test.pyとは全く異なる場所にワーキングディレクトリがあることになってしまっています。
ワーキングディレクトリの初期値は python
コマンドを実行したディレクトリになります。 test.py の場所になるとは限りません。
相対パスでどうしても保存したいです。
ワーキングディレクトリを変えるのではなく、 test.py があるディレクトリのパスを取得するといいでしょう。以下のようにディレクトリのパスに相対パスを連結すれば望みの場所に保存できます。
script_dir = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
output_path = os.path.join(script_dir, "../npy/temp.npy")
np.save(output_path, temp)