人材市場的な視点からバイオインフォを考えてみる
TL; DR バイオインフォ人材は足りてない 足りてないということはバイオインフォのスキルはキャリア形成に有利 みんなバイオインフォやろうぜ はじめに 「バイオインフォマティシャンが足りてない」...
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TL; DR バイオインフォ人材は足りてない 足りてないということはバイオインフォのスキルはキャリア形成に有利 みんなバイオインフォやろうぜ はじめに 「バイオインフォマティシャンが足りてない」...
しょっちゅうググってるやつを自分用にまとめる。 文字列の連結 参考に従い、+ 演算子を書き換える やや裏技っぽい方法だけど便利。 "+" <- function(e1, e2) { if ...
CWL初級者にとってよく詰まる部分にfileの入出力がある。 python hogehoge.py -in infile -out outfile のようにコマンドラインで指定するようなシンプル...
自己紹介 @kmoooooog です。 博士号取得後民間で機械学習エンジニアやってたのですがアカデミアに舞い戻り、今年の二月からはJAMSTECでメタゲノム解析をやっております。 また、その他の...
メタゲノム解析でいけてる手法としてWGCNA(Weighted Gene Correlation Network Analysis)によるネットワーク解析がある 海洋微生物学だとDeLongのチ...
自己紹介 @kmoooooog です。 博士号取得後民間で機械学習エンジニアやってたのですがアカデミアに舞い戻り、今年の二月からはJAMSTECでメタゲノム解析をやっております。 また、その他の...
こういう、どう考えても解析的に解いた方がいいやつをモンテカルロ法で近似したくなるのはカードゲーマーの性質ですね。しかしゲームの流れに沿ってプログラムを書けるので、キープ基準とか考え始めると素直に...
CyVerseとは データ解析をコモディティ化するための"サイバーインフラストラクチャー"を提供するプロジェクト。 アカウントを作るとストレージが貰えたりクラウド環境が使えたりする アクティブユ...
VirFinder というソフトウェアのインストールに若干つまづいたのでメモしておく。 VirFinder概要 論文:https://microbiomejournal.biomedcentra...
環境 遺伝研スパコン。 試行1. jupyter notebookを試す まずサーバーにjupyterをインストール pip install jupyter --user Command "py...
[バイオインフォ向け]俺のDocker & Singularity環境メモ この続きです。 DockerコンテナをSingularity pullしたらそのままだと動かなかったのでその顛...
強い人の助言大歓迎です。 遺伝研のページだけだと自前で開発したDocker imageをSingularityで使う方法がイマイチ分かり辛かったのでメモしておきます。 バイオインフォの人がDoc...
太平洋での航海のデータをrでプロットしたいと思ったのだが、いわゆる経度0を中心とする地図では太平洋が分断されてしまって見辛い。 太平洋を中心に持ってくるような地図が書きたいと思ったが案外めんどく...
これは何 メタゲノム初心者のバイオインフォマティシャンがメタゲノム解析に入門するのにいくつかパイプラインを漁ったメモ モチベーション とにかく手元にいっぱいfastqファイルがあるからまずざっく...
これは何 Second-generation p-values: Improved rigor, reproducibility, & transparency in statistic...
週末祖父の23回忌が有るんですが、なんで法事って素数年後にやるんですかね— くまがい (@Yohei__K) 2017年6月23日 他の人のとかぶりづらくなるから?— Haruka Ozaki ...
# coding: UTF-8 from Bio import SeqIO import datetime import subprocess import sys """ 使い方 pytho...
blastでバカパラしたいときとか、でかいmulti fastaファイルを適当に分割したい時に使うやつ 絶対もっとシンプルな書き方ある split.py # !/usr/bin/env pyth...
メモがてら >>> x = ["aaa","bbb","ccc","aaa","abc"] >>> y = [element for element in x...
参考:http://qiita.com/b4b4r07/items/8c1911092002d0b457a6 cat home.tsv | awk -F"\t" 'BEGIN{OFS="\t"...
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