[Bash]空きメモリの値を取り出す
vm_stat | grep free | sed -e 's/[^0-9]//g'; 参考文献： https://linuxjm.osdn.jp/html/procps/man8/vmstat...
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LibSVMをC/C++のライブラリとして使う準備(2018/9/30)
はじめに LibSVM( https://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm/ )をC/C++上でライブラリとして使用するための準備過程がどこにも書かれていなかっ...
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Tips : [Python] fastaファイルから配列を無作為復元抽出する
大量の配列から無作為抽出したくなるときは時々あります。 今回はそんなときに使うコードを紹介します。 やり方は単純にファイルを開き、配列を乱数で選んでアクセスしていきます。 配列を乱数で選ん...
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Tips : [R] 指定した長さのランダムな塩基配列を出力する
以前記したような塩基配列を全て網羅出力するのは長い配列では難しいです。 （http://qiita.com/Kazuki-Nakamae/items/405d5a6cd075383a5930...
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Bioconductor解説 Biostrings編 その２
過去記事 Bioconductor解説 Biostrings編 その１ DNAString、 RNAString、AAString さて、今回はDNAString、 RNAString、A...
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Tips : [R] 複数のfasta(multi-fasta)形式の出力
以下のようなmulti-fasta形式のファイルを出力します。 >name1 ATTTGCGT >name2 TTGCATC 必要となるパッケージ seqinrパッケージが必要です。...
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[python]隠しファイルをリストから除く
os.listdir() を使うと、引数で指定したpath内のファイル一覧を出力できます。しかし隠しファイル（.DS_store等）も一緒に表示されてしまいます。 この隠しファイルを除去したいと...
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Primer３のTm値計算をJavaScriptに実装
Primer３のTm値計算は oligotm.c というプログラムが担っています。 今回はこちらをJavaScriptに移植しました。 ファイルのダウンロードは以下からできます。 Downloa...
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[Mac] 形態素解析エンジンMeCab をpython3 で使えるようにする
形態素解析エンジン MeCab (和布蕪)のインストール方法（2017年9月） $ brew install mecab mecab-ipadic; $ pip3 install mecab-p...
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Tips : [Bash][Blat] bash上で塩基配列からゲノム上の位置を特定する
ゲノム位置の特定をネットを介さずに一瞬で済ませる方法について説明します。 Blat の導入 まずはじめにゲノム検索に用いるBlat というプログラムを用意します。 ダウンロードはhomeb...
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Lua版 ゼロから作るDeep Learning まとめ
はじめに この記事は斎藤康毅先生著のゼロから作るDeep Learning ――Pythonで学ぶディープラーニングの理論と実装で掲載されているスクリプトをLuaの機械学習計算ライブラリTor...
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Lua版 ゼロから作るDeep Learning その１６［単純なレイヤの実装］
過去記事まとめ Lua版 ゼロから作るDeep Learning まとめ 使用スクリプトのダウンロード git clone https://github.com/Kazuki-Nakamae/L...
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Lua版 ゼロから作るDeep Learning その１４［二層ニューラルネットワークの実装］
過去記事まとめ Lua版 ゼロから作るDeep Learning まとめ はじめに 今回は原書4章の二層ニューラルネットワークを実装します。 スクリプトは以下の通りです。 two_layer...
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Lua版 ゼロから作るDeep Learning その１３［ニューラルネットワークに関する勾配］
過去記事まとめ Lua版 ゼロから作るDeep Learning まとめ はじめに 今回は原書4章のニューラルネットワークに関する勾配の部分を実装します。具体的いうと損失関数の重みに対する勾配...
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Lua版 ゼロから作るDeep Learning その１２［勾配法］
過去記事まとめ Lua版 ゼロから作るDeep Learning まとめ はじめに 今回は原書4章の勾配法の部分を実装します。まずスクリプトは以下の通りです。 gradient_method....
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Lua版 ゼロから作るDeep Learning その１１［勾配の算出］
過去記事まとめ Lua版 ゼロから作るDeep Learning まとめ はじめに 今回は原書4章の勾配の部分を実装します。今回の部分は機械学習というよりは基礎的な説明ですので飛ばしても大丈夫...
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Lua版 ゼロから作るDeep Learning その１０［一次元の数値微分］
過去記事まとめ Lua版 ゼロから作るDeep Learning まとめ はじめに 今回は原書4章の数値微分の部分を実装します。 CNNを実装する上ではこの部分は飛ばしても構いません。Tor...
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Lua版 ゼロから作るDeep Learning その９［損失関数（バッチ対応版）］
過去記事 Lua版 ゼロから作るDeep Learning その１[パーセプトロンの実装] Lua版 ゼロから作るDeep Learning その２［活性化関数］ Lua版 ゼロから作るDeep...
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Lua版 ゼロから作るDeep Learning その８［損失関数］
過去記事 Lua版 ゼロから作るDeep Learning その１[パーセプトロンの実装] Lua版 ゼロから作るDeep Learning その２［活性化関数］ Lua版 ゼロから作るDeep...
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Lua版 ゼロから作るDeep Learning その７［バッチ処理］
過去記事 Lua版 ゼロから作るDeep Learning その１[パーセプトロンの実装] Lua版 ゼロから作るDeep Learning その２［活性化関数］ Lua版 ゼロから作るDeep...
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