何度も同じことを調べているので、覚書として投稿します。
#環境
iMac (2017)
macOS Big Sir ver 11.4
miniconda3
#"conda install -c bioconda fastp" の意味
condaの仮想環境に、Anacondaのリポジトリのbiocondaチャネル（-c）からfastpツールをinstallしてね。
#####一般化すると．．．．
現在有効になっているcondaの仮想環境に、ダウンロード元のAnacondaレポジトリから指定した[チャネル名]から、パッケージをインストールする
conda install -c [チャネル名] [パッケージ名]
#miniconda3とは何か。
- miniconda3は、Anacondaの最小構成版。
- conda、Python、それらが依存するパッケージ、および pip、zlib、その他のいくつかの有用なパッケージのみを含む。
- 今回の目的としているバイオインフォマティクスに関しては、minicondaで十分であり、余計なパッケージをはじめから入れさせないためにminicondaを選択。
miniconda詳細→https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
#condaとはそもそも何か。
Anacondaディストリビューションには、1,500個以上のパッケージがあり、condaはその一つのオープンソースパッケージ。
conda詳細→https://docs.conda.io/en/latest/
##condaコマンドとは何か。
有効になっているcondaの仮想環境を操作するコマンド。
Anacondaの実行環境は Anaconda-Navigatorというディストリビューションでも操作できるが、condaコマンドを使うことでパッケージのインストールなどがターミナル上で行える。
#####condaの仮想環境について
用途によって利用するパッケージや言語のバージョンが違っていることはよくある。そのため、「開発に合わせて専用の仮想環境を作成し、環境を切り替えながら利用する方法」を用いる。仮想環境はpyenvやvirtualenvを使う方法もあるが、Anacondaを利用している場合はcondaを使った管理ができる。
私が現在使っている仮想環境の一覧を表示させてみると、
% conda env list
# conda environments:
#
base * /Users/user_name/miniconda3
現在有効になっている環境には、アスタリスク（*）が付いている。
私の場合、新たな仮想環境を構築していないので、デフォルトの環境しか存在せず、それが有効になっています。
#biocondaとは何か。
- condaチャネルの中のディストリビューションのひとつ。
- バイオインフォマティクス関係のツールが登録されているパッケージマネジャー
- 現在、8000以上のBiology関連のソフトウェア・パッケージが登録されている
- conda内のパッケージは個別のチャネル名がついたリポジトリにホストされている。パッケージを使うときは、そのパッケージがホストされているチャネルを確認し、そのチャネルをconda環境に追加することでパッケージのインストールが可能になる（チャネル追加の仕方は下記の「biocondaの使い方」参照）。
bioconda詳細→https://anaconda.org/bioconda
##biocondaの使い方
condaがパッケージを探すレポジトリにチャネル名'bioconda'を追加する。
※ --addを使うと追加したチャンネルが# highest priorityになる。
※ --add のかわりに --append をつかうと、# highest priorityを移動させずにチャネルを追加。
$ conda config --add channels bioconda
そして、condaがパッケージを探すレポジトリを表示させてみた。
% conda config --get channels
--add channels 'defaults' # lowest priority
--add channels 'conda-forge'
--add channels 'bioconda' # highest priority
現在、'defaults''conda-forge''bioconda'の３つのチャネルが設定されていることがわかった。
この状態でconda installコマンドを実行すると、Anacondaディストリビューションの3つのチャネルのうち、私のconda環境でpriorityの高いチャネルであるbiocondaから順にパッケージを探し、インストールしてくれる。
biocondaを指定してインストールすれば、パッケージのバージョン管理も行ってくれる。
私のPCで表示されたその他のチャネルについては以下の通り。
'defaults'は、condaがデフォルトで探すレポジトリ。
'conda-forge'は、github上のコミュニティ主体のパッケージコレクションのレポジトリ。
※conda-forgeは、以前に追加したので表示されています。defaultsに含まれないパッケージがconda-forgeに含まれていたり、新しいバージョンが登録されていたりする場合も多いので、こちらも以前に追加してました。
以上です。
#参考
https://imamachi-n.hatenablog.com/entry/2017/01/14/212719