はじめに
ひょんなことから今年もpitagora-galaxyのみなさまとIIBMP2019でスライド発表してきました。
では、そちらをご紹介させていただきます。
※大会のスライドをちょっと変更しました。
・解析ツールを作成する際、自前のPCへ様々なパッケージとソフトをインストールしないといけません。
※今回はRNAseqという解析を例にしております。
・動作確認してうまくいったら完成！
・使いやすい〜！
・（じぶんだけ）
・共有したい時にいろいろ面倒・・・
・Docker様の登場です。
・Dockerのいいところを並べてみました。
・dockerイメージの説明です。いろんなイメージをダウンロードできるのです。おなじみのUbuntuやPythonなどの公式イメージもありますよ。
・・・・・・・・・
（あれ、これって去年と一緒じゃね？）
・今年は簡単な操作方法とデモ動画をご紹介①
去年との差別化や！！！
・今年は簡単な操作方法とデモ動画をご紹介②
・必要なイメージが存在してたらラッキー！！（だいたいあります。）
・理想を追い求めたい時もあります。
・自分でも作れます！Dockerfileを作成し、ビルドするとDockerイメージになります。
たとえばこんな感じに書きます。
IGV用のbatchスクリプトを作成するDockerイメージです。
参考URL：
筆者のひとりごと・IGV①
筆者のひとりごと・IGV②
筆者のひとりごと・IGV③
筆者のひとりごと・IGV④
筆者のひとりごと・IGV⑤
※いつかQiitaに載せたい。
→ほんまもんはこちら：petadimensionlab/docker_16s_vsearchのDockerfile
FROM alpine:3.10
MAINTAINER petadimensionlab
ENV SAMTOOLS_VERSION 1.9
RUN apk --update add --no-cache build-base zlib-dev bzip2-dev xz-dev ncurses-dev ca-certificates wget; \
wget -q https://github.com/samtools/samtools/releases/download/${SAMTOOLS_VERSION}/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}.tar.bz2; \
tar xjvf samtools-${SAMTOOLS_VERSION}.tar.bz2; \
cd /samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/ && make; \
mv /samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/samtools /bin/; \
rm -rf /samtools*; \
apk del build-base zlib-dev ca-certificates wget
RUN apk --update add --no-cache \
python3 \
python3-dev \
nano \
curl \
&& pip3 install --upgrade pip
COPY igv_samtools_docker.py /tmp
COPY igv_batch_docker.py /tmp
WORKDIR /
アップロード（build）方法は・・・・？？
# dockerfileのあるディレクトへ移動
$ cd dockerfile/
# buildコマンド
$ docker build -t igv_batch:1.0 .
（ docker build -t イメージ名:タグ名 . ）
・DockerHubとは。
・DockerfleはDockerhubにアップロードします。
・共同研究者や使用したい人がDockerイメージをダウンロードして各々で使用してもらえます！
・はい、2019年もみんな幸せ！！
気になる点・問題点については2018年を振り返ってみましょう！
細菌叢解析ツールの共有〜Dockerコンテナで幸せになる方法②〜
・Dockerむずいよ〜
・もっとお手軽に環境構築・共有したいよ〜
・みんな大好き？グーグル先生から提供されております。
・おてがる。
・ちょうおてがる。
・Rstudiocloudはだいぶ重たいけど。。。けっこう軽かったですよ。
・もっと気になになるかたはグーグル先生に聞いてみよう！
おわり。
とみせかけて、おまけのおまけ。
Galaxy Advent Calendar 12月11日・12日にDocker-composeをご紹介！！
Dockerをもっと手軽に使えるツールをご紹介。（※作成する側は・・・うん、まあ。。。）
おわり。
参考URL
大会スライドのフルバージョン（pitagora-galaxy公式Twitter）
・過去の記事リンク
RstudioCloudの使い方
Docker for Mac 勉強メモ〜インストール〜
Docker for Mac 勉強メモ〜コマンド集〜
超新人プログラマー(見習)がまず手にした本と参考にしたWEBサイト〜Docker編〜
細菌叢解析ツールの共有〜Dockerコンテナで幸せになる方法①〜
細菌叢解析ツールの共有〜Dockerコンテナで幸せになる方法②〜