ローカル環境でDifyを動かす！Colima + Docker Compose セットアップ完全ガイド
はじめに こんにちは。最近、LLMアプリケーション開発プラットフォームとして注目を集めている「Dify」、皆さんはもう触っていますか？ クラウド版も便利ですが、データプライバシーの観点や、より深...
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【脱Docker Desktop】macOSでColimaを使って軽量・高速なDocker環境を構築する完全ステップガイド
はじめに こんにちは。普段はバイオインフォマティクス領域でデータ解析基盤の構築や、バックエンド開発を担当しているエンジニアです。 皆さんはmacOSでのコンテナ環境、どうされていますか？ 長らく...
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【Qiita CLI】投稿エラー完全攻略：ENOENTとForbiddenの無限ループから脱出した話
はじめに こんにちは。普段はバイオインフォマティクス領域でゲノム解析パイプラインを構築したりしているエンジニアです。 先日、「ローカル環境でDifyを動かす」という記事を書こうと意気揚々と qi...
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バイオインフォマティクスで役立つ！テキスト処理・配列操作コマンド備忘録
はじめに こんにちは！バイオインフォマティクスの解析をしていると、FASTA、GFF/GTF、VCF、TPM正規化後のカウントデータなど、日々大量のテキストファイルを扱うことになりますよね。GU...
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docker imagesとawk, pasteを組み合わせて不要なDockerイメージを一括削除するワンライナー
はじめに こんにちは！Dockerを使っていると、いつの間にか<none>という名前のイメージが溜まってディスクスペースを圧迫していること、ありますよね。ビルドの過程で生まれた中間イ...
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AIでパワポ作成を自動化！Skyworkでプレゼン資料の草稿を秒速生成してみた
はじめに 皆さん、こんにちは！ PowerPointでの資料作成、特に構成をゼロから考えるのに時間がかかってしまうこと、ありませんか？ 私も、AIを使って少しでもこの作業を効率化できないかと、こ...
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【Git】ブランチのマージ戦略！基本からコンフリクト解決までを徹底解説
【Git】ブランチのマージ戦略！基本からコンフリクト解決までを徹底解説 はじめに こんにちは！開発作業でGitを使っていると、必ずと言っていいほど登場するのがブランチのマージ作業ですよね。 今回...
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【R】forループで連番付きの変数を動的に生成・操作するテクニック集
はじめに こんにちは！バイオインフォマティクスのデータ解析などで、ついついR言語のforループにお世話になっている方も多いのではないでしょうか。 「複数のファイルを一括で読み込んで、data1,...
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コマンド実行時間の計測スクリプト
本記事では、コマンドの実行時間を計測するシェルスクリプト measure_time.sh を紹介します。 本コマンドの詳細 正しいシバン行とエラーチェック スクリプト冒頭を #!/bin/bas...
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遺伝研サーバーにおけるローカルへのRインストール
はじめに 2023年11月のアップデートにより、遺伝研（DDBJ）のサーバーOSがCentOS7からUbuntuに変更されました。そのため、Rのインストール手順も簡単になりました。 本記事では、...
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「やばい... VScodeのリモートデスクトップが使えなくなった...」を解決した備忘録
はじめに 私がよく使っているエディタはVScodeです。 また、開発環境としては、Windows11にWSL2でUbuntuを導入して、VScodeのリモートデスクトップ機能でUbuntuにつな...
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BUSCO5を用いた塩基配列・アミノ酸配列の評価
1. はじめに ～BUSCOとは～ BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) は、ゲノムやトランスクリプトームの「完全性」を評価す...
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DeepLocを用いた細胞内局在性の予測
はじめに DTU health techとは DTU Health Techは、デンマーク工科大学・健康技術学科のことで、医療技術の発展を目指す研究・教育機関である。 診断技術、バイオテクノロジ...
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WSL2 + Ubuntu でバイオインフォマティクスを始めたい！
はじめに 初めまして。とある初心者バイオインフォマティシャンです。 昔はnoteに載せていたのですが、これからはQiitaに載せていきます。 これまでに書いたものも少しずつこちらに移していきます...
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xml2がインストールできないとき
Rを用いてxml2をインストールするとき xmlのインストール BiocManager::install("xml2") これを実行すると、以下のようなエラーが生じる。 エラーコード Bioco...
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Powerpointで作った図を高画質で出力する方法
Microsoft PowerPointで作った図を600dpiで保存します。 Powerpointを駆使して作った図を、論文投稿用の高解像度（300dpiや600dpi）のtiffファイルとし...
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cmakeをアップデートしよう
cmakeのアップデート Ubuntuの最新版ではそこまで気にすることではないのかもしれませんが、もしものためにcmakeの更新方法を挙げておきます。 ①パッケージのダウンロード ソフトウェアを...
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