人材市場的な視点からバイオインフォを考えてみる
TL; DR バイオインフォ人材は足りてない 足りてないということはバイオインフォのスキルはキャリア形成に有利 みんなバイオインフォやろうぜ はじめに 「バイオインフォマティシャンが足りてない」...
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[備忘録][随時更新]RのDataFrame操作でよく使う書き方まとめ
しょっちゅうググってるやつを自分用にまとめる。 文字列の連結 参考に従い、+ 演算子を書き換える やや裏技っぽい方法だけど便利。 "+" <- function(e1, e2) { if ...
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CWLでblastをかける
CWL初級者にとってよく詰まる部分にfileの入出力がある。 python hogehoge.py -in infile -out outfile のようにコマンドラインで指定するようなシンプル...
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CWLを半年ちょい触ってみて思ったアレコレ
自己紹介 @kmoooooog です。 博士号取得後民間で機械学習エンジニアやってたのですがアカデミアに舞い戻り、今年の二月からはJAMSTECでメタゲノム解析をやっております。 また、その他の...
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メタゲノムのイケてるネットワーク解析手法、WGCNA解説
メタゲノム解析でいけてる手法としてWGCNA(Weighted Gene Correlation Network Analysis)によるネットワーク解析がある 海洋微生物学だとDeLongのチ...
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メタゲノムが嫌いな理由
自己紹介 @kmoooooog です。 博士号取得後民間で機械学習エンジニアやってたのですがアカデミアに舞い戻り、今年の二月からはJAMSTECでメタゲノム解析をやっております。 また、その他の...
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新マリガンでトロンの揃う確率をモンテカルロシミュレーションで解く
こういう、どう考えても解析的に解いた方がいいやつをモンテカルロ法で近似したくなるのはカードゲーマーの性質ですね。しかしゲームの流れに沿ってプログラムを書けるので、キープ基準とか考え始めると素直に...
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CUIからCyVerse上で公開されたデータをダウンロードする
CyVerseとは データ解析をコモディティ化するための＂サイバーインフラストラクチャー"を提供するプロジェクト。 アカウントを作るとストレージが貰えたりクラウド環境が使えたりする アクティブユ...
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コンテナ環境にVirFinderのインストール
VirFinder というソフトウェアのインストールに若干つまづいたのでメモしておく。 VirFinder概要 論文：https://microbiomejournal.biomedcentra...
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遺伝研スパコンでRの環境整備する
環境 遺伝研スパコン。 試行1. jupyter notebookを試す まずサーバーにjupyterをインストール pip install jupyter --user Command "py...
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DockerコンテナのSingularity移植で詰まったのでメモ
[バイオインフォ向け]俺のDocker & Singularity環境メモ この続きです。 DockerコンテナをSingularity pullしたらそのままだと動かなかったのでその顛...
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[バイオインフォ向け]俺のDocker & Singularity環境メモ
強い人の助言大歓迎です。 遺伝研のページだけだと自前で開発したDocker imageをSingularityで使う方法がイマイチ分かり辛かったのでメモしておきます。 バイオインフォの人がDoc...
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ggplot2で太平洋が中心の世界地図を書く
太平洋での航海のデータをrでプロットしたいと思ったのだが、いわゆる経度0を中心とする地図では太平洋が分断されてしまって見辛い。 太平洋を中心に持ってくるような地図が書きたいと思ったが案外めんどく...
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メタゲノム解析のパイプラインに関するメモ
これは何 メタゲノム初心者のバイオインフォマティシャンがメタゲノム解析に入門するのにいくつかパイプラインを漁ったメモ モチベーション とにかく手元にいっぱいfastqファイルがあるからまずざっく...
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多重検定補正が要らなくなる、Second-generation p-values が良さそう
これは何 Second-generation p-values: Improved rigor, reproducibility, & transparency in statistic...
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法事が素数の理由
週末祖父の23回忌が有るんですが、なんで法事って素数年後にやるんですかね— くまがい (@Yohei__K) 2017年6月23日 他の人のとかぶりづらくなるから？— Haruka Ozaki ...
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blastでヒットした配列の前後を取る
# coding: UTF-8 from Bio import SeqIO import datetime import subprocess import sys """ 使い方 pytho...
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Fasta配列を分割する
blastでバカパラしたいときとか、でかいmulti fastaファイルを適当に分割したい時に使うやつ 絶対もっとシンプルな書き方ある split.py # !/usr/bin/env pyth...
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リスト内包表記で文字列マッチ(python)
メモがてら >>> x = ["aaa","bbb","ccc","aaa","abc"] >>> y = [element for element in x...
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tsvファイルの特定列の要素の種類と出現頻度を調べるコマンドメモ
参考:http://qiita.com/b4b4r07/items/8c1911092002d0b457a6 cat home.tsv | awk -F"\t" 'BEGIN{OFS="\t"...
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