SRA Toolkitの使い方 (インストールと設定 )

環境

iMac (2017)
macOS Big Sir ver 11.4

SRA Toolkitの用途

SRA Toolkitとは、SRA(Sequence Read Archive)を解析するツール。
NCBIから次世代シーケンサーの配列データをダウンロードする場合に必要です。

NCBIのデータベースは登録されたRNAシーケンスデータはFastqファイルです。
しかしFastqファイルは容量が大型であり、直接ブラウザからダウンロードすることができません。
実際にダウンロードするのはファイル容量の小さいSRAファイルです。
SRA　Toolkitがあれば、SRA形式からFastq形式への変換が可能です。

SRA Toolkitのダウンロードして展開

1, 以下のダウンロードページから「MacOS 64 bit architecture」を選択してダウンロード。
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

2, ファイルを展開

terminal

% tar zxvf ~/Downloads/sratoolkit.2.11.0-mac64.tar.gz

注意：ダウンロードされたファイル名はバージョンによって異なるので都度確認

SRA Toolkitの設定

terminal

% vdb-config --interactive

注意：カーソルの移動は 赤で示されている一文字を入力する

1, MAIN画面は、Enable Remote Accessが選択した状態
2, cを入力して、キャッシュの画面へ
3, uを入力してRAM used を選択
4, +を入力すると使用するRAMの値が増えていく、1MB使用とした。
5, sを入力して設定をセーブして、xを入力してvdb-configを終了すれば設定完了

参考

以下の記事を参考にしました。
https://akiomiyao.github.io/ped/sratoolkit/index_ja.html
https://kimbio.info/461854993-html/