自分のためのR小技集
自分用のメモです。 TRUE/FALSEの数を数えたい > a = c(TRUE, TRUE, FALSE, TRUE, FALSE) > sum(a) [1] 3 > b ...
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Google Scholarのキーワード検索結果を引用数順に並べたリストを作成
環境 Mac OS Big Sir python version 3.9.5 やりたいこと Google Scholarで文献を検索して、引用数が多い順に並び替えたリストを作成する。 使用するプ...
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Windows用アプリEmoCheckをMacで動かす
環境 iMac (Retina 5K, 27-inch, 2017) macOS Big Sur Homebrew 3.5.7 What's EmoCheck? マルウェア「Emotet（エモテ...
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遺伝子名からensembl gene IDにRで一括変換
やりたいこと 遺伝子名を羅列したリストに、ensembl gene IDの情報も追加したい。 方法 人のゲノムデータベース（Ensembl）を使って遺伝子名（inputデータ）を、ensembl...
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パワポの各スライドの原稿をコマンド一行でまとめて出力する方法
やりたいこと パワポの各スライドの原稿（発表者ノートに書いた文章）を、まとめて一気に出力する 使用環境 Python 3.8.5 macOS Big Sur バージョン 11.2 Apple M...
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RのSave workspace image? [y/n/c]: y は何処へ？
RのSave workspace image? [y/n/c]でy（はい）とするとどこに保存されるのか気になったので調べてみました。 R > q() Save workspace imag...
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Pythonのモジュールとライブラリとパッケージの違い
何度も同じことを調べているので覚書として書きます。 モジュールとライブラリとパッケージの関係性 モジュールとは、クラスや関数を用いて実行したい内容を記述したPythonのファイル（.py）のこと...
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メモ：スペース→改行、スペース→カンマへ置換 with ターミナル
やりたいこと data.txtの中のスペースをカンマに変えたい。 使うファイルの中身は以下の通り。 元データdata.txt内のスペースを改行に置換してdata1.txtとして保存。 Termi...
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pip3 installでエラー [Errno 13] Permission denied
やりたいこと NanoPlotツールをPyPIからダウンロードして、インストールする PyPIとは？ インターネット上にあるPythonパッケージの貯蔵庫 https://pypi.python...
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PubMed検索結果を文献リストとして簡単に出力する方法 with R
Pubmed検索した結果をリスト化にしたいのですが、Pubmedのブラウザからダウンロードできるcsvファイルは情報が限られているのでいまいち。 ということで、PubmedのAPIを使えるRパッ...
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tar: Error exit delayed from previous errors. はファイルの破損が原因だった話
環境 iMac (2017) macOS Big Sir ver 11.4 状況 wgetコマンドを使ってftp経由でダウンロードしたファイルが解凍できない。 以下詳細です。 NCBIのftpサ...
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"conda install -c bioconda fastp" が意味するとこ。
何度も同じことを調べているので、覚書として投稿します。 環境 iMac (2017) macOS Big Sir ver 11.4 miniconda3 "conda install -c bi...
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RがTerminalから起動できなくなった
環境 iMac (2017) macOS Big Sir ver 11.4 miniconda3 状況 これまで使えていたのに突然Rがterminalから起動しなくなった。 （miniconda...
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SRA Toolkitの使い方 (インストールと設定 )
環境 iMac (2017) macOS Big Sir ver 11.4 SRA Toolkitの用途 SRA Toolkitとは、SRA(Sequence Read Archive)を解析す...
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rmtrashがHomebrewでインストールできないので代替パッケージのtrashをインストール
環境 iMac (2017) macOS Big Sir ver 11.4 状況 rmtrashがをHomebrewでインストールするため、まずはパッケージの検索。 terminal % bre...
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brew doctorでWarningが出た時の解決方法 (2021.7)
環境 iMac (2017) macOS Big Sir ver 11.4 状況 HomebrewのHP（https://brew.sh/index_ja） からコピーした以下コマンドでHome...
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