"conda install -c bioconda fastp" が意味するとこ。

何度も同じことを調べているので、覚書として投稿します。

環境

iMac (2017)
macOS Big Sir ver 11.4
miniconda3

"conda install -c bioconda fastp" の意味

condaの仮想環境に、Anacondaのリポジトリのbiocondaチャネル（-c）からfastpツールをinstallしてね。

一般化すると．．．．

現在有効になっているcondaの仮想環境に、ダウンロード元のAnacondaレポジトリから指定した[チャネル名]から、パッケージをインストールする

Terminal

conda install -c [チャネル名] [パッケージ名]

miniconda3とは何か。

• miniconda3は、Anacondaの最小構成版。
• conda、Python、それらが依存するパッケージ、および pip、zlib、その他のいくつかの有用なパッケージのみを含む。
• 今回の目的としているバイオインフォマティクスに関しては、minicondaで十分であり、余計なパッケージをはじめから入れさせないためにminicondaを選択。

miniconda詳細→https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

condaとはそもそも何か。

Anacondaディストリビューションには、1,500個以上のパッケージがあり、condaはその一つのオープンソースパッケージ。
conda詳細→https://docs.conda.io/en/latest/

condaコマンドとは何か。

有効になっているcondaの仮想環境を操作するコマンド。
Anacondaの実行環境は Anaconda-Navigatorというディストリビューションでも操作できるが、condaコマンドを使うことでパッケージのインストールなどがターミナル上で行える。

condaの仮想環境について

用途によって利用するパッケージや言語のバージョンが違っていることはよくある。そのため、「開発に合わせて専用の仮想環境を作成し、環境を切り替えながら利用する方法」を用いる。仮想環境はpyenvやvirtualenvを使う方法もあるが、Anacondaを利用している場合はcondaを使った管理ができる。

私が現在使っている仮想環境の一覧を表示させてみると、

Terminal

% conda env list
# conda environments:
#
base                  *  /Users/user_name/miniconda3

現在有効になっている環境には、アスタリスク（*）が付いている。
私の場合、新たな仮想環境を構築していないので、デフォルトの環境しか存在せず、それが有効になっています。

biocondaとは何か。　

• condaチャネルの中のディストリビューションのひとつ。
• バイオインフォマティクス関係のツールが登録されているパッケージマネジャー
• 現在、8000以上のBiology関連のソフトウェア・パッケージが登録されている
• conda内のパッケージは個別のチャネル名がついたリポジトリにホストされている。パッケージを使うときは、そのパッケージがホストされているチャネルを確認し、そのチャネルをconda環境に追加することでパッケージのインストールが可能になる（チャネル追加の仕方は下記の「biocondaの使い方」参照）。

bioconda詳細→https://anaconda.org/bioconda

biocondaの使い方

condaがパッケージを探すレポジトリにチャネル名'bioconda'を追加する。
※　--addを使うと追加したチャンネルが# highest priorityになる。
※　--add のかわりに --append をつかうと、# highest priorityを移動させずにチャネルを追加。

Terminal

$ conda config --add channels bioconda

そして、condaがパッケージを探すレポジトリを表示させてみた。

Terminal

% conda config --get channels
--add channels 'defaults'   # lowest priority
--add channels 'conda-forge'
--add channels 'bioconda'   # highest priority

現在、'defaults''conda-forge''bioconda'の３つのチャネルが設定されていることがわかった。

この状態でconda installコマンドを実行すると、Anacondaディストリビューションの3つのチャネルのうち、私のconda環境でpriorityの高いチャネルであるbiocondaから順にパッケージを探し、インストールしてくれる。
biocondaを指定してインストールすれば、パッケージのバージョン管理も行ってくれる。

私のPCで表示されたその他のチャネルについては以下の通り。
'defaults'は、condaがデフォルトで探すレポジトリ。
'conda-forge'は、github上のコミュニティ主体のパッケージコレクションのレポジトリ。

※conda-forgeは、以前に追加したので表示されています。defaultsに含まれないパッケージがconda-forgeに含まれていたり、新しいバージョンが登録されていたりする場合も多いので、こちらも以前に追加してました。

以上です。

参考