CatBoostの学習率はどのように自動決定されるのか
一般に勾配ブースティングやニューラルネット等の一部の機械学習アルゴリズムにおいては、学習率 (learning rate) というハイパーパラメータを訓練前に設定する必要があります。 一方、勾配...
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ロジスティック回帰で最強の戦国武将を推定する
戦国時代の戦歴データをロジスティック回帰でモデリングすることで、武将の強さをレーティングしました。 戦歴データの取得 戦国時代の戦歴データは、Wikipedia日本語版の日本の戦国時代の戦いとい...
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Kaggle: MoA Prediction コンペティションの上位解法と私の解法
2020年9月4日から約3ヶ月にわたってMechanisms of Action (MoA) PredictionというコンペティションがKaggleで開催されました。この記事では、このコンペの...
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特許から化合物の構造情報を抽出する
オープンな化合物データを入手元として最も手軽なのは、主に論文等から収集されたデータを収録しているChEMBLやPubChemなどの公共データベースを利用する方法でした1。一方で、企業等が新薬の候...
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化合物データの読み込みのトラブルシュート
SDFの読み込みにおいて、ありがちなトラブルにを紹介し、解決方法も解説します。なお、この記事は創薬 Advent Calendar 2017 (#souyakuAC2017) の19日目の記事で...
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化合物をベクトルにして比較しプロットする
この記事では化合物をベクトルに変換する方法について説明し、このベクトルを利用して (1)化合物間の類似度を計算する方法と (2)散布図に化合物をプロットする方法を紹介します。なお、この記事は創薬...
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化合物データの取り扱いのイロハ
これから化合物データ処理に取り組む人を対象として、化合物データの代表的なフォーマットとRDKitによる初歩的な取り扱いについて書きます。なお、この記事は創薬 Advent Calendar 20...
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