって自動的に再起動してしまうことがあります。作業中のデータが保存できていなかったら悲しくなります。この...
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Google Colabで分子の構造式を描画し保存する
Pythonを使って分子構造を描画する PythonはRDkitを使って分子の構造式を描画することができます。今回はGoogle Colab上で描画して保存します。 やり方と結果 分子の構造式を...
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無料でwebアプリを作って公開する手順書
無料でwebアプリを作って公開する アプリ開発の全くの初心者による無料でwebアプリを作って公開するまでの忘備録です。以下その手順の概要です。 HTMLでアプリを作る GitHubにリポジトリを...
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超入門：有機化学者のための機械学習
目的 化学を専門とする機械学習の初学者が書くケモインフォマティクスの記事です。 pythonを用いてサポートベクターマシンによるごく簡単な機械学習を実装します。 有機化学分野における機械学習の概...
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入門有機化学者のための機械学習-分子記述子-
有機化学の機械学習の概要は過去記事で 機械学習で分子を扱う ケモインフォマテクスにおいて「物質をPCが扱えるデータに変換する」というプロセスが必要です。ここで、有機物を構成する分子に着目します。...
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pythonでPDFのフォント埋め込みの有無を確認する
PDFへのフォント埋め込みの有無の確認 PDFはテキスト、フォント、画像などが記述されたファイルであり、アプリケーションで開くたびにレンダリングがなされています。そのため、PDFで指定されたフォ...
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ちょっと古いmacOSでeps画像を作る方法
eps画像を作りたい epsとは画像形式の一種です。大判印刷の画像データなどに用いられるそうです。自分はLatexに画像を挿入しようとした際に、epsのみ対応だったことで必要に迫られました。 結...
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分子構造をSMILESにするのに困った時の対処法
SMILESとは まずSMILESはsimplified molecular input line entry systemの略称で、分子を文字列化したものです。文字列として計算機に入力できるの...
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pythonのlistを重複削除してソートするならsorted(set(list))がいいですよ
pythonのlistを重複削除してソートする a = [3, 1, 2, 2, 3] これを b = [1, 2, 3] こうしたい。 解法 b = sorted(set(a)) list(s...
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結晶構造のcifデータから結晶学的データを自動で取得し表にしてみたよ
結晶構造のcifデータから結晶学的データを自動取得 科学において結晶構造のデータのフォーマットが決まっていまして、そのデータをcifと呼びます。このデータファイルにはいろんなことが書いてあります...
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Streamlitを使ってAIアシストの有機化合物クイズアプリを作ってみたよ
OpenAI APIを使ったアプリを作ってみた 動作を見てもらうのが早いと思います。 アプリの機能 高校有機化合物のクイズアプリです。AIに質問をすると、ある有機化合物について答えてくれるので、...
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化学反応の反応速度をプロットしてみたよ~Arrheniusの式とEyringの式の比較~
化学反応の反応速度 化学反応の反応速度について、プロットして遊んでみます。当初の目論みとしてはアレニウスの式とアイリングの式を比較して、違いを指摘しようと思ってたんですが、妥当な値の範囲では傾向...
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点電荷−永久双極子間相互作用を図示してみたよ
点電荷−永久双極子間相互作用 $Z$の点電荷と$\mu$の双極子間の相互作用は次のようになります。 F(r, \theta) = -\frac{1}{4 \pi \epsilon} \frac{...
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「Pythonによる化学シミュレーション入門」をやってみたよ8~直鎖pi共役系炭化水素の分子軌道を見てみよう~
この記事は現代化学(東京化学同人)の2022年4月号から2024年3月号まで連載された安藤耕司先生の「Pythonによる化学シミュレーション入門」を読んでやってみた記事です。詳しい内容は上記の「...
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データへの関数のフィッテング、scipy.optimizeのcurve_fitではうまくできなくてもleast_squaresではできたよ
pythonのフィッテング、least_squaresを試すべし データに対して関数のフィッテングをしていたんですが、データも関数も同じなのにcurve_fitではうまくいかなかったのがleas...
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「Pythonによる化学シミュレーション入門」をやってみたよ7~Hückel法とフロンティア軌道理論~
この記事は現代化学(東京化学同人)の2022年4月号から2024年3月号まで連載された安藤耕司先生の「Pythonによる化学シミュレーション入門」を読んでやってみた記事です。詳しい内容は上記の「...
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「Pythonによる化学シミュレーション入門」をやってみたよ6~分子軌道法(1)~
この記事は現代化学(東京化学同人)の2022年4月号から2024年3月号まで連載された安藤耕司先生の「Pythonによる化学シミュレーション入門」を読んでやってみた記事です。詳しい内容は上記の「...
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「Pythonによる化学シミュレーション入門」をやってみたよ5~ブラウン運動とランジュバン方程式~
この記事は現代化学(東京化学同人)の2022年4月号から2024年3月号まで連載された安藤耕司先生の「Pythonによる化学シミュレーション入門」を読んでやってみた記事です。詳しい内容は上記の「...
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