新しいPCが来たのでバイオインフォ用に環境のセットアップ(2)

前回（新しいPCが来たのでバイオインフォ用に環境のセットアップ）に引き続き、PCのセットアップ。

今回はRを入れて、Jupyterで動かす。
ついでにRstudioもいれる。

• Rのインストール
• Jupyterのインストール
• Rstudioのインストール

Rのインストール

Rのインストールは以下のサイトなどを参考。
Ubuntu Packages For R - Brief Instructions
HEROIC 2021

R_install

#インストール時に必要なパッケージのインストール
apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
#pubkeyを取得する。
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
#最新のバージョンをインストールするためにrepositoryを追加
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"
#Rのインストール
sudo apt install r-base

#Rの起動
sudo R

R

R version 4.1.2 (2021-11-01) -- "Bird Hippie"
...

と表示されるので、バージョンを確認する。
バージョンが古いとSeuratなどが使えなくて困る。

R

#インストールの確認ついでに必要なパッケージをインストール。
install.packages(c('tidyverse','Matrix','BiocManager','Seurat')

Jupyterのインストール

次に、JupyterでRを動かす。
以下を参考。
How To Set Up a JupyterLab Environment on Ubuntu 18.04

jupyter_install

sudo apt install python3-pip
sudo pip3 install jupyterlab
jupyter lab

次にRを動かせるようにする。

R

install.packages('IRkernel')
IRkernel::installspec(user=FALSE)

jupyterを起動して、Rが動くことを確認！

Rstudioのインストール

Rstudioも入れておく。

Rstudio_install

sudo wget https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-2022.02.0-443-amd64.deb
sudo apt install ./rstudio-2022.02.0-443-amd64.deb

Ubuntuのアプリケーション内にRstudioができているはずなので、起動してみる。