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新しいPCが来たのでバイオインフォ用に環境のセットアップ

Last updated at Posted at 2022-02-04

新しいPCを購入したので、バイオインフォ用にセットアップ。
毎回設定方法を忘れるので自分用に備忘録としてメモ。

PC仕様
Ubuntu 20.04.3 LTS
MacOS Big Sur 11.6 (client PC)
TeraTerm (NAS)

目次

  • Ubutuの設定色々
  • softwareのアップデート
  • hostnameの設定
  • ファイアーウォールの設定
  • アンチウィルスソフトの導入
  • 表記の英語化
  • 時刻合わせ
  • terminatorを導入
  • capslockの設定
  • sshの設定
  • NASのマウント

#Ubutuの設定色々
以下の記事を参考に必要なところを設定。
Ubuntu 20.04 LTSをインストールした直後に行う設定 & インストールするソフト
最低限かつムダのないUbuntuサーバー初期設定【VPS】
Ubuntuサーバ初期設定(+セキュリティ設定)
LinuxでのNASへの自動マウントの方法@2021
Ubuntu 20.04 - SSHのインストールと接続方法
Ubuntu20.04 で ClamAV を使ってウイルススキャン

初回ログイン時に出てくるオンラインアカウント設定、LivePatch設定などはとりあえずスキップ。必要な時にやることにする。

softwareのアップデート

ログイン後左上のアクティビティボタンを押すと、softwareupdateが出てくるので、updateし再起動。
ターミナル上でやる場合には、

software update
sudo apt update && sudo apt upgrade -y

hostnameの設定

次にhostnameを設定。

check hostname
$ hostname 
XXXXXX

何かhostnameが出てくるので、こいつを変更。

change hostname
$ sudo hostnamectl set-hostname hogehoge
$ hostname
hogehoge

これで変更完了。

ファイアーウォールの設定

次に、ファイアーウォールの設定をする。
簡単にやる場合はgufwをインストールして設定。
ここでは、ufwをインストールして設定。

firewall set-up
$ sudo apt install ufw

#ufwのstatusを確認
$ sudo ufw status
Status: inactive
#ufwは初期状態ではinactiveになっている

#とりあえずIncomingを全てdenyにしておく。
#sshは後で設定。
$ sudo ufw default deny

# ufwを起動してstatusを確認
$ sudo ufw enable
$ sudo ufw status verbose
Status: active
Logging: on (low)
Default: deny (incoming), allow (outgoing), deny (routed)
New profiles: skip

これでとりあえずの設定は完了。
*ufwが再起動時にinactiveだった場合の対処
こちらの記事を参考にしました→IT漂着メモ

/lib/systemd/system/ufw.service
Before=network.target
+ After=netfilter-persistent.service

Afterを追加すると再起動時にactiveになった。

アンチウイルスソフトの導入

アンチウィルスソフトを念のため、導入しておく。

clamAVのinstall
$ sudo apt install clamav
$ sudo apt install clamav-daemon

#ウィルスの定義を更新
$ sudo freshclam

#clamavを起動
$ sudo systemctl start clamav-daemon.service
$ sudo systemctl start clamav-freshclam.service

あとは、crontabで自動設定。
本当は週1とかが良かったけれど、PCの自動起動が日付しか設定できなかったので月1の設定で。

./bin/monthly_clamscan.sh
#!/bin/bash

#crontabで実行するファイル

sudo clamscan /* -l ./log/clamav.log
sudo shutdown -h now

これをcrontabに設定。
sudo crontab -e

vim
#minute hour day of mounth month day of week task で設定
45 0 1 * * bash ./bin/monthly_clamscan.sh

あとは、logの場所を作っとく。
sudo mkdir ./log

表記の英語化

次に、日本語環境を英語に。今回のPCは組んで送ってもらってついでにUbuntuのインストールもしてくれたんだけど、ありがたいことに日本語だったので、全部英語に変更(気を利かせてくれたのにゴメンナサイ)。

Japanese2English
#ここに設定があるので書き換える
$ sudo vim /etc/default/locale
vim
- LC_ALL="ja_JP.UTF-8"
+ LC_ALL="en_US.UTF-8"

時刻合わせ

時刻合わせはやってくれていたので、省略。
もしやる場合のメモ。

$ sudo timedatectl set-timezone 'Asia/Tokyo'

terminatorを導入

完全に好みの問題だけどterminatorをつかいたいので、
sudo apt install terminatorでダウンロードして、起動。
背景の透け感と分割できる感じが好き。

capslockの設定

次に、capslockをctrlに変更した。

capslock2ctrl
#ここにkeyboardの設定があるので書き換える。
$ sudo vim /etc/default/keyboard
vim
# デフォルトは空欄なので以下を追記。
XKBOPTIONS="ctrl:nocaps"

sshの設定

openssh-serverをインストール
$ sudo apt install openssh-server
次にsshd_configを編集。

/etc/ssh/sshd_config
Port 222
PermitRootLogin no
MaxAuthtries 3
#password認証は後でnoにする。
PasswordAuthentification yes
PermitEmptyPasswords no
ChallengeResponseAuthentification no

今度はfirewallの設定を変更。
Localからのログインのみを有効にする。
IPv6を無効にする。

/etc/default/ufw
- IPV6=yes
+ IPV6=no
PortをLocalに開いてsshを起動
$ sudo ufw allow from 192.168.X.0/24 to any port 222
#設定をチェック
$ sudo ufw status verbose
Status: active
Logging: on (low)
Default: deny (incoming), allow (outgoing), deny (routed)
New profiles: skip

To                         Action      From
--                         ------      ----
222                        ALLOW IN    192.168.X.0/24

$ sudo systemctl start sshd.servise

これでサーバ側の設定はオッケーなので、次はクライアント側で設定(Mac)

client側の設定
#sshで接続してみる。
ssh username@192.168.XXX.YYY -p 222

#次に、公開鍵と秘密鍵を作成。
$  ssh-keygen -t ed25519
Generating public/private ed25519 key pair.
Enter file in which to save the key (/Users/miyashitasatoshi/.ssh/id_ed25519):  passphrase (empty for no passphrase): 
Enter same passphrase again: 

#鍵をサーバにわたすために ssh-copy-idをインストールして、実行。
$ brew install ssh-copy-id
$ ssh-copy-id username@192.168.XXX.YYY -p 222

次に、サーバ側でPassword認証をnoにする。

/etc/ssh/sshd_config
PasswordAuthentification no

この状態sudo systemctl restart sshd.serviceをして再度、ssh

ssh
ssh username@192.168.XXX.YYY -p 222
#するとパスフレーズを要求されるので、入力するとsshできる。
Enter passphrase for key

NASのマウント

起動時に今使っているNAS(Terastation)に自動マウントするように設定。
とりあえずNASと接続するかpingをうつ。ping 192.168.XXX.YYY
無事に接続が確認できたらNASのマウント

#cifsのインストール
sudo apt install cifs-utils
#mount用のdirectoryを作って、マウント
sudo mkdir /mnt/nas
sudo mount -t cifs -o username=XXX,password=YYY,uid=1000,gid=1000 //192.168.XXX.YYY /mnt/nas

うまくいかない場合もあるらしく、その場合は、vers=1.0をつけるといい場合もあるらしい。
今回は問題なく接続できたので、起動時に自動接続するように設定。
$ sudo vim /etc/fstab
vimでfstabに以下を追記。

vim
//192.168.XXX.YYY /mnt/nas cifs username=XXX,password=YYY,uid=1000,gid=1000,file_mode=0755,dir_mode=0755 0 0

再起動して接続していることを確認。

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