Velocytoを動かす
Velocytoはいけてるsingle cell解析ツールで、2018年にNatureにでたあと、瞬く間に流行った解析手法。 https://www.nature.com/articles/s4...
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CellRangerでカスタムリファレンスを使う。
CellRangerでカスタムreferenceを使ったときのメモ。 公式サイトに説明がある。 https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-...
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CellRangerでsingle cell RNAseq解析
single cellのalignment toolで10X社が提供しているCellRangerのセットアップと解析を行う。 Ubuntuを使う。 まずは、スペックの確認。 以下が、要求スペック...
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新しいPCが来たのでバイオインフォ用に環境のセットアップ(2)
前回（新しいPCが来たのでバイオインフォ用に環境のセットアップ）に引き続き、PCのセットアップ。 今回はRを入れて、Jupyterで動かす。 ついでにRstudioもいれる。 Rのインストール ...
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新しいPCが来たのでバイオインフォ用に環境のセットアップ
新しいPCを購入したので、バイオインフォ用にセットアップ。 毎回設定方法を忘れるので自分用に備忘録としてメモ。 PC仕様 Ubuntu 20.04.3 LTS MacOS Big Sur 11....
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