５等分のシフト埋め
背景 私が所属しているAI戦略室では、社内で"AIお悩み相談会"を開催し「こんなことってできない？」というニーズに対して既存のツールやライブラリを組み合わせて解決策を探る、という業務も行っていま...
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UCSC Genome Browser をRのplotで再現する
USCS Genome Browserは、ゲノム中の遺伝子領域やCpG Island、配列保存度や一塩基多型部位などさまざまな情報（Track）を並べて可視化することができるサイトである。上の図...
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Chatbaseを触ってみて思ったこと
Chatbaseとは？ Chatbaseとは、Google が開発した、 ユーザーはどのようなトピックを経由しながら会話をしているのか 会話のどこでユーザーが離脱してしまうのか といったchat...
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こわくないRパッケージ開発！2016
この記事について この記事では、R言語で書かれたコードを、パッケージとして開発・管理するメリットとその方法について紹介しています。以下はあくまで概要であるため、詳細についてはぜひ今年2月にオライ...
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ドブネズミ みたいに 美しくな {lintr} い
以前、こわくないRパッケージ開発！2016 - Qiita という記事で、こんなことを書きました。 次のような場合、分析タスクの運用や共有を楽にするため、Rのコードをパッケージ化しましょう。 そ...
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25分だけ集中するための作業用BGM
ポモドーロ・テクニックという言葉をお聞きになったことがあるでしょうか。 紙と鉛筆とキッチンタイマー、これだけで仕事の効率を改善します！ 紙と鉛筆とキッチンタイマーを使ってアナタの生産性を画期的に...
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Rのパッケージを論文に引用する
CITATIONが用意されている場合は、citation() 関数を使うと引用すべき文献が表示されます。 r > library(lme4) > citation("lme4") T...
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R言語 標準データセットの私的まとめ
Rには、分析手法や可視化手法を試すことのできる多くのデータセットが同梱されています。 その数は2016年12月現在で104個にも達していますが、その大半はあまり紹介されることがなく、知る機会も多...
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RStudio関連の日本語既存記事を主観でおすすめしていくよ2016
これはRStudio Advent Calendar 7日目の記事です。 2016年、歴史が動きました。RStudioのv1.0がついにリリースです！ ということで、RStudio関連のT...
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tidyr::gather( )とtidyr::spread( )でデータフレームを自在に変形する
以下は{tidyr}パッケージのgather()関数とspread()関数のヘルプページを改変・再構成したメモ書きです。 {tidyr}パッケージとTidy Dataについてより詳しく知りたい方...
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細かすぎて伝わってなさそうなRStudioの便利ボタン
はじめに この記事はRStudio Advent Calendar 2016の5日目の記事です。タイトル通り、細かすぎて伝わってなさそうなGUI機能を、ボタンを中心に紹介します。 1. Go t...
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RStudioって...なんだ？ Projectって...なんだ????
一説には2147483647個存在するとも言われるRStudioの利点のなかでも、 Rなどのソースファイルをタブで並べて表示できる そのタブの順番を保持できる タブの内容をファイルを保存せずにR...
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Rでベクトルに独自のソート順を与えたい時
普通にソートしたら意図した順にならない時は > sort(c("first", "3rd", "_second")) [1] "_second" "3rd" "first" o...
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JuliaからRのデータセットを使う
R言語の利点のひとつは、統計処理や種々の分析を試してみるための組み込みデータセットが豊富なところです。他言語からそれらを呼び出す方法を知っていれば、Rユーザーが他の言語を試す際にも便利ですよね。...
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丸が横に並んだベン図で枠の上に数字が書いたやつを書きたかった
デフォルトはこうですが R library (Venn Diagram) png("fig_a.png") fig_a <- venn.diagram( x = list( A = 1:1...
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Rの組み込みデータセット一覧とそのデータ型を取得する
背景 統計解析環境であるRには、デフォルトで100個以上の解析用データセットが組み込まれており、解析手法を学習する際に、自前でデータを用意する必要がないという利点があります。 ところが、このデー...
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IRanges::union IRanges::intersectで領域の「和」と「積」をとる
IRangesパッケージはGenomicRangesパッケージのベースになっているパッケージです。このパッケージではunion()とintersect()という関数で領域の和と積を取ることができ...
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GenomicRangesパッケージにおけるreduceとdisjoinの扱い
データセットの準備 library(GenomicRanges) ir <- IRanges(c(1, 8, 14, 15, 19, 34, 40), width=c(12, 6, 6, ...
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Biostrings::readDNAStringSetで読み込んだmultifastaファイルの塩基配列部分を抽出する
準備 デモデータの読み込み library(Biostrings) filepath <- system.file("extdata", "someORF.fa", package="Bi...
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Rで行列の各数値要素の大小を濃淡で表したい場合
library(lattice) # 10 x 10 の行列を作る my.nrow = 10 my.ncol = 10 set.seed(123) # sample() で取得する乱数の種を与...
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