遺伝研サーバーにおけるローカルへのRインストール

はじめに

2023年11月のアップデートにより、遺伝研（DDBJ）のサーバーOSがCentOS7からUbuntuに変更されました。そのため、Rのインストール手順も簡単になりました。

本記事では、遺伝研サーバーのローカル環境にRをインストールする方法を紹介します。

参考:

• 遺伝研サーバーOS移行に関するFAQ
• 遺伝研でのRの使用方法

1. インストールの概要

ユーザー権限でRをインストールできるため、管理者権限（sudo）が不要です。必要なバージョンのRをホームディレクトリ（$HOME/local/）にインストールします。

2. 必要なライブラリのインストール

まず、Rの依存ライブラリであるPCRE2とlibcurlをインストールします。

mkdir -p ~/local/src
cd ~/local/src

# PCRE2 のインストール（Perl-compatible regular expression library）
wget https://github.com/PCRE2Project/pcre2/releases/download/pcre2-10.42/pcre2-10.42.tar.gz
tar zxvf pcre2-10.42.tar.gz
cd pcre2-10.42
./configure --prefix=$HOME/local
make
make install
cd ~/local/src

# libcurl のインストール
wget --no-check-certificate https://curl.se/download/curl-8.4.0.tar.gz
tar zxvf curl-8.4.0.tar.gz
cd curl-8.4.0
./configure --prefix=$HOME/local --with-openssl
make
make install
cd ~/local/src

3. Rのインストール

3.1. 計算リソースの確保

遺伝研サーバーではqloginコマンドを使用して必要なメモリを確保できます。

exit
qlogin -l s_vmem=60G -l mem_req=60G
cd ~/local/src

3.2. Rのインストール

以下の手順でRをコンパイル・インストールします。

# Rのバージョンを指定
R_VERSION=4.3.2
R_MAJOR=4

# Rのソースコードをダウンロード\wget https://cran.ism.ac.jp/src/base/R-${R_MAJOR}/R-${R_VERSION}.tar.gz
tar xzvf R-${R_VERSION}.tar.gz
cd R-${R_VERSION}

# Rのコンパイルとインストール
CPPFLAGS=-I$HOME/local/include LDFLAGS="-L$HOME/local/lib -Wl,-rpath=$HOME/local/lib" \
        ./configure --prefix=$HOME/local \
        --with-cairo \
        --with-blas \
        --with-lapack \
        --x-includes=/usr/include/X11 \
        --x-libraries=/usr/lib/X11 \
        --with-x=no \
        --enable-R-shlib

# 並列処理でmakeを実行
qsub -cwd -V -pe def_slot 8 -b y make -j 8

# Rのインストール
qsub -cwd -V -pe def_slot 8 -b y make install -j 8

3.3. 環境変数の設定

インストール後、~/.bashrcにRのパスを追加します。

echo export PATH=$HOME/local/bin:$PATH >> ~/.bashrc
echo export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local/lib64/R/lib:$HOME/local/lib64:$LD_LIBRARY_PATH >> ~/.bashrc

また、~/.bash_profileの最後に以下を追加してください。

source ~/.bashrc

4. Rの起動

R

5. devtoolsのインストール時の注意点

devtoolsのインストールにはtextshapingというパッケージが必要ですが、このパッケージの依存ソフトウェア（harfbuzz、fribidi、freetype2）はUbuntu環境では管理者権限でのインストールが必要です。

そのため、遺伝研の管理者にインストールを依頼する必要があります。以下のようなメールを送信してください。

---

件名: ソフトウェアのインストール依頼（R関連）

本文:

氏名: ○○○○
所属: ○○○○
ログインアカウント: ○○○○

問い合わせ内容:
Rパッケージ `textshaping` のインストールに必要な以下のソフトウェアをインストールしていただけますか？
- harfbuzz
- fribidi
- freetype2

よろしくお願いいたします。

---

6. アンインストール方法

Rを削除するには、以下の手順を実行してください。

6.1. 環境変数の削除

~/.bashrc から追加したパス設定を削除し、source ~/.bashrc を実行してください。

6.2. Rのアンインストール

cd ~/local/src/R-4.3.2
make uninstall

または、完全に削除する場合は以下のコマンドを実行します。

rm -Rf $HOME/local

詳細は 環境を初期状態に戻す方法 も参照してください。

7. まとめ

遺伝研サーバー（Ubuntu環境）において、ローカル環境にRをインストールする方法を紹介しました。ユーザー権限でのインストールが可能になり、以前より簡単になりました。

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